Geavanceerd zoeken  

Nieuws:

Pagina's: 1 [2] 3 4 ... 8   Omlaag

Auteur Topic: Zwaardere vogelkost  (gelezen 22639 keer)

0 leden en 1 gast bekijken dit topic.

Herman van der Klis

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 977
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #30 Gepost op: april 04, 2012, 13:39:07 pm »

Meer recent onderzoek heeft aan het licht gebracht dat soortspecifieke verschillen in het DNA van het X-chromosoom kruisingen tussen de soorten in de weg staat. Bij Drosophila's is geconstateerd dat tijdens de mitose er problemen onstaan bij het uit elkaar gaan van het X-chromosoom  (♂) . De reden is dat in een bepaalde regio het aantal nucleotiden vele malen groter is dan in diezelfde regiodie bij de andere soort. Het X-chromosoom is dermate sterk aan elkaar verkleefd dat het nauwelijks uit elkaar getrokken kan worden. Dit heeft tot gevolg dat de embryo in een zeer vroeg stadium sterft. Een ander mechanisme die hybridisatie in de weg staat is de zeer snelle evolutie van eiwitten in het X-chromosoom die de eiwitten van het vrouwtje domweg niet meer herkennen. Ook dan zal het embryo in een vroeg stadium afsterven.
Het onderzoek vandaag de dag spitst zich vooral toe of dit natuurlijk bij andere organismen een rol speelt...........of juist niet.
Ook is er (recent) onderzoek gaande naar genen die in staat zijn om duidelijke hybrideregio's in stukken te knippen.
Kortom verschillende mechanismen , die mogelijk niet of nauwelijks bij eenden een rol zouden kunnen spelen.
 
mvg
 
Herman van der Klis
 
Gelogd
Herman van der Klis

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Gelogd

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #32 Gepost op: mei 02, 2012, 17:13:32 pm »

Een artikel over een onderzoek aan o.a. microsatellieten in Vale en Yelkouanpijlen. Het is helaas een erg matig stuk, maar geeft wel een hint dat deze twee taxa wellicht niet zo divergent zijn als werd gedacht. Op Menorca wordt sowieso gehybridiseerd, al was dat geloof ik al bekend.
Gelogd

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #33 Gepost op: mei 08, 2012, 12:06:11 pm »

Een artikel met een fylogenie van de meeste steltlopers (hier kun je met wat scrollen en klikken bij alleen het abstract). O.a. interessant is dat Blonde Ruiter en Kemphaan midden in de Calidris strandlopers vallen. Ook Breedbek en Lepelbek moeten Calidris worden. Wel heel opvallend (ongeloofwaardig?) is dat Siberische en Gestreepte Strandloper in totaal verschillende delen van de Calidris-boom terecht komen.
Gelogd

Ben Wielstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 2612
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #34 Gepost op: mei 09, 2012, 21:03:59 pm »

Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.

Ben Wielstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 2612
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #35 Gepost op: mei 29, 2012, 20:29:18 pm »

wumizusume

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 237
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #36 Gepost op: mei 30, 2012, 08:36:06 am »

Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.

Alweer een reden om niet TE zwaar te tillen aan dit soort fylogenetisch onderzoek. Het is geen holy grail.
Gelogd
Groeten,

Teus Luijendijk

Stilte. Wie stilte wil beschrijven moet zijn mond maar houden. Wie niets hoort luistert niet en heeft niets te vertellen.   (R. Kopland)

Ben Wielstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 2612
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #37 Gepost op: mei 30, 2012, 09:15:09 am »

Hoezo Teus? Als meerder studies hetzelfde resultaat opleveren is dat toch juist ondersteunend?

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #38 Gepost op: mei 30, 2012, 11:05:58 am »

Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.

Alweer een reden om niet TE zwaar te tillen aan dit soort fylogenetisch onderzoek. Het is geen holy grail.


Ik ben ook wel benieuwd wat je hier bedoelt, ook met de kwalificatie "dit soort".
Gelogd

wumizusume

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 237
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #39 Gepost op: mei 30, 2012, 12:42:52 pm »

Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.

Alweer een reden om niet TE zwaar te tillen aan dit soort fylogenetisch onderzoek. Het is geen holy grail.


Ik ben ook wel benieuwd wat je hier bedoelt, ook met de kwalificatie "dit soort".

Misschien ben ik iets te hard van stapel gelopen met mijn aanname dat het hier om onderzoek van mitochondriaal DNA ging. Dat is meestal het aandachtspunt van dergelijk onderzoek, vandaar.
Mijn opmerking is vooral gestoeld op het ophemelen van nieuwe moleculair-biologische technieken als het gaat om het verkrijgen van taxonomische inzichten. Dat deze technieken van grote waarde zijn, staat voor mij buiten kijf. Ik zet alleen grote vraagtekens bij de mate waarin men dit soort onderzoeksresultaten laat doorwegen in het herzien van taxonomische verschillen danwel verbanden tussen soorten.
Het is alweer even geleden, maar toen Sibley & Monroe hun baanbrekend werk publiceerden, was iedereen vol lof, en werden grote veranderingen doorgevoerd in de taxonomie van vogels. Nu is dat enthousiasme behoorlijk getemperd, en is men blijkbaar tot het inzicht gekomen dat niet alles zo eenduidig was/is. Ik denk dat hetzelfde geldt voor studies aan mt-DNA: je moet voorzichtig zijn in het trekken van conclusies. De analysemethode is immers niet te valideren, want er zijn geen referentiemethoden en interpretatie berust veel op aannames.
Gelogd
Groeten,

Teus Luijendijk

Stilte. Wie stilte wil beschrijven moet zijn mond maar houden. Wie niets hoort luistert niet en heeft niets te vertellen.   (R. Kopland)

Ben Wielstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 2612
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #40 Gepost op: mei 30, 2012, 14:03:55 pm »

Tja, je referentie is natuurlijk het complete nucleaire genoom en daar wordt inmiddels steeds meer uit geput (had in deze studie beter gekunt, een loosy marker gebruikt). Meer info dan wat er in het nucleaire genoom zit is er niet (nou ja, wat fossielen, maar daar kom je niet zo ver mee).

Mocht je de resultaten van (mt)DNA niet aanstaan dan moet je wel beargumenteren waarom alternatieven beter zijn: hoe zeker ben je dat de traditionele taxonomie beter was? Kijk maar eens naar de babblers wat voor een puinhoop je dan mee zit. Puur dat een indeling traditioneel is maakt het niet een goede standaard.

Ik denk dat er alleen met mtDNA al een enorme vooruitgang is geboekt, ondanks dat het maar een marker is met haar eigen eigennaardigheden. Daarnaast moet je ook rekening houden met het taxonomische niveau waar je mee bezig bent: als je naar verwantschappen tussen nauw verwante soorten kijkt kan je andere issues verwachten dan bij verwantschappen tussen families.

S&M's onderzoek was niet definitief (dat is wetenschap en al helemaal taxonomie nooit) maar heeft de ideeen zeker aangescherpt. Ik vind het nog steeds helden. Ze hebben de grote lijnen er wel uitgehaald, volgens mij zijn hun wijzigingen niet totaal ontkracht en gaat het meer om 'details' zoals waar sommige families precies geplaatst worden binnen de grote lijnen (wat wil je met zo'n grove aanpak).

Je moet op basis van welke data dan ook voorzichtig zijn met het trekken van je conclusies. En taxonomie is nou eenmaal in flux per definitie. Leuk voor de taxonoom, jammer voor de gebruiker. Hoe je overigens naamgeving toepast is zeker subjectief. Dat neemt echter niet weg dat je bij studies als deze bepaalde verwantschappen vindt. Die twee zaken moet je ook niet door elkaar halen.

wumizusume

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 237
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #41 Gepost op: mei 30, 2012, 17:38:02 pm »

Tja, je referentie is natuurlijk het complete nucleaire genoom en daar wordt inmiddels steeds meer uit geput (had in deze studie beter gekunt, een loosy marker gebruikt). Meer info dan wat er in het nucleaire genoom zit is er niet (nou ja, wat fossielen, maar daar kom je niet zo ver mee).

Aan een kant helemaal waar, al zul je tegen vergelijkbare problemen aan kunnen lopen bij de analyse van het nucleaire DNA. Zo kunnen specifieke kleine verschillen in het DNA veel grotere fenotypische (en daarmee taxonomische) gevolgen hebben dan een groot aantal andere minder specifieke verschillen. Denk alleen maar aan alle (schijnbaar) nutteloze ballast die er in het DNA besloten zit, codering waarvan we (nog) niet weten waar die voor bedoeld is. En het DNA moet toch uiteindelijk via transcriptie en translatie leiden tot eiwitten, en die maken meer "de dienst uit" dan de codering die eraan ten grondslag ligt. Het is niet voor niets dat men (in elk geval in de plantenfysiologie) al gauw geneigd is over te stappen van genomics (analyse van het erfelijk materiaal) naar proteomics (analyse van het spectrum aan eiwitten dat er uit voortvloeit).
Het probleem in het gebruik van DNA (mitochondriaal èn nucleair) als marker van taxonomische diversiteit blijft m.i. dat kwantificering moeilijk is: welk percentage is voldoende verschil om van een andere soort te spreken? Het overduidelijk voordeel van mtDNA is dat het veel langzamer onderhevig is aan mutaties, en dat het wordt doorgegeven via de moederlijke lijn, maar het punt van kwantificering blijft. Bovendien heb ik begrepen dat het niet onmogelijk is dat er ook bij hogere diersoorten als vogels ineens drastischere veranderingen kunnen voorkomen in het mtDNA dan voorheen werd gedacht.

Citaat
Mocht je de resultaten van (mt)DNA niet aanstaan dan moet je wel beargumenteren waarom alternatieven beter zijn: hoe zeker ben je dat de traditionele taxonomie beter was? Kijk maar eens naar de babblers wat voor een puinhoop je dan mee zit. Puur dat een indeling traditioneel is maakt het niet een goede standaard.

Ik ben een voorstander van gebruik van alle methoden tegelijk, zeg maar een mixed species concept. Is dat niet een al bestaande term? Maar dat betekent dat je de analysegegevens op waarde moet beoordelen, met gezond verstand. Een kwestie van interpretatie dus. Dan kun je die babbler best aan. Maar niet klakkeloos de gegevens van één benadering implementeren, en de andere overboord gooien.

Citaat
Ik denk dat er alleen met mtDNA al een enorme vooruitgang is geboekt, ondanks dat het maar een marker is met haar eigen eigennaardigheden. Daarnaast moet je ook rekening houden met het taxonomische niveau waar je mee bezig bent: als je naar verwantschappen tussen nauw verwante soorten kijkt kan je andere issues verwachten dan bij verwantschappen tussen families.

Da's leuk dat je dat schrijft, want dat is precies wat ik zelf ook wilde aangeven. M.i. wordt er dus te weinig rekening gehouden met die "eigenaardigheden". Men lijkt wel gewoon te willen scoren met snelle publicaties. Overigens moet ik zeggen dat er door de auteurs in deze wereld o.h.a. voorzichtiger omgegaan wordt met conclusies dan door menig lezer.

Citaat
S&M's onderzoek was niet definitief (dat is wetenschap en al helemaal taxonomie nooit) maar heeft de ideeen zeker aangescherpt. Ik vind het nog steeds helden. Ze hebben de grote lijnen er wel uitgehaald, volgens mij zijn hun wijzigingen niet totaal ontkracht en gaat het meer om 'details' zoals waar sommige families precies geplaatst worden binnen de grote lijnen (wat wil je met zo'n grove aanpak).

Ik vind het ook helden, vergis je niet. Maar men is een beetje overhaast geweest: neem maar de veranderingen in taxonomische volgorde die zo nodig doorgevoerd moesten worden. Tien jaar later is de state of the art weer heel anders. Echt nuttig  >:( . Ook heb ik mijn vraagtekens bij het principe van DNA-DNA hybridisatie dat ze hebben toegepast. Alweer een kwestie van kwantificering: is veel overeenkomst altijd een teken van taxonomische verwantschap? En weinig overeenkomst een teken van evolutionaire divergentie? Ik denk dat het een indicatie oplevert, maar niet meer dan dat.

Citaat
Je moet op basis van welke data dan ook voorzichtig zijn met het trekken van je conclusies. En taxonomie is nou eenmaal in flux per definitie. Leuk voor de taxonoom, jammer voor de gebruiker. Hoe je overigens naamgeving toepast is zeker subjectief. Dat neemt echter niet weg dat je bij studies als deze bepaalde verwantschappen vindt. Die twee zaken moet je ook niet door elkaar halen.

Helemaal juist. Ik had het niet beter kunnen zeggen!
Gelogd
Groeten,

Teus Luijendijk

Stilte. Wie stilte wil beschrijven moet zijn mond maar houden. Wie niets hoort luistert niet en heeft niets te vertellen.   (R. Kopland)

Ben Wielstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 2612
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #42 Gepost op: mei 30, 2012, 18:58:47 pm »

Citaat
Zo kunnen specifieke kleine verschillen in het DNA veel grotere fenotypische (en daarmee taxonomische) gevolgen hebben dan een groot aantal andere minder specifieke verschillen.

Het is maar net hoe je er tegenaan kijkt. Je kan dat ook interpreteren als dat taxonomie op basis van morfologie juist tricky kan zijn! En eenzelfde issue geldt ook voor proteomics.

Citaat
Het probleem in het gebruik van DNA (mitochondriaal èn nucleair) als marker van taxonomische diversiteit blijft m.i. dat kwantificering moeilijk is

Het werken met percentages DNA divergentie als maatstaaf is zeker belachelijk, maar het is best okay om het als indicatie te gebruiken (en dan andere data te checken wat het betekent). Aan de andere kant is het onzin om er vanuit te gaan dat soortsvorming een bepaalde tijd in beslag neemt. Soortsvorming kan een generatie in beslag nemen of een onmeetbare tijd in beslag nemen en alles er tussenin.

Citaat
Het overduidelijk voordeel van mtDNA is dat het veel langzamer onderhevig is aan mutaties

Baha plantenman! Bij beesten gaat het juist snel! Daarnaast is de effectieve populatiegrootte een kwart van nucDNA, wat betekent dat lineage sorting sneller gaat. De trouwheid van het alleen door de moederlijke lijn doorgegeven worden daarentegen... Maar dat is bij gewervelden gelukkig weinig tot geen issue. Over drastische veranderingen in mutatiesnelheid weet ik even geen voorbeeld, althans, niet echt tussen redelijk nauw verwante groepen (bijvoorbeeld binnen vogels, tussen warm en koudbloedig zijn er wel weer verschillen dacht ik). Generatieduur is hier wel weer een issue, meer generaties is meer mutaties.

 
Citaat
Men lijkt wel gewoon te willen scoren met snelle publicaties.

Bladen nemen niet zo snel meer zaken op basis van alleen mtDNA aan. Wat ik eigenlijk ook weer flauw vindt. Als je voorzichtig bent met je conclusies kan alleen mtDNA heel interessant zijn.

Citaat
Ook heb ik mijn vraagtekens bij het principe van DNA-DNA hybridisatie dat ze hebben toegepast. Alweer een kwestie van kwantificering: is veel overeenkomst altijd een teken van taxonomische verwantschap?

Ik heb vooral twijfels over de resolutie. Ik zou niet anders dan grove benadering van de werkelijkheid verwachten.

wumizusume

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 237
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #43 Gepost op: mei 31, 2012, 13:03:42 pm »

Citaat
Zo kunnen specifieke kleine verschillen in het DNA veel grotere fenotypische (en daarmee taxonomische) gevolgen hebben dan een groot aantal andere minder specifieke verschillen.

Het is maar net hoe je er tegenaan kijkt. Je kan dat ook interpreteren als dat taxonomie op basis van morfologie juist tricky kan zijn! En eenzelfde issue geldt ook voor proteomics.

Mee eens. Maar dat mag niet betekenen dat het genomicstraject ineens de holy grail is. Als iedereen zich beseft dat er geen zaligmakende methode is, zouden beslissingen t.a.v. taxonomie wat meer behoudend mogen worden genomen. Nu gaat dat veel te gemakkelijk, en moeten ze niet veel later weer (om niet te zeggen alwéér) worden aangepast. Geeft het vak van taxonomie weinig aanzien zo: state of the art volgen is prima, maar als makke schapen overal achteraan rennen is bewezen niet handig.

Citaat
Citaat
Het probleem in het gebruik van DNA (mitochondriaal èn nucleair) als marker van taxonomische diversiteit blijft m.i. dat kwantificering moeilijk is

Het werken met percentages DNA divergentie als maatstaaf is zeker belachelijk, maar het is best okay om het als indicatie te gebruiken (en dan andere data te checken wat het betekent). Aan de andere kant is het onzin om er vanuit te gaan dat soortsvorming een bepaalde tijd in beslag neemt. Soortsvorming kan een generatie in beslag nemen of een onmeetbare tijd in beslag nemen en alles er tussenin.

"Belachelijk" noem jij het zelfs. Toch staat de recente literatuur vol met dat soort getallen. En ook allerlei tijdsspannen waarvan gezegd worden dat die zijn doorlopen voor het evolueren van een taxon. Zeg jij nu dat die schattingen nu ook met een korrel zout moeten worden genomen?

Citaat
Citaat
Het overduidelijk voordeel van mtDNA is dat het veel langzamer onderhevig is aan mutaties

Baha plantenman! Bij beesten gaat het juist snel! Daarnaast is de effectieve populatiegrootte een kwart van nucDNA, wat betekent dat lineage sorting sneller gaat. De trouwheid van het alleen door de moederlijke lijn doorgegeven worden daarentegen... Maar dat is bij gewervelden gelukkig weinig tot geen issue. Over drastische veranderingen in mutatiesnelheid weet ik even geen voorbeeld, althans, niet echt tussen redelijk nauw verwante groepen (bijvoorbeeld binnen vogels, tussen warm en koudbloedig zijn er wel weer verschillen dacht ik). Generatieduur is hier wel weer een issue, meer generaties is meer mutaties.

Baha! Maar dat was toch het hele idee van het gebruik van mtDNA? Dat dat juist zo'n gering tempo van mutatie vertoont? Alleen dan kun je relatief ver terug 'in de tijd kijken'. Als het snel gaat, zie je toch door de bomen het bos niet meer? Of heb ik het nu niet goed begrepen?

Citaat
Citaat
Men lijkt wel gewoon te willen scoren met snelle publicaties.

Bladen nemen niet zo snel meer zaken op basis van alleen mtDNA aan. Wat ik eigenlijk ook weer flauw vindt. Als je voorzichtig bent met je conclusies kan alleen mtDNA heel interessant zijn.

Vind ik ook. Maar waarom nemen ze niet meer zo snel die artikelen aan? Zo een beetje alle taxonomische hervormingen van de afgelopen 10 jaar zijn denk ik op dat soort onderzoeken gebaseerd!

Inkeer?

Yes! Terugdraaien die hap! (gechargeerd, ik weet het)

Gelogd
Groeten,

Teus Luijendijk

Stilte. Wie stilte wil beschrijven moet zijn mond maar houden. Wie niets hoort luistert niet en heeft niets te vertellen.   (R. Kopland)

Ben Wielstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 2612
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #44 Gepost op: mei 31, 2012, 13:41:35 pm »

Citaat
Mee eens. Maar dat mag niet betekenen dat het genomicstraject ineens de holy grail is. Als iedereen zich beseft dat er geen zaligmakende methode is, zouden beslissingen t.a.v. taxonomie wat meer behoudend mogen worden genomen. Nu gaat dat veel te gemakkelijk, en moeten ze niet veel later weer (om niet te zeggen alwéér) worden aangepast. Geeft het vak van taxonomie weinig aanzien zo: state of the art volgen is prima, maar als makke schapen overal achteraan rennen is bewezen niet handig.

Er zijn geen holy grails in de wetenschap want elke hypothese moet falcificeerbaar zijn ;-). Maar als het zo ver is dat er echt intensief uit het nucleaire genoom geput kan worden kom je wel in de buurt.

