Hoofdmenu

Zwaardere vogelkost

Gestart door Ben Wielstra, maart 17, 2011, 14:07:18 PM

Vorige topic - Volgende topic

HPM

#120
Antero Lindholm (2014) Occurrence of the alternative call of Common Chiffchaff in Finland and Estonia Caluta 6:1-13
http://www.caluta.liitin.net/Caluta/Caluta6.pdf

"The 'sweeoo' call of Chiffchaff occurred as a dominant call in "invasions" in
about ten-year intervals. Both of the better documented "invasions" started in
Estonia one year earlier than in Finland and lasted two years in Finland and
three years in Estonia. The call used in the second year of invasion in Finland
was of simpler type in both invasions. There are no known morphological or
genetic differences between alternatively calling birds and normal abietinus
from the same areas, and it is very probable that they are from the same
population and taxon. The causes of the birth and death of the occurrence of
the call type are still a mystery."

Zie ook de topics
http://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=168698.0
http://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=138958.0
Herman van der Meer

bert regensburg


marijn

Nieuw artikel Over Palestijnse Bosuil en Omaanse Uil.
Multiple lines of evidence confirm that Hume's Owl Strix butleri (A. O. Hume, 1878) is two species, with description of an unnamed species (Aves: Non-Passeriformes: Strigidae)

De auteurs gooien de boel even op de schop (wat we nu als populaties van S. butleri beschouwen, strijkt niet met het type dat van deze soort verzameld is --> 'Palestijnse Bosuil' wordt nieuwe soort S. hadorami, en S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn) en de knuppel in het hoenderhoek (wat betreft het niet verzamelen van een type van S. omanensis door Robb et al.)!

Zie ook onder http://www.dutchbirding.nl/gallery.php?p=bigpic&gal=5&fid=9728&page=zoek
Marijn Prins

Thijs Fijen

Over 'S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn' geven ze zelf ook al toe dat dit ook net zo goed niet kan zijn omdat ze net als Robb et al. niet beschikken over DNA of een specimen. Gewoon een extra statement voor de bekende knuppel..

Ik weet niet of het een normale tekst is in deze tak van wetenschap, maar ik vond het een beetje schoppen naar Robb et al. aan de ene kant en vriendjes maken naar Hadoram aan de andere kant (en een klein beetje eer opstrijken dat zij dus een soort van ontdekkers zouden zijn van de Omani uil?). Is dit normaal?
Thijs Fijen

lupokatja

Citaat van: Thijs Fijen op januari 06, 2015, 13:15:06 PM
Over 'S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn' geven ze zelf ook al toe dat dit ook net zo goed niet kan zijn omdat ze net als Robb et al. niet beschikken over DNA of een specimen. Gewoon een extra statement voor de bekende knuppel..

Ik weet niet of het een normale tekst is in deze tak van wetenschap, maar ik vond het een beetje schoppen naar Robb et al. aan de ene kant en vriendjes maken naar Hadoram aan de andere kant (en een klein beetje eer opstrijken dat zij dus een soort van ontdekkers zouden zijn van de Omani uil?). Is dit normaal?

Vind je dat de kritiek onterecht is of dat ie op een ongepaste manier wordt geuit? Ik schrik er eerlijk gezegd niet echt van (al heb ik het artikel maar vluchtig heb doorgenomen).

Lutzen

Thijs Fijen

Citaat van: lupokatja op januari 06, 2015, 13:47:18 PM
Citaat van: Thijs Fijen op januari 06, 2015, 13:15:06 PM
Over 'S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn' geven ze zelf ook al toe dat dit ook net zo goed niet kan zijn omdat ze net als Robb et al. niet beschikken over DNA of een specimen. Gewoon een extra statement voor de bekende knuppel..

Ik weet niet of het een normale tekst is in deze tak van wetenschap, maar ik vond het een beetje schoppen naar Robb et al. aan de ene kant en vriendjes maken naar Hadoram aan de andere kant (en een klein beetje eer opstrijken dat zij dus een soort van ontdekkers zouden zijn van de Omani uil?). Is dit normaal?

Vind je dat de kritiek onterecht is of dat ie op een ongepaste manier wordt geuit? Ik schrik er eerlijk gezegd niet echt van (al heb ik het artikel maar vluchtig heb doorgenomen).

