Aantonen soorten mbv eDNA

Gestart door JohanvantBosch, februari 14, 2012, 17:57:21 PM

Vorige topic - Volgende topic

JohanvantBosch

Ik kwam in de H2O van begin februari bijgaand artikel (van o.a. Jelger Herder) tegen over het gebruik Environmental DNA analyse om Grote Modderkruiper aan te tonen. Blijkbaar ook al toepasbaar voor diverse andere soorten waaronder gevlekte witsnuitlibel.
http://www.ravon.nl/Portals/0/Pdf/Herder_et_al_2012.pdf
Ik vond het erg interessant om te lezen.

ArjenDrost †

Dank! Interessant verhaal en toch wel erg knap dat ze zulke dingen al kunnen!


Groeten, Arjen

Weia

Grappig dat dat kan. Over een tijdje ook DNA uit de lucht, een apparaatje op het dak en 's ochtends uitlezen en zien dat er naast kol- en brandganzen één kleine rietgans overkwam?
Groeten, Weia
rode bosmieren: https://forum.waarneming.nl/index.php/topic,342651.0.html
pagina over variatie bij een paar lastige libellensoorten: www.at-a-lanta.nl/weia/LibellenVariatie.html
motmugjes van foto determineren: http://www.at-a-lanta.nl/weia/Motmuggen.html
familie motmuggen systematisch http://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=378882.0

Taka

Of op deze manier:

- "a new portable device that will allow people to analyze DNA on the go"
- "ready for sale in the second half of the year at a cost of less than $900"
http://www.bloomberg.com/news/2012-02-17/oxford-nanopore-plans-portable-gene-sequencing-device.html

(Sybe)

Goyatlah

Afgezien van de vraag of deze techniek ook bij insecten werkt, is het dan nog wel leuk om libellen te gaan zoeken als het enige wat je hoeft te doen is om wat water op een chip te doen, en dan te zien welke larven in het water zitten. Kun  je de weerribben in een dag inventariseren...

Waarom het wellicht niet werkt is omdat insecten een uitwendig skelet hebben, en misschien nauwelijks dna achter laten. De huid van een vis (of een ander gewerveld dier) vernieuwd zich konstant, en laat dus telkens nieuwe DNA in het water achter.
Moi, Dolf

Bezoek ook eens Libellen in Nederland met de enige interaktieve en op foto's gebaseerde libellentabel, veel info en heel veel foto's

ArjenDrost †

Citaat van: Goyatlah op februari 25, 2012, 21:11:41 PM
Afgezien van de vraag of deze techniek ook bij insecten werkt, is het dan nog wel leuk om libellen te gaan zoeken als het enige wat je hoeft te doen is om wat water op een chip te doen, en dan te zien welke larven in het water zitten. Kun  je de weerribben in een dag inventariseren...

Waarom het wellicht niet werkt is omdat insecten een uitwendig skelet hebben, en misschien nauwelijks dna achter laten. De huid van een vis (of een ander gewerveld dier) vernieuwd zich konstant, en laat dus telkens nieuwe DNA in het water achter.
In het artikel wordt al verteld dat het met Gevlekte Witsnuitlibellen al mogelijk is. Dan lijkt het me dat het dus geen probleem is voor libellen... Tenminste het eDNA, de later genoemde methode weet ik nit.


En ja, de charme gaat er misschien vanaf. Maar dan ga je toch gewoon het veld in om libellen te kijken? Hoef je ook niet steeds alles op te schrijven of je aan bepaalde protocollen te houden. Lijkt me prima!


Groeten, Arjen

JohanvantBosch

Citaat van: ArjenDrost op februari 26, 2012, 18:17:28 PM
Citaat van: Goyatlah op februari 25, 2012, 21:11:41 PM
Afgezien van de vraag of deze techniek ook bij insecten werkt, is het dan nog wel leuk om libellen te gaan zoeken als het enige wat je hoeft te doen is om wat water op een chip te doen, en dan te zien welke larven in het water zitten. Kun  je de weerribben in een dag inventariseren...

Waarom het wellicht niet werkt is omdat insecten een uitwendig skelet hebben, en misschien nauwelijks dna achter laten. De huid van een vis (of een ander gewerveld dier) vernieuwd zich konstant, en laat dus telkens nieuwe DNA in het water achter.
In het artikel wordt al verteld dat het met Gevlekte Witsnuitlibellen al mogelijk is. Dan lijkt het me dat het dus geen probleem is voor libellen... Tenminste het eDNA, de later genoemde methode weet ik nit.