Citaat
"Belachelijk" noem jij het zelfs. Toch staat de recente literatuur vol met dat soort getallen. En ook allerlei tijdsspannen waarvan gezegd worden dat die zijn doorlopen voor het evolueren van een taxon. Zeg jij nu dat die schattingen nu ook met een korrel zout moeten worden genomen?

Wel, een diepe divergentie is een indicatie, maar niet meer dan dat. En een gebrek aan divergentie zegt niet alles.

Citaat
Baha! Maar dat was toch het hele idee van het gebruik van mtDNA? Dat dat juist zo'n gering tempo van mutatie vertoont? Alleen dan kun je relatief ver terug 'in de tijd kijken'. Als het snel gaat, zie je toch door de bomen het bos niet meer? Of heb ik het nu niet goed begrepen?

In planten muteert het relatief langzaam en in beesten relatief snel. En hoe ver je terug de tijd in kan kijken hangt af van de mutatiesnelheid. Hoe hoger die snelheid hoe slechter je resolutie verder terug (maar hoe beter recent). Dat heeft te maken met saturatie/multiple hits.

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #45 Gepost op: mei 31, 2012, 13:58:00 pm »

Volgens mij lopen hier twee dingen een beetje door elkaar heen, Teus. In het steltjes-artikel waarmee deze discussie startte, bleek dat in die boom de gestreepte ver van de Siberische strandloper staat. Daarop zei jij dat dit een reden is om niet te zwaar aan dit soort onderzoeken te tillen; oftewel, jij suggereert dat dit resultaat niet klopt. Na wat navraag van Ben en mij waarom genetische data niet, zoals wij denken, verreweg de beste data is om verwantschappen mee te achterhalen, ben je echter vooral kritisch op het gebruik van genetische data voor taxonomische beslissingen zoals het splitten en lumpen van soorten, bv. puur op basis van genetische afstand. Maar dit is natuurlijk een heel andere zaak. (Daarnaast ben je met die kritiek aan het verkeerde adres want zowel Ben als ik vinden dat laatste inderdaad belachelijk.)

Of gestreepte en Siberische strandloper elkaars zustersoorten zijn, of in het geheel niet, is een vraag die met voldoende genetische data gemakkelijk en volledig ondubbelzinnig achterhaald kan worden. Om dit uit te vinden wil je neutraal evoluerende data, en dan is genetische data verreweg het beste. En dan wel DNA, en zeker niet eiwitten (snap bv. ook niet waarom je daar over begon, wrs. ook in het kader van splitten en lumpen). In de praktijk valt er nog wel kritiek te leveren op vele studies, omdat het krijgen van "voldoende" genetische data niet triviaal is. Dus werken mensen soms alleen met mtDNA, en de kans dat de mtDNA boom dan niet overeenkomt met de "ware" boom, is best aanwezig. Dit lijkt echter geheel niet de focus van jouw kritiek, dus daarom begrijp ik niet waarom volgens jou ook voor het achterhalen van verwantschappen zoals tussen deze strandlopers, DNA niet de holy grail is? Dat is het in dat geval m.i. namelijk wel.

En wat moet er nou precies allemaal teruggedraaid worden?
Gelogd

Ben Wielstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 2612
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #46 Gepost op: mei 31, 2012, 15:43:42 pm »

Citaat
Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen.

Correctie: dat is hetzelfde onderzoek dat al beschikbaar was in de vorm van een MSc. Thesis...

wumizusume

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 237
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #47 Gepost op: juni 01, 2012, 00:02:23 am »

Volgens mij lopen hier twee dingen een beetje door elkaar heen, Teus. In het steltjes-artikel waarmee deze discussie startte, bleek dat in die boom de gestreepte ver van de Siberische strandloper staat. Daarop zei jij dat dit een reden is om niet te zwaar aan dit soort onderzoeken te tillen; oftewel, jij suggereert dat dit resultaat niet klopt. Na wat navraag van Ben en mij waarom genetische data niet, zoals wij denken, verreweg de beste data is om verwantschappen mee te achterhalen, ben je echter vooral kritisch op het gebruik van genetische data voor taxonomische beslissingen zoals het splitten en lumpen van soorten, bv. puur op basis van genetische afstand. Maar dit is natuurlijk een heel andere zaak. (Daarnaast ben je met die kritiek aan het verkeerde adres want zowel Ben als ik vinden dat laatste inderdaad belachelijk.)

