DNA barcodering van problematische duo's

Gestart door pdeknijff, september 28, 2018, 20:00:16 PM

Vorige topic - Volgende topic

pdeknijff

Vanaf medio oktober dit jaar zal er worden begonnen met een beperkt DNA-barcoderingsproject teneinde duidelijk te verkrijgen in het voorkomen in Nederland van twee problematische vlinder duo's:
Zuidelijke luzernevlinder vs. Gele luzernevlinder
en
Resedawitje vs Oostelijk resedawitje.

Dankzij de zeer constructieve samenwerking met een paar geïnteresseerden in dit probleem is er reeds voldoende materiaal beschikbaar voor een eerste serie testen.
Mochten er lezers zijn die de beschikking hebben over recent of oud legaal verkregen (collectie)materiaal van deze soorten en bereid zijn om twee pootjes per exemplaar te staan voor onderzoek dan kunnen zij mij benaderen per e-mail (knijff *at* lumc.nl).

Uitgaande van de hypothese dat de huidige bekende DNA gegevens voldoende betrouwbaar en representatief zijn om deze duo's te herkennen, dan is een zeer eenvoudige en goedkope DNA-analyse voldoende om duidelijkheid te verschaffen in het voorkomen van deze taxa in Nederland.

Meer hierover op dit forum (en elders) als de resultaten beschikbaar zijn (naar verwachting in het eerste kwartaal van 2019).

met vriendelijke groet,

Peter de Knijff
Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

caliprobola

Citaat van: pdeknijff op september 28, 2018, 20:00:16 PM
Uitgaande van de hypothese dat de huidige bekende DNA gegevens voldoende betrouwbaar en representatief zijn om deze duo's te herkennen
Beide soortenduo's scheiden volgens de literatuur perfect op MtDNA COI.

Zie Dinca et al. 2010 DOI: 10.1098/rspb.2010.1089
CiteerThe  resulting  tree  (fig.  S5)  shows  two  well-diverged  clades  that  can  be attributed  to C.  hyale and C.  alfacariensis,  based  on  the  few  morphologically  typical specimens.  The  six  specimens  in  the C.  hyale  clade  have  identical  barcodes  and  their minimum  interspecific  distance  with  respect  to  the  sister C.  alfacariensis  clade  is  2.65%. Because  morphology-based  identification  is  difficult  in  this  group,  we  compared  our sequences  with  those  present  in  GenBank  (results  not  shown)  and  found  that  the  general tree  topology  is  maintained,  confirming  our  interpretation.  With  these  data,  we  conclude that DNA barcoding is able to discriminate between the two species.


En John et al. 2013 Entomologist's Gazette 64(2):69-78
CiteerPontia   daplidice and P.   edusa strongly   differ   in   their   COI   sequences.   The minimum interspecific divergence of COI barcodes (K2P model) is 7%, whereas the maximum intraspecific divergence in both taxa is 1%; thus, there is a strong and unambiguous barcode gap in this species pair (cf. Wiemers & Fiedler, 2007).

pdeknijff

Dat weet ik, er is nog veel meer bekend, maar ik blijf altijd voorzichtig.
Je kunt niet kritisch genoeg zijn met dit soort studies.
M.vr.gr.
Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff