Geavanceerd zoeken  

Nieuws:

Pagina's: 1 ... 29 30 [31] 32 33 ... 35   Omlaag

Auteur Topic: Update CDNA-pagina  (gelezen 90898 keer)

0 leden en 1 gast bekijken dit topic.

Douwe van der Ploeg

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 12640
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #900 Gepost op: december 09, 2014, 04:52:50 am »

Ook geen idee waar dat taxon gebleven is.. Gezien de opmerking in de IOC master list bij S. curruca ("See (Olsson et al 2013a) for genetic analyses of populations") vermoed ik dat ze de verdeling daaruit zouden willen aanhouden voor die soort. Bij S. althaea en S. minula verwijzen ze naar "Status of allospecies of Lesser Whitethroat complex uncertain (Shirihai et al 2001, Parkin &  Knox 2010)".

Weet iemand of blythi in Olsson et al staat genoemd?
Gelogd
Douwe van der Ploeg

Vincent Hart

  • Admins
  • Offline Offline
  • Berichten: 12815
  • Admingroep:
    • ● Vogels
    • De Frisse Blik - DE plek voor jonge en beginnende vogelaars
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #901 Gepost op: december 09, 2014, 08:28:56 am »

Weet iemand of blythi in Olsson et al staat genoemd?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23321212 nogal vaak zelfs ...
Gelogd
Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

Douwe van der Ploeg

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 12640
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #902 Gepost op: december 10, 2014, 03:57:22 am »

Dankje! Ik gooi m op m'n te-lezen stapel, ben benieuwd :)
Gelogd
Douwe van der Ploeg

Vincent Hart

  • Admins
  • Offline Offline
  • Berichten: 12815
  • Admingroep:
    • ● Vogels
    • De Frisse Blik - DE plek voor jonge en beginnende vogelaars
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #903 Gepost op: december 10, 2014, 08:32:57 am »

Gelogd
Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

Sander Haak

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 471
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #904 Gepost op: december 10, 2014, 08:52:32 am »


Citaat
We propose that the names althaea, blythi, curruca, halimodendri, margelanica and minula should be used for the major clades. However, whether these are treated as subspecies or species is largely a matter of species definition and is not resolved by our data.

Voor zover ik iets van de overige tekst begrijp, staat blythi in ieder geval ver van curruca, en is de indeling van de CSNA zo gek nog niet. Dat geeft nog geen antwoord op de vraag waar blythi is gebleven in de IOC lijst.
« Laatst bewerkt op: december 10, 2014, 08:57:45 am door Sander Haak »
Gelogd
Groet, Sander Haak (Woerden)

HPM

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 23185
  • Herman is op 11 juli 2019 overleden.
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #905 Gepost op: december 10, 2014, 09:35:05 am »


Citaat
We propose that the names althaea, blythi, curruca, halimodendri, margelanica and minula should be used for the major clades. However, whether these are treated as subspecies or species is largely a matter of species definition and is not resolved by our data.

Voor zover ik iets van de overige tekst begrijp, staat blythi in ieder geval ver van curruca, en is de indeling van de CSNA zo gek nog niet. Dat geeft nog geen antwoord op de vraag waar blythi is gebleven in de IOC lijst.

Ik denk dat IOC in navolging van Mayr and Cottrell(1986) en van Shirihai et al(2001) en van del Hoyo et al(2006) blythi opvat als synoniem van curruca.
Ik heb nog niet kunnen vinden of het in de IOC-lijst ooit anders is geweest. Als dat inderdaad niet zo is, is het de vraag waarom de ondersoort dan wel in Waarneming wordt gebruikt.
Gelogd
Herman van der Meer

Vincent Hart

  • Admins
  • Offline Offline
  • Berichten: 12815
  • Admingroep:
    • ● Vogels
    • De Frisse Blik - DE plek voor jonge en beginnende vogelaars
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #906 Gepost op: december 10, 2014, 10:13:09 am »

Normaalgesproken wijken we niet af van IOC (al zal een update van hun lijst niet altijd dezelfde dag verwerkt worden). Het vreemde is dat ook het verspreidingsgebied van blythi bij geen van de door IOC wel genoemde taxa is terug te vinden. En als IOC blythi niet zou (h)erkennen als valide taxon, vallen de als blythi gedetermineerde vogels op Observado/Waarneming.nl dan volgens de IOC-taxonomie onder curruca of onder althea? Herman heeft gelijk dat blythi door veel bronnen als synoniem van curruca wordt opgevat, maar datzelfde geldt natuurlijk van oudsher voor althea.
Gelogd
Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

HPM

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 23185
  • Herman is op 11 juli 2019 overleden.
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #907 Gepost op: december 10, 2014, 12:08:29 pm »

...
 Herman heeft gelijk dat blythi door veel bronnen als synoniem van curruca wordt opgevat, maar datzelfde geldt natuurlijk van oudsher voor althea.

C. althea werd eerst als ondersoort gezien, niet als synoniem.
Zie tabel 2 in Olsson et al.
Gelogd
Herman van der Meer

Vincent Hart

  • Admins
  • Offline Offline
  • Berichten: 12815
  • Admingroep:
    • ● Vogels
    • De Frisse Blik - DE plek voor jonge en beginnende vogelaars
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #908 Gepost op: december 10, 2014, 13:24:18 pm »

Akkoord.
Gelogd
Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

hiskodevries

  • Forum beheerder
  • Offline Offline
  • Berichten: 43238
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #909 Gepost op: december 10, 2014, 13:41:28 pm »

Gelogd
Was getekend Hisko de Vries.

Wil je een fotovraag stellen op het forum lees dan dit eerst https://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=452369.0

HPM

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 23185
  • Herman is op 11 juli 2019 overleden.
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #910 Gepost op: december 10, 2014, 13:47:24 pm »


ik gebruik vaak avibase om taxonomische knopen te ontwarren
http://avibase.bsc-eoc.org/species.jsp?lang=EN&avibaseid=81522BF5B7FF8204
daar komt blythi alleen als ondersoort voor http://avibase.bsc-eoc.org/species.jsp?lang=EN&avibaseid=40831EE2&sec=summary&ssver=1

Maar als je een bron volgt, in dit geval IOC, dan hoef je geen knopen te ontwarren.
Gelogd
Herman van der Meer

Vincent Hart

  • Admins
  • Offline Offline
  • Berichten: 12815
  • Admingroep:
    • ● Vogels
    • De Frisse Blik - DE plek voor jonge en beginnende vogelaars
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #911 Gepost op: december 10, 2014, 14:11:58 pm »

Dat is formeel juist. Maar er zijn zowel in Nederland (w.nl) als daarbuiten (Observado) waarnemingen van 'blythi' ingevoerd. 'Blythi' verwijderen omdat IOC het niet erkent als taxon kan dus niet zonder meer.
Gelogd
Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

HPM

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 23185
  • Herman is op 11 juli 2019 overleden.
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #912 Gepost op: december 10, 2014, 16:33:48 pm »


Dat is formeel juist. Maar er zijn zowel in Nederland (w.nl) als daarbuiten (Observado) waarnemingen van 'blythi' ingevoerd. 'Blythi' verwijderen omdat IOC het niet erkent als taxon kan dus niet zonder meer.

Ik zie het probleem wel hoor. De ene lijst kent blythi niet, voor andere is het een ondersoort en voor weer andere is het een soort. Mensen die aan een andere taxonomie dan die van het IOC gewend zijn kunnen in een geval als dit dus raar op hun neus kijken. Het bieden van de ondersoort lijkt me dan wel een aardige tegemoetkoming, maar als tegemoetkoming alle taxonomieen maar op een hoop gooien om alles te dekken lijkt me niet de juiste oplossing.
Overigens weet ik niet of er op Waarneming/Observdo ergens wordt vermeld welke taxonomie wordt gevolgd.
Gelogd
Herman van der Meer

hiskodevries

  • Forum beheerder
  • Offline Offline
  • Berichten: 43238
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #913 Gepost op: december 10, 2014, 16:35:53 pm »

Gelogd
Was getekend Hisko de Vries.

Wil je een fotovraag stellen op het forum lees dan dit eerst https://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=452369.0

Vincent Hart

  • Admins
  • Offline Offline
  • Berichten: 12815
  • Admingroep:
    • ● Vogels
    • De Frisse Blik - DE plek voor jonge en beginnende vogelaars
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #914 Gepost op: december 10, 2014, 17:57:48 pm »

Het bieden van de ondersoort lijkt me dan wel een aardige tegemoetkoming, maar als tegemoetkoming alle taxonomieen maar op een hoop gooien om alles te dekken lijkt me niet de juiste oplossing.
Ons ook niet! Het beleid is in die zin duidelijk: Waarneming.nl/Observado volgen de taxonomie van IOC. Als het technisch mogelijk is, zorgen we (lees: Hisko) dat mensen die hun Nederlandse lijst op Waarneming.nl bijhouden, middels een vinkje bij 'volgens lokale soortenlijst' hun lijst volgens CSNA-indeling te zien krijgen. Een mooi voorbeeld hiervan is baardgrasmussen: http://waarneming.nl/soortenlijst.php?q=baardgrasmus&g=0&f=0&type=0&z=0&p=0&sound=0&sort_lat=0&all_lang=0. Dit lijstje is conform IOC. Heb je taxa gezien die in de CSNA-indeling een soort zijn (Westelijke en Oostelijke, beide met 2 ondersoorten), dan komt deze als 'volgens lokale soortenlijst' aangevinkt is ook als soort in je levenslijst te staan. Of we eenzelfde kunstje ook bij de braamsluipertaxa kunnen flikken, ga ik met Hisko nog even bomen. En inderdaad, blythi zal dan een kleine afwijking van IOC blijven.
Gelogd
Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

Douwe van der Ploeg

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 12640
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #915 Gepost op: december 11, 2014, 04:02:01 am »

Heeft iemand IOC al een mailtje gestuurd? Zo niet wil ik best kijken of ik van het weekend tijd heb om dat artikel eens goed door te lezen (dank voor de link, Vincent!) en ze even te vragen hoe ze daar denken over de status van blythii, zeker gezien ze wel refereren naar het artikel.

Wat een andere oplossing zou zijn is om de waarnemingen op Observado naar de "juiste" ondersoort te plaatsen volgens IOC, waarbij je gewoon de gegeven ranges aanhoudt en vervolgens op observado de soort te deactiveren. Is ie nog wel aanwezig voor waarneming.nl, maar wordt de verwarring in ieder geval niet groter doordat mensen blijven invoeren.
Gelogd
Douwe van der Ploeg

marijn

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 1429
    • test
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #916 Gepost op: december 11, 2014, 14:45:36 pm »

Ja, ik was ook wel benieuwd, dus heb IOC al een mailtje gestuurd, maar wacht nog op antwoord.

Ik vermoed ook dat ze blythi vooralsnog als synoniem van curruca beschouwen, conform Shirihai et al. 2010.
Gelogd
Marijn Prins

Douwe van der Ploeg

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 12640
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #917 Gepost op: december 11, 2014, 22:37:01 pm »

Goed werk, Marijn! Ben benieuwd naar wat ze zeggen :)
Gelogd
Douwe van der Ploeg

sam

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 103
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #918 Gepost op: december 12, 2014, 10:05:11 am »

Ik heb het artikel van Olssen et al gelezen en proef hieruit dat de auteurs zich niet wagen en uitspraken over een indeling van species en het veiligheidshalve bij taxons houden (kaart fig 2). Ze vinden hun data daar niet toereikend voor om uitspraken over te doen.
Wel vind ik het opvallend (met een leken blik ;>) dat op basis van cytochroom B analyse clade 1 (blythi) duidelijk is 'gesplitst' op een heel andere tak van de genetische boom staat van clade 5 curruca. Dus als ik naar figuur 3 en 4 kijk vind ik wel wat te zeggen voor de indeling van CSNA.
Of is dit te kort door de bocht?
« Laatst bewerkt op: december 12, 2014, 10:13:12 am door sam »
Gelogd

Sander Haak

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 471
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #919 Gepost op: december 12, 2014, 16:25:21 pm »

Dat de indeling van CSNA mooi aansluit op dit artikel concludeerde ik hierboven ook. Dat is niet zo gek begrijp ik nu, omdat de indeling op basis van dit artikel is gemaakt  :rolleye: . Zie DB 1 van dit jaar.
Gelogd
Groet, Sander Haak (Woerden)

Vincent Hart

  • Admins
  • Offline Offline
  • Berichten: 12815
  • Admingroep:
    • ● Vogels
    • De Frisse Blik - DE plek voor jonge en beginnende vogelaars
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #920 Gepost op: december 12, 2014, 17:00:47 pm »

Ik heb het artikel van Olssen et al gelezen en proef hieruit dat de auteurs zich niet wagen en uitspraken over een indeling van species en het veiligheidshalve bij taxons houden (kaart fig 2). Ze vinden hun data daar niet toereikend voor om uitspraken over te doen.
Wel vind ik het opvallend (met een leken blik ;>) dat op basis van cytochroom B analyse clade 1 (blythi) duidelijk is 'gesplitst' op een heel andere tak van de genetische boom staat van clade 5 curruca. Dus als ik naar figuur 3 en 4 kijk vind ik wel wat te zeggen voor de indeling van CSNA.
Of is dit te kort door de bocht?
Cytochroom-B is onderdeel van het mitochondriaal DNA, niet van het nucleair DNA. Mitochondriaal DNA wordt alleen door de moeder doorgegeven aan het nageslacht. Om die reden zijn niet alle onderzoekers even overtuigd van de 'waarde' van verschillen in mitochondriaal voor het bepalen van (onder)soorten ... Is volgens mij zo'n beetje de juiste samenvatting.
Gelogd
Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

marijn

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 1429
    • test
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #921 Gepost op: december 14, 2014, 22:29:04 pm »

Goed werk, Marijn! Ben benieuwd naar wat ze zeggen :)
Welnu, ze weten het zelf eigenlijk ook nog even niet.. :-\
Citaat van: Frank Gill
Marijn, Thanks for this. We need to revisit the Lesser Whitethroat complex.

Gelogd
Marijn Prins

hiskodevries

  • Forum beheerder
  • Offline Offline
  • Berichten: 43238
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #922 Gepost op: december 16, 2014, 16:14:25 pm »

Goed werk, Marijn! Ben benieuwd naar wat ze zeggen :)
Welnu, ze weten het zelf eigenlijk ook nog even niet.. :-\
Citaat van: Frank Gill
Marijn, Thanks for this. We need to revisit the Lesser Whitethroat complex.
Eigenlijk wel goed, betekend dat ze nog aan het brainen zijn.
Gelogd
Was getekend Hisko de Vries.

Wil je een fotovraag stellen op het forum lees dan dit eerst https://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=452369.0

Douwe van der Ploeg

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 12640
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #923 Gepost op: december 17, 2014, 03:34:50 am »

Precies, rustig afwachten dus ;)
Gelogd
Douwe van der Ploeg

Edwin Schuller

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 1682
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #924 Gepost op: december 29, 2014, 12:54:13 pm »

http://waarneming.nl/soort/view/674100 bij deze. Moet dat ook een CDNA beoordeelsoort worden ?

Nu cdna deze vogel heeft aanvaard als 'rotslijster spec' wel ja. Waarnemingen maar even nalopen na verschijnen jaarverslag.

Nog even voortbomend op de Rotslijster; je kan nu kiezen voor Rode/Blauwe Rotslijster, maar dit is feitelijk niet hetzelfde als 'Rotslijster spec.' (wat de vogel van Den Helder volgens het CDNA is). Moet 'Rotslijster spec.' niet worden toegevoegd aan waarneming.nl?
Gelogd
Edwin Schuller

hiskodevries

  • Forum beheerder
  • Offline Offline
  • Berichten: 43238
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #925 Gepost op: december 29, 2014, 17:44:08 pm »

Dus volgens de cdna kan het 1 van deze soorten geweest zijn? http://waarneming.nl/search.php?q=Rotslijster+&g=0&local=0&sort_lat=0&exact=0. Dat geloof ik niet
Gelogd
Was getekend Hisko de Vries.

Wil je een fotovraag stellen op het forum lees dan dit eerst https://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=452369.0

Steven Wytema

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 2318
  • Jizzbirding | Vogelcursussen op elk niveau
    • Jizzbirding | Vogelcursussen op elk niveau
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #926 Gepost op: december 29, 2014, 17:54:13 pm »

Dus volgens de cdna kan het 1 van deze soorten geweest zijn? http://waarneming.nl/search.php?q=Rotslijster+&g=0&local=0&sort_lat=0&exact=0. Dat geloof ik niet

Nee Hisko, CDNA gaat uit van alleen West-Palearctische soorten, dus Blauwe of Rode (Feitelijk is Blauwe al uitgesloten dus Rode of hybride).
Gelogd
Steven Wytema
www.jizzbirding.nl | Vogelcursussen op elk niveau

Edwin Schuller

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 1682
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #927 Gepost op: december 30, 2014, 08:17:17 am »

Nee Hisko, CDNA gaat uit van alleen West-Palearctische soorten, dus Blauwe of Rode (Feitelijk is Blauwe al uitgesloten dus Rode of hybride).

In de huidige benaming is hybride in ieder geval buitengesloten, vandaar mijn suggestie. Het is nu op waarneming.nl een Blauwe óf een Rode, terwijl het eigenlijk een Rode óf een hybride is.

Je kan hem "Rode/Rode x Blauwe" ("It was either an aberrant Common Rock Thrush or a hybrid Common x Blue Rock Thrush; eastern taxa of Blue Rock Thrush complex could be ruled out.") noemen, of "Rotslijster spec." ("Aanvaard als 'rotslijster spec'."), beiden zijn volgens mij juist als ik de websites achter de links lees. Ik weet niet wat de beste optie is, iemand een voorkeur?
Gelogd
Edwin Schuller

MarcelHaas

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 178
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #928 Gepost op: januari 24, 2015, 08:51:06 am »

Ik heb zojuist de Stejnegers Roodborsttapuit van de ijskast naar de eerste ronde verplaatst. Diederik Kok heeft voor uitstekende documentatie gezorgd, dus daar zal het in ieder geval niet aan liggen!  ;D
Gelogd

maartenwielstra

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 1949
Re: Update CDNA-pagina
« Reactie #929 Gepost op: januari 25, 2015, 12:55:09 pm »

De wijziging van 'Oostelijke Gele Kwikstaart' naar 'Siberische- / Alaskakwikstaart' is opvallend. Vanwaar deze beslissing? Naar aanleiding van Brits DNA? Of naar aanleiding van nieuwe gedachten binnen het CDNA over de beoordeling n.a.v. het artikel in DB? (of mag jij dat laatste ook niet weten Marcel  ;) )
Gelogd
Pagina's: 1 ... 29 30 [31] 32 33 ... 35   Omhoog
 

Pagina opgebouwd in 0.038 seconden met 20 queries.