Ten eerste: inderdaad: ik gooi de knuppel in het hoenderhok, en stel dat het onwaarschijnlijk is dat juist deze twee soorten (die soms in het veld niet eens gemakkelijk te onderscheiden zijn) minder verwant aan elkaar kunnen zijn dan eerder gedacht. Je schrijft zelf nota bene "ongeloofwaardig?" Let wel: als puur uit genetische analyse blijkt dat er grotere genotypeverschillen tussen de 2 zijn dan op grond van het feit dat ze in het zelfde genus voorkomen verwacht zou worden, dan is het niet dat ik dat niet geloof, ik zet alleen mijn vraagtekens bij de conclusies die je 'met de taxonomische pet op' daaruit moet trekken. Mijns inziens (en ik weet het: als outsider) betekent zulks dat een groter genotypeverschil nog niet betekent dat 2 taxa dan ook verder als soort uit elkaar liggen. En daarmee kom ik dan ook op dat vaak opduikende percentage genetisch verschil, wat te pas en te onpas gebruikt wordt om te beargumenteren dat sommige taxa maar beter als soort kunnen worden afgesplitst en andere juist gelumpt. Voorbeelden te over van sterk verschillende soorten die maar gering in DNA verschillen, en taxa die niemand ooit als soort zou durven bestempelen als ze de sterk verschillende genetische data niet hadden gezien. De dingen lopen dus m.i. niet heel erg door elkaar heen, maar ik merk wel bij Ben en jou dat jullie voor een groot deel eens zijn met mijn aanmerkingen.

Citaat
Of gestreepte en Siberische strandloper elkaars zustersoorten zijn, of in het geheel niet, is een vraag die met voldoende genetische data gemakkelijk en volledig ondubbelzinnig achterhaald kan worden.

Nou, ze kunnen ook een beetje verwant zijn, er is geen sprake van alleen maar uitersten. Maar ik neem aan dat je dat ook niet wilde suggereren. Wel meen ik te kunnen stellen dat we met de genetica veel informatie kunnen verzamelen, maar er nog te weinig van af weten om die data zoals je zegt "ondubbelzinnig" te noemen. Ik denk hierbij bijv. aan introns en andere (schijnbaar) niet-functionele stukken DNA, en epigenetica.

Citaat
Om dit uit te vinden wil je neutraal evoluerende data, en dan is genetische data verreweg het beste. En dan wel DNA, en zeker niet eiwitten (snap bv. ook niet waarom je daar over begon, wrs. ook in het kader van splitten en lumpen).

Ik bracht dat ter sprake omdat je daar een niveau verder zit, en je dus allerlei moeilijk grijpbare processen als epigenetische effecten en post-translationele modificatie voorbij bent. Een embryo zal toch door het maken van eiwitten zijn uiteindelijke fenotype ontwikkelen. Hoe die processen allemaal precies verlopen weten we nog veel te weinig van, maar zonder die eiwitten geen leven. Als je die eiwitten dus kunt 'karteren' zoals dat gebeurt met DNA-analyse voor het genotype, kun je een indruk verkrijgen van verwantschappen. Of dat bij dieren al uitgebreid is gedaan weet ik niet, bij planten heeft het in elk geval al heel wat interessante resultaten opgeleverd. Deze proteomics is echter weer een hele andere discipline, en bovendien een stuk ingewikkelder dan DNA-analyse. Maar daarom is die nog niet per sé minder waardevol dan de genomics. Je blind staren op één methode lijkt mij dus niet de juiste weg, ook al geeft DNA-analyse veel informatie. "Zeker niet eiwitten" is dus m.i. kortzichtig.

Citaat
En wat moet er nou precies allemaal teruggedraaid worden?

Daar stond een knipoog bij, dat slaat op de taxonomische beslissingen die in mijn optiek regelmatig overhaast worden genomen. Om terug te koppelen naar het begin: dat doet de resultaten van DNA-onderzoekers niet minder waard zijn, het zijn echter de conclusies die m.i. te vaak daaraan worden verbonden.
Gelogd
Groeten,

Teus Luijendijk

Stilte. Wie stilte wil beschrijven moet zijn mond maar houden. Wie niets hoort luistert niet en heeft niets te vertellen.   (R. Kopland)

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #48 Gepost op: juni 01, 2012, 10:45:41 am »

Je schrijft zelf nota bene "ongeloofwaardig?"

Dit is vanwege het beperkte aantal loci in deze specifieke studie. Het is me bovendien niet duidelijk wat alleen de nucleaire loci zeggen, ik zie alleen de analyse met alles tegelijk (mtDNA + nucleair). Tot slot is de posterior probability mager op de belangrijke plekken. Dit heeft nogmaals alleen betrekking op deze specifieke studie.

Let wel: als puur uit genetische analyse blijkt dat er grotere genotypeverschillen tussen de 2 zijn dan op grond van het feit dat ze in het zelfde genus voorkomen verwacht zou worden, dan is het niet dat ik dat niet geloof, ik zet alleen mijn vraagtekens bij de conclusies die je 'met de taxonomische pet op' daaruit moet trekken. Mijns inziens (en ik weet het: als outsider) betekent zulks dat een groter genotypeverschil nog niet betekent dat 2 taxa dan ook verder als soort uit elkaar liggen. En daarmee kom ik dan ook op dat vaak opduikende percentage genetisch verschil, wat te pas en te onpas gebruikt wordt om te beargumenteren dat sommige taxa maar beter als soort kunnen worden afgesplitst en andere juist gelumpt. Voorbeelden te over van sterk verschillende soorten die maar gering in DNA verschillen, en taxa die niemand ooit als soort zou durven bestempelen als ze de sterk verschillende genetische data niet hadden gezien. De dingen lopen dus m.i. niet heel erg door elkaar heen, maar ik merk wel bij Ben en jou dat jullie voor een groot deel eens zijn met mijn aanmerkingen.

