Hoofdmenu

Zwaardere vogelkost

Gestart door Ben Wielstra, maart 17, 2011, 14:07:18 PM

Vorige topic - Volgende topic

UtrechtsVogelNet

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ibi.12300/pdf

Om onduidelijke redenen lukt het nu wel ... en ik hoef niet te betalen.


HPM

Citaat van: UtrechtsVogelNet op augustus 11, 2015, 08:55:01 AM
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ibi.12300/pdf

Om onduidelijke redenen lukt het nu wel ... en ik hoef niet te betalen.

Het zal wel aan mij of mijn browser(instelling) liggen maar ik zie het niet.
Herman van der Meer

jeroenroelofsen

Denk het wel Herman

Lukt het via deze link wel?
Met vriendelijke groet
Jeroen Roelofsen
Mijn waarnemingen
Mijn website
Recente blog; Zuidpier IJmuiden
Nieuwe vogel soorten; Zeekoet, Kleine Rietgans, Strandleeuwerik, Waterral, Witgatje   (185 totaal)

HPM

Citaat van: jeroenroelofsen op augustus 11, 2015, 12:23:44 PM
Denk het wel Herman

Lukt het via deze link wel?

403 Forbidden
You don't have permission to access /store/10.1111/ibi.12300/asset/ibi12300.pdf on this server.
Herman van der Meer

UtrechtsVogelNet

Vanaf een PC op een hele andere locatie werkt bij mij de link ook niet meer goed - geen idee waarom niet.
Helaas pindakaas.

jeroenroelofsen

Citaat van: UtrechtsVogelNet op augustus 11, 2015, 21:43:11 PM
Vanaf een PC op een hele andere locatie werkt bij mij de link ook niet meer goed - geen idee waarom niet.
Helaas pindakaas.

Dat probleem ervaar ik ook. Via de pc op mijn werk (UvA netwerk) gaat het wel, thuis niet. Dus waarschijnlijk doordat dat een academische omgeving is en de UvA een abbo/rechten heeft om dat blad in te kijken.

De forbidden komt denk ik doordat de .pdf "on-the-fly" wordt aangemaakt, gelinkt aan mijn ip.
Met vriendelijke groet
Jeroen Roelofsen
Mijn waarnemingen
Mijn website
Recente blog; Zuidpier IJmuiden
Nieuwe vogel soorten; Zeekoet, Kleine Rietgans, Strandleeuwerik, Waterral, Witgatje   (185 totaal)

Oenanthe

Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?
Veel succes allemaal,

Maarten Verrips

OlivierO

Citaat van: Oenanthe op september 12, 2015, 13:11:15 PM
Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?

Op een gegeven moment waren er holen genoeg en zijn ze gestopt met het zelf te maken? Aangezien wij nu altijd angstvallig oude bomen neerhalen (ze zouden wel eens kunnen omvallen!!) is die overschot er minder en lijkt het ineens niet logisch meer?

Ik zeg maar wat hé ...
Olivier Olyslaegers

Wil je een vraag stellen? Kijk dan eerst even hier.

HPM

Citaat van: Oenanthe op september 12, 2015, 13:11:15 PM
Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?

Als kepen en vinken gelimiteerd worden door het aantal voor nestelen geschikte bomen zouden ze ook geholpen kunnen worden, maar voor kustnestbomen zorgen is wat moeilijker te realiseren dan nestkasten.
Als je aanneemt dat broeden in holtes veiliger is dan vrij broeden (met een hogere reproductie als gevolg), hebben Bonte vliegen een voordeel op Kepen en Vinken.
Een leuk geval is de tweelingsoort Glanskop/Matkop, waarvan de tweede (meestal?) zijn eigen holte uithakt en de eerste meestal niet. Beide capaciteiten hebben voor- en nadelen.
Het is niet allemaal zo eenvoudig.
Herman van der Meer

Oenanthe

Citaat van: OlivierO op september 12, 2015, 13:13:23 PM
Citaat van: Oenanthe op september 12, 2015, 13:11:15 PM
Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?

Op een gegeven moment waren er holen genoeg en zijn ze gestopt met het zelf te maken? Aangezien wij nu altijd angstvallig oude bomen neerhalen (ze zouden wel eens kunnen omvallen!!) is die overschot er minder en lijkt het ineens niet logisch meer?