Lutzen

Kritiek is welkom, dat zullen ze bij TSA ook voor open staan. Het is inderdaad de manier waarop waar ik van 'schrik'. Dat jij er niet van schrikt laat al enigszins zien dat het in deze tak van wetenschap wat gebruikelijker is (toch?).
Thijs Fijen

caliprobola

Als je de laatste post van Klaas van Dijk leest bij de comments onder de foto op dutchbirding lijkt het me toch wat genuanceerder dan natrappen.
Overigens  de kritiek die er al bij het verschijnen van het artikel te horen was (zie bv post van Vincent van der Spek van 5 oktober 2013 onder diezelfde foto). Geen probleem om geen type-exemplaar in te zamelen maar een vangst van een exemplaar zou de hele zaak heel wat sterker gemaakt hebben. Met de beschikbaarheid van enkele basis biometrische gegevens + DNA-materiaal lijkt me dat een aantal van de vragen die het nieuwe artikel nu opwerpt al een antwoord zouden hebben.

Ben Wielstra

Niks mis met hoe de auteurs het zeggen lijkt me. Als Robb et al. zulke commentaar niet zouden willen ontvangen dan hadden ze het maar anders aan moeten pakken. De soortsbeschrijving weglaten of uitstellen bijvoorbeeld.

Ik vind de een na laatste paragraaf van de discussie van het Zootaxa artikel wel een beetje suf. Het argument 'we hebben niet verzamelt want x is mogelijk schaars' is ongeldig want achteraf is gebleken dat x niet schaars is...

Duidelijk dat er DNA van over de hele range nodig is, dat kan je ook gebruiken om de herkomst van het type van butleri te benaderen. Een beetje braakballen zoeken hoeft toch niet zo moeilijk te zijn?Alleen uit het kaartje begrijp ik wel dat de range van de groep eigenlijk wel heel slecht bekend is.

Thijs Fijen

Het zal wel liggen aan de bril die ik op had toen ik het las ;).
Niks mis met de boodschap van het verhaal overigens, vanaf het begin af aan al niet.
Thijs Fijen


ArjenDrost †


pdeknijff

Het ziet er echt uit als een hybride!
Foto's staan in het artikel.

Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

ArjenDrost †

Citaat van: pdeknijff op februari 11, 2015, 08:15:40 AM
Het ziet er echt uit als een hybride!
Foto's staan in het artikel.
Ik ben bang dat ik daar geen toegang toe heb :(

Ben Wielstra

Ik kan het wel doorsturen, geef je email maar door.

ArjenDrost †

Citaat van: Ben Wielstra op februari 11, 2015, 08:45:50 AM
Ik kan het wel doorsturen, geef je email maar door.
Je hebt een pb. Dank.

Calonectris

Filip Collet.

Vincent Hart

Groet, Vincent


Als je goed om je heen kijkt
zie je dat alles gekleurd is                    K. Schippers

snwja3

#137
Moet je dat bij Stejnegers ook nog gaan uitsluiten?  ;)

Editie, zag dat Max dat ook al dacht.
Wietze Janse

Klaas van Dijk

#138
Veel extra leesvoer nu gratis toegankelijk via http://aoucospubs.org/

CiteerThe Auk and The Condor, Expanding Access By Nate Swick, on February 28, 2015 Big news in the bird academic publications front, as two venerable ornithological publications, The Condor and The Auk, have made most of the the last 15 years worth of issues available completely for free on their website. As pre-2000 articles are already freely available on the Searchable Ornithological Research Archive (SORA), this means that the entirety of the magazine's articles through 2013, are available for free.

Bron: http://news360.com/article/280823558



Klaas van Dijk

Nog meer leesvoer van een minder makkelijk toegankelijk tijdschrift wat ook gratis toegankelijk is gemaakt:

Citeer
We are very happy to announce that Scopus is now Open Access. Recent volumes (29–34) are freely available on African Journals Online. Volume 28 will be uploaded in the coming days. http://www.ajol.info/index.php/scopus then click on 'Archives'

Back issues (volumes 1–27) are freely available on the Biodiversity Heritage Library. Volumes 28-34 will also be uploaded to BHL soon. http://biodiversitylibrary.org/bibliography/64405#/summary

Back issues of Special Supplements (Birds of Somalia, Birds of the Kampala Area, and Birds of South Sudan) are freely available on the Biodiversity Heritage Library http://biodiversitylibrary.org/bibliography/67967#/summary


Vriendelijke groeten,

Klaas van Dijk

Thijs Fijen

Citaat van: Ben Wielstra op maart 03, 2015, 19:41:34 PM
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.13140/abstract
Tijd om barmsijzen te lumpen
Misschien ben ik het wel met je eens, maar een snelle scan van de supplementary info levert toch wel een sample bias op.
Bijvoorbeeld voor de ecological niche models zijn alleen maar waarnemingen/individuen uit Amerika te vinden. A. cabaret materiaal is verzameld in slechts twee bekende plekken, de