Jij probeert die dingen heel erg door elkaar te laten lopen, maar dit klopt niet echt. Bij een dergelijk fylogenetische analyse gaat het hoofdzakelijk om relatieve en niet absolute verschillen. Uit de analyse blijkt dat er groot aantal Calidris soorten "tussen" gestreepte (GS) en siberische strandloper (SS) inzitten, oftewel, deze twee zijn, i.t.t. wat je op basis van morfologie zou verwachten, bij lange na niet elkaars nauwste verwanten. Hier zitten overigens ook nul taxonomische gevolgen aan in dit geval m.b.t naamgeving. Deze vraag, zijn GS en SS wel of niet elkaars nauwste verwanten, is dus verreweg het beste te beantwoorden met neutrale DNA data, en is een kwestie van relatieve verschillen tussen deze twee en andere strandlopers. In absolute termen heeft het alleen effect op de timing: doordat veel DNA (introns inderdaad, net zoals eiwitten wil je geen exons hebben!) (quasi-)neutraal evolueert, kun je met het aantal genetische veranderingen een schatting van de tijd sinds split maken. Hoe "ver" ze verder als soorten uit elkaar liggen, in termen van ecologie en morfologie, daar kun je idd precies niks over zeggen.

Dus juist omdat de verschillen die naar voren komen in fylogenetische analyses *neutraal* zijn, vind ik het stompzinnig om puur op basis van de mate van genetische verschillen soortstatus te bepalen (Echter, dit gaat alleen op wanneer populaties niet samen voorkomen. Wanneer populaties samen voorkomen en sterk genetisch blijken te verschillen, dan heb je wel een soort te pakken. Vele bona fide cryptische soorten zijn zo met DNA onderzoek ontdekt.). Of iets een soort is of is namelijk vrijwel niet afhankelijk van neutrale veranderingen. Jouw zin "Voorbeelden te over van sterk verschillende soorten die maar gering in DNA verschillen, en taxa die niemand ooit als soort zou durven bestempelen als ze de sterk verschillende genetische data niet hadden gezien." uitstekend het verschil tussen neutraal evoluerend DNA en niet-neutraal evoluerend fenotype weer. Het fenotype is dan juist wel nuttig bij het toewijzen van soortstatus, maar niet bij het vaststellen van verwantschappen.

Ik bracht dat ter sprake omdat je daar een niveau verder zit, en je dus allerlei moeilijk grijpbare processen als epigenetische effecten en post-translationele modificatie voorbij bent. Een embryo zal toch door het maken van eiwitten zijn uiteindelijke fenotype ontwikkelen. Hoe die processen allemaal precies verlopen weten we nog veel te weinig van, maar zonder die eiwitten geen leven. Als je die eiwitten dus kunt 'karteren' zoals dat gebeurt met DNA-analyse voor het genotype, kun je een indruk verkrijgen van verwantschappen. Of dat bij dieren al uitgebreid is gedaan weet ik niet, bij planten heeft het in elk geval al heel wat interessante resultaten opgeleverd. Deze proteomics is echter weer een hele andere discipline, en bovendien een stuk ingewikkelder dan DNA-analyse. Maar daarom is die nog niet per sé minder waardevol dan de genomics. Je blind staren op één methode lijkt mij dus niet de juiste weg, ook al geeft DNA-analyse veel informatie. "Zeker niet eiwitten" is dus m.i. kortzichtig.
Zeker niet eiwitten is idd iets te kort door de bocht (zal ik ook maar zeggen dat ik de knuppel in het hoenderhok gooide  ;) ): het kan inderdaad wel, maar is slechts in bijzondere gevallen echt nuttig. Het probleem met functionele elementen, zoals eiwitten en fenotypische kenmerken, is dus dat ze uiteraard totaal niet neutraal evolueren, en daarom vaak misleiden bij het vaststellen van verwantschappen. Desalniettemin kun je in dit soort gevallen met het combineren van kenmerken nog een heel eind komen, tot slot kloppen de klassieke indelingen op best veel plekken.
Gelogd

wumizusume

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 237
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #49 Gepost op: juni 02, 2012, 23:21:44 pm »

Ben en Jelmer, dank voor alle respons en uitleg. Weer wat meer geleerd van deze materie.
Gelogd
Groeten,

Teus Luijendijk

Stilte. Wie stilte wil beschrijven moet zijn mond maar houden. Wie niets hoort luistert niet en heeft niets te vertellen.   (R. Kopland)

HPM

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 23192
  • Herman is op 11 juli 2019 overleden.
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #50 Gepost op: juni 18, 2012, 14:30:57 pm »

Het proefschrift van Chris van Turnhout.