Ik zeg maar wat hé ...
Als ik iets had aan mensen die maar wat zeggen zou ik deze vraag wel op een ander forum hebben gezet Olivier.
Veel succes allemaal,

Maarten Verrips

Guus Peterse

Nou Maarten, ik vind dat je wat overdreven reageert. Ik vind het nog zo gek niet wat Olivier zegt. Het is niet onaannemelijk dat in een nog niet door mensen beïnvloedde natuur holen inderdaad vaak in overvloed aanwezig waren. In dat geval dupeert een soort zichzelf niet door zich te specialiseren in het gebruik maken van die holen, in tegendeel wellicht, en vindt er dus geen selectie plaats tegen die eigenschap. Dan is het gewoon een slimme manier om van de gelegenheden gebruik te maken, die energie bespaart en dus voordeel oplevert.
Er zullen vast nog haken en ogen aan zitten, het zal wel gecompliceerder liggen, maar het kan een startpunt van een gedachtegang zijn.
Guus Peterse

Nieuw op mijn weblog: Kaapverdië juli - augustus 2015

OlivierO

Citaat van: Oenanthe op september 12, 2015, 15:05:33 PM
Als ik iets had aan mensen die maar wat zeggen zou ik deze vraag wel op een ander forum hebben gezet Olivier.

Het staat je vrij om dat te doen, Maarten. Op eigen risico uiteraard.

Wat ik met die "ik zeg maar wat" bedoel is dat ik geen wetenschappelijke onderbouwing heb, noch eigen of ander onderzoek, niet "van horen zeggen" of wat dan ook. Ik verzin het zelf, ter plekke. En het lijkt mij nog steeds geen totaal vreemde gedachtengang.

Of het het totaalplaatje is? Geen idee maar ik denk niet dat iemand anders wel met onderbouwde informatie zal komen, simpelweg omdat zoiets nagenoeg niet te achterhalen is.
Olivier Olyslaegers

Wil je een vraag stellen? Kijk dan eerst even hier.


pdeknijff

Weliswaar zware kost, maar wel zeer de moeite van het lezen waard en voor iedereen vrij te downloaden.
Het is fascinerend om te lezen dat twee totaal verschillende groepen met min-of-meer hetzelfde antwoord komt, maar wel ieder met hun eigen nuances.
Daarmee vullen ze elkaar echt aan.

Simplistisch uitgelegd:
We weten nu dus dat faren en satellieten het resultaat zijn van dezelfde grote genetische herschikking van een gebied met >100 genen. We weten ook dat alleen vogels met 1 kopie van deze herschikking levensvatbaar zijn (we noemen dit recessief letaal) en dat binnen dit gebied het gen te vinden is dat voor aanzienlijke pigment variatie verantwoordelijk is (MC1R). Dus, variatie binnen dit gen maakt een vogel een faar of een satelliet.
Faren en satellieten zouden eigenlijk moeten uitsterven bij een normaal voortplantingsmodel (vanwege de recessieve letaliteit). Maar daar hebben ze een trucje op gevonden (grotere ballen en meer en beter sperma): als ze met succes kunnen paren hebben ze een grotere kans op jongen, en wellicht ook gemiddeld iets meer jongen. En daarmee compenseren ze voldoende. Niet toevallig liggen de genen die mogelijk voor deze compensatie verantwoordelijk zijn ook binnen deze genetische herschikking.

Er zijn veel parallellen tussen deze studie en de eerder besproken Kraaien studie. Ook hier is waarschijnlijk slechts 1 grote genetische herschikking verantwoordelijk voor een complex model van uiterlijke verschillen. en een soortgelijk model was ook al bij de Witkeelgors als verklaring voor de twee kleurvormen gevonden.


Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

migratorius

Citaat van: pdeknijff op november 18, 2015, 08:57:06 AMSimplistisch uitgelegd:
We weten nu dus dat faren en satellieten het resultaat zijn van dezelfde grote genetische herschikking van een gebied met >100 genen. We weten ook dat alleen vogels met 1 kopie van deze herschikking levensvatbaar zijn (we noemen dit recessief letaal) en dat binnen dit gebied het gen te vinden is dat voor aanzienlijke pigment variatie verantwoordelijk is (MC1R). Dus, variatie binnen dit gen maakt een vogel een faar of een satelliet.
Als ik het goed begrijp verklaart dat dan ook dat dochters van faren met een faar geen jongen kunnen krijgen, wat Norman (tussen zijn getrol door) op DB al opgemerkt had?