En ja, de charme gaat er misschien vanaf. Maar dan ga je toch gewoon het veld in om libellen te kijken? Hoef je ook niet steeds alles op te schrijven of je aan bepaalde protocollen te houden. Lijkt me prima!


Groeten, Arjen

Lijkt me een methode om in werksituaties te gebruiken, niet als je voor de lol het veld in gaat....

Goyatlah

Dan nog,

ik vind het altijd leuk om bv een nieuwe lokaties voor de wat zeldzamere soorten te vinden (zoals bv Plasrombouten en Gevlekte witsnuitjes in de provincie Groningen) - als dat allemaal al bekend is verdwijnt toch wel wat van de lol. Daarnaast hoef je ook geen gebieden meer te inventariseren. In een middag een serie watermonsters nemen zou dan voldoende zijn. En de Wieden doe je in een paar dagen...
Moi, Dolf

Bezoek ook eens Libellen in Nederland met de enige interaktieve en op foto's gebaseerde libellentabel, veel info en heel veel foto's

Taka

Zo'n watermonster toont voorlopig alleen maar aan of een soort er voorkomt. Populatiegrootte blijft dan nog steeds handwerk.

Er is wel weer andere lol denkbaar. Verwantschap tussen verschillende populaties onderzoeken bijvoorbeeld.
(Sybe)

grunsven

Daarvoor is een heel ander type analyse nodig (microsatelieten)

Ik zie deze methode met name als aanvulling. Je kunt niet alle wateren bemonsteren, daarvoor is het zoeken van volwassen beesten veel makkelijker (en leuker).
Maar je hebt soms dat van een soort regelmatig een individu in een gebied gevonden wordt maar niet duidelijk is waar ze zich voortplanten. Dan kan eDNA heel handig zijn.
Bijvoorbeeld in gebieden waar S. arctica zit kun je bekijken in welke delen wel en waar geen larven zitten.
Roy van Grunsven
De Vlinderstichting - Dutch Butterfly Conservation (www.vlinderstichting.nl)

Goyatlah

Citaat van: Taka op maart 08, 2012, 09:35:46 AM
Er is wel weer andere lol denkbaar. Verwantschap tussen verschillende populaties onderzoeken bijvoorbeeld.

Ik ben zelf wel benieuwd naar de Noord-Drentse/Harense populatie van de Plasrombout. In hoeverre die verwant is aan de Oost-Groningse/Duitse populatie, en de andere populaties in Nederland. Maar hoe moet je dat aanpakken?
Moi, Dolf

Bezoek ook eens Libellen in Nederland met de enige interaktieve en op foto's gebaseerde libellentabel, veel info en heel veel foto's

grunsven

Als dat al twee gescheiden populaties zijn (of van verschillende herkomst) zijn ze natuurlijk nog steeds nauw verwant. Ze zijn niet duizenden jaren geisoleerd geweest. Daarom moet je kijken naar genetische kenmerken die snel veranderen. Hier worden microsatelieten voor gebruikt. Dit zijn kleine stukjes DNA die heel vaak herhaald worden. Bijvoorbeeld 10 tot honderd keer GAGAGAGAGA. Het aantal herhalingen kan vrij snel veranderen maar wordt wel doorgegeven.

Stel het blijkt dat 90% van de Groningse dieren 80 herhalingen heeft en 10% 40 herhalingen en in zuid en oost Nederland is het 20% 80 herhalingen, 50 % 40 en 30% 15 herhalingen. Nu kun je kijken wat de Drentse dieren hebben. Lijken die op de Groningse dieren, op de zuidelijke of op een mengsel van de twee.

Uiteraard doe je dit niet met 1 microsateliet maar met een aantal verschillende op verschillende plekken in het genoom.
Roy van Grunsven
De Vlinderstichting - Dutch Butterfly Conservation (www.vlinderstichting.nl)

Goyatlah

Dat is natuurlijk geen echt antwoord. Ik kan beestjes vangen uit Groningen/noord Drenthe (1 populatie), uit zuid-oost Groningen  (1 populatie), en uit Overijssel (1 of meerdere populaties). Maar dan heb ik dooie beestjes, wat moet ik daar verder mee?

Voor diegenen die niet (helemaal) weten waar dit over gaat, er is een goed boek   over:
Marjorie A. Hoy - Insect Molecular Genetics (2e druk)
Moi, Dolf

Bezoek ook eens Libellen in Nederland met de enige interaktieve en op foto's gebaseerde libellentabel, veel info en heel veel foto's