Van Turnhout C.A.M. 2011.
Birding for science and conservation. Explaining temporal changes in breeding bird diversity in the Netherlands.
Thesis, Radboud University, Nijmegen.
Met vier pagina's Nederlandstalige samenvatting
(PDF, 225 pp, 2.7 mb)

Gelogd
Herman van der Meer

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #51 Gepost op: juli 31, 2012, 14:38:22 pm »

Een artikel in Molecular Ecology over genetische divergentie en gene flow tussen Amerikaanse en onze Wintertalingen. Mitochondriale verschillen zijn groot, maar er is aanzienlijke nucleaire gene flow van crecca -> carolinensis. Uit de discussie: "Thus, our data indicate that these two populations remain linked in evolutionary time, stalled short of complete speciation, despite deeply divergent mtDNA."
Gelogd

Marten Hornsveld

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 110
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #52 Gepost op: augustus 03, 2012, 12:41:29 pm »

Gelogd

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #53 Gepost op: augustus 03, 2012, 15:36:06 pm »

http://www.sciencemag.org/content/337/6094/578.short

Leuk inzicht in onze koekoek!

In dezelfde uitgave staat ook nog een journalistiek stukje over dit artikel, hopelijk vrij toegankelijk: How Did the Cuckoo Get Its Polymorphic Plumage?
Gelogd

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #54 Gepost op: september 18, 2012, 08:49:29 am »

Orientation of vagrant birds on the Faroe Islands in the Atlantic Ocean
4 Sperwergrasmussen, een Blauwstaart en een Blako knallen allemaal verder naar west vanaf de Faeroer eilanden...
« Laatst bewerkt op: september 18, 2012, 09:39:56 am door jelmerpoelstra »
Gelogd

UtrechtsVogelNet

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 640
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #55 Gepost op: september 18, 2012, 09:27:06 am »

Het blijft een boeiend fenomeen, de vogeltrek. Ik kan helaas het hele artikel niet bekijken maar ik vroeg me af welk percentage van de gearriveerde zangvogels westwaarts verder trekt; ik verwacht sowieso geen grote aantallen die op de eilanden terechtkomen maar het gaat nu 'slechts' om 5 vogels die verder trekken naar W. Is dat het merendeel of juist maar een klein deel?
En hebben de gegevens betrekking op 1 seizoen of is er ook iets bekend over meerdere seizoenen?

Sorry als het allemaal in het artikel te lezen is, maar ik heb er helaas geen toegang toe.

Phil
« Laatst bewerkt op: september 18, 2012, 09:29:16 am door UtrechtsVogelNet »
Gelogd

jelmerpoelstra

  • Observado Admin
  • *
  • Offline Offline
  • Berichten: 564
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #56 Gepost op: september 18, 2012, 09:39:33 am »

De vogels die ze hebben getrackt (met radiotelemetrie, dit werkt alleen op korte afstand, dus ze kunnen dan checken in welke richting de vogel vertrekt, en dan zijn ze 'm kwijt):

1 Bladkoning - vertrekt NNW
4 Sperwergrasmus - vertrekken allen strak naar W
1 Blauwstaart - vertrekt W/WNW

3 Braamsluiper - alle kanten op
4 Fitis - oost en zuidoost
3 Zwartkop - strak zuid
1 Tuinfluiter - ZZW

Oftewel de vogels die naar het oosten of zuidoosten horen te trekken (blako, spegra, blauwstaart), gaan in (noord)westelijke richtingen. Die zijn dus niet naar de Faeroer geblazen maar vliegen actief het graf in op de Atlantische Oceaan...
De andere soorten, die normaal overwegend Z en ZW trekken (behalve Braamsluiper), doen dit ook gewoon vanaf de Faeroer, en in het stuk wordt besproken dat het voor hun dus waarschijnlijker is dat ze de Faeroer op zijn geblazen, en nu in vrij normale trekrichtingen verder gaan.
Gelogd

BramtK

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 6650
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #57 Gepost op: september 18, 2012, 09:41:08 am »

Geeft toch een treurig tintje aan dit soort schaarse soorten.  :'(
Gelogd
Groeten,

Bram ter Keurs

HPM

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 23192
  • Herman is op 11 juli 2019 overleden.
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #58 Gepost op: september 18, 2012, 10:39:05 am »

Het blijft een boeiend fenomeen, de vogeltrek. Ik kan helaas het hele artikel niet bekijken maar ik vroeg me af welk percentage van de gearriveerde zangvogels westwaarts verder trekt; ik verwacht sowieso geen grote aantallen die op de eilanden terechtkomen maar het gaat nu 'slechts' om 5 vogels die verder trekken naar W. Is dat het merendeel of juist maar een klein deel?
En hebben de gegevens betrekking op 1 seizoen of is er ook iets bekend over meerdere seizoenen?

Sorry als het allemaal in het artikel te lezen is, maar ik heb er helaas geen toegang toe.

Phil

Dit gaat over hetzelfde en dat kan je wel helemaal lezen (en downloaden)

Thorup K, Ortvad TE, Rabøl J, Holland RA, Tøttrup AP, et al. (2011)
Juvenile Songbirds Compensate for Displacement to Oceanic Islands during Autumn Migration
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0017903
Gelogd
Herman van der Meer

UtrechtsVogelNet

  • Member
  • Offline Offline
  • Berichten: 640
Re: Zwaardere vogelkost
« Reactie #59 Gepost op: september 18, 2012, 12:40:59 pm »

Dank je Herman!

Phil
Gelogd
Pagina's: 1 [2] 3 4 ... 8   Omhoog
 

Pagina opgebouwd in 0.027 seconden met 20 queries.