JanHein

pdeknijff

Nee.
Simpele klassieke overerving:
Als we de genetische herschikking voor het gemak A noemen en de normale toestand B, dan zijn de satellieten en de faren voor dit gebied allemaal AB (als ze BB waren dan zouden het honken zijn).
Faren (AB) kunnen bij een normaal vrouwtje (BB) AB jongen en BB jongen krijgen in een verhouding 50% / 50%.
Faren (AB) krijgen bij een faar vrouwtje (AB) gemiddeld 25% AA jongen (maar deze zijn letaal dus worden niet geboren), 50% AB (dus weer faar) en 25% BB (dus normaal).

Dus dochters van faren krijgen weldegelijk jongen, zelfs met een faar.
Let wel, voor satellietmannetjes is dit exact hetzelfde. Alleen is in de totale populatie de frequentie van satellieten hoger dan faren (5-20% vs < 1%).

Ook blijkt nu, i.t.t. een eerdere publicatie geen sprake meer te zijn van geslachtsgebonden overleving.

Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

migratorius


Klaas van Dijk

"Published online 02 Feb 2016: Morphological differentiation of Icelandic Redpolls, Acanthis flammea islandica" ( http://www.tandfonline.com/eprint/TF5BchPGQKibZrTnRxkR/full ).


HPM

Citaat van: hdijk op juni 25, 2016, 00:06:42 AM

https://www.sciencedaily.com/releases/2016/06/160624110314.htm

Het is altijd handig als de mensen weten waar ze naartoe worden gestuurd
"Experts have made a surprising discovery that could subvert the significance of traditional criteria used for species classification. Employing novel techniques to retrieve DNA sequences from thousands of genomic locations, the researchers were able to uncover an unusual case of cryptic speciation in the Streak-eared Bulbul [Pycnonotus blanfordi], a bird widespread throughout South-east Asian countries."
Herman van der Meer

migratorius

De verschillen tussen Golden-winged en Blue-winged Warblers liggen vrijwel uitsluitend in de genen die het uiterlijk bepalen: http://www.eeb.cornell.edu/lovette/wp-content/uploads/2016/08/Toews-Taylor-et-al-2016.pdf

JanHein

Klaas van Dijk

Gister verscheen "Species-level divergences in multiple functional traits between the two endemic subspecies of Blue Chaffinches Fringilla teydea in Canary Islands".

Dit is een erg leesbaar artikel met veel genuanceerde uitspraken over de huidige stand van zaken / visie over taxonomie. Erg aanbevolen. Te lezen via https://bmczool.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40850-016-0008-4 (open access).

Vriendelijke groeten,

Klaas

pdeknijff

Weer een fraai genoomwijd DNA verhaal over een fascinerende soort: Yellow-rumped warbler Setophaga coronata:

http://www.bioone.org/doi/pdf/10.1642/AUK-16-61.1

AOU ziet dit als 1 soort met vier ondersoorten, de IOC ziet dit als drie soorten: S. coronata (Myrtle), S. auduboni auduboni (Audubon's), S. a. nigrifrons (Black-fronted), en S. goldmani (Goldman's).
Zeer uitvoerig DNA onderzoek laat nu zien dat de IOC visie terecht is.
Wat ik ookl goed vind aan dit verhaal is de openhartigheid van de auteurs t.a.v. de status van auduboni ssp.
Ze schrijven hierover:

"We anticipate that the taxonomic treatment of the Black-fronted Warbler will continue to generate discussions among nomenclature committees. As a small-scale
example of this debate, we note that even the authors of this current paper have differing opinions about whether nigrifrons and auduboni are best treated as 1 or 2 species. D.P.L.T., A.B., and C.G. prefer the recent status quo of one species until more data regarding reproductive isolation are obtained, whereas B.M. and D.E.I. believe the evidence for at least partial reproductive isolation is sufficient and prefer the original treatment of the 2 taxa as distinct species."

Erg fraai verhaal, en een schoolvoorbeeld. Nog meer discussie over de soortstatus van Myrtle, Audubon's en Goldman's lijkt me overbodig hiermee.
Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

pdeknijff

Een nieuwe Ganzen (Branta en Anser) fylogenie.

Onderzoekers van de Wageningse Universiteit, in samenwerking met de Universiteit van Konstanz(Duitsland), het Max Planck Instituut voor Ornithologie in Radolfzell (Duitsland) en de Simon Fraser Universiteit te Burnaby (Canada) publiceerde onlangs een zeer leerzaam verhaal over de fylogenie van "echte" ganzen:
Jente Ottenburghs, Hendrik-Jan Megens, Robert H.S. Kraus, Ole Madsen, Pim van Hooft, Sipke E. van Wieren, Richard P.M.A. Crooijmans, Ronald C. Ydenberg, Martien A.M. Groenen, Herbert H.T. Prins. A tree of geese: A phylogenomic perspective on the evolutionary history of True Geese. Molecular Phylogenetics and Evolution 101 (2016) 303–313.

Door slim om te gaan met min-of-meer complete genoom sequentie data waren ze in staat om een nieuwe fylogenie te reconstrueren op grond van ruim 6,6 miljoen baseparen (ca. 41,700 exons van 5887 genen) bij ieder van de 19 taxa welke bij deze studie werden geanalyseerd (zie bijgesloten stamboom). Ik heb de verkregen zeer robuuste stamboom qua structuur exact overgenomen, maar de naamgeving van de taxa aangepast aan de huidige officiële Nederlandse lijst.

De resultaten waren hier en daar toch wel verassend. Wat mij opvalt is:
1) Brandgans en Kleine Canadese gans zijn zustersoorten, en niet (zoals altijd werd aangenomen) de twee Canadese ganzen.
2) Kleine Rietgans  en Toendrarietgans zijn zustersoorten, niet Toendra - en Taigarietgans.
3) Indische Gans heeft de meest basale positie binnen de groep van Anser soorten.
4) De "witte " Anser soorten vormen een aparte groep binnen de overige "grijze" Anser soorten en vallen daarmee binnen het genus Anser en niet, zoals anderen soms aannemen of voorstellen, tot een part genus Chen.
Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

Thijs Fijen

Vrijwel alle samples komen van ganzen uit gevangenschap. Dit staat er in de Supplemental Material: "All samples were collected from captive birds, except for Greater White-fronted Goose and Barnacle Goose. All breeders insured us that hybridization is avoided at all times. And the wild samples did not show any signs of hybridization. Furthermore, we should have been able to detect recent hybridization events during the analysis, which was not the case. " Ik weet niet wat dit voor effect heeft/kan hebben op de conclusies? Hoe test je voor hybridisatie in het verleden?
Thijs Fijen

pdeknijff

Met een dergelijke grote set aan genetische variatie per vogel kun je gemengde genetische origine goed detecteren mits je de juiste bio-statistische trucs gebruikt.
Dat heeft deze groep gedaan. Details zijn helaas te complex om hier kort uit te leggen.
Ben het met je eens dat "wildvang" data nog beter was geweest.

Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

Thijs Fijen

Citaat van: pdeknijff op september 19, 2016, 16:43:35 PM
Met een dergelijke grote set aan genetische variatie per vogel kun je gemengde genetische origine goed detecteren mits je de juiste bio-statistische trucs gebruikt.
Dat heeft deze groep gedaan. Details zijn helaas te complex om hier kort uit te leggen.
Ben het met je eens dat "wildvang" data nog beter was geweest.
Helder. Ik vermoedde al iets met dergelijke complexiteit. Jouw oordeel lijkt me voldoende hier ;)
Thijs Fijen

Datura

Citaat van: pdeknijff op september 19, 2016, 11:22:20 AM
...
3) Indische Gans heeft de meest basale positie binnen de groep van Anser soorten.
4) De "witte " Anser soorten vormen een aparte groep binnen de overige "grijze" Anser soorten en vallen daarmee binnen het genus Anser en niet, zoals anderen soms aannemen of voorstellen, tot een part genus Chen.

Even voor mijn fylogenetisch besef (verbeter me als ik het fout heb): Aangezien niet vast staat vanaf welke genetische afstand een apart genus 'begint' is het toch nog steeds mogelijk om de 'witte Ansers' in een eigen genus te benoemen, alleen vereist dit, gezien de stamboom, wel dat de Indische gans dan ook buiten het geslacht Anser geplaatst wordt. Hij zou dan in een eigen (monotypisch) genus ingedeeld moeten worden, een snelle check leert dat hij die ook al heeft: Eulabeia indica.
Natuurlijke groeten van
Kim Lotterman

Crossbill guides

pdeknijff

Dat is dus niet de oplossing waar de schrijvers voor hebben gekozen. Het is ook een meer complexe oplossing voor een eenvoudig "probleem". We wachten rustig af hoe de hoeders van onze lijsten hiermee omgaan.
Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

migratorius

Citaat van: pdeknijff op september 20, 2016, 15:12:19 PM
Dat is dus niet de oplossing waar de schrijvers voor hebben gekozen. Het is ook een meer complexe oplossing voor een eenvoudig "probleem". We wachten rustig af hoe de hoeders van onze lijsten hiermee omgaan.
Aangezien het splitten van genera momenteel in de mode is vrees ik het ergste...

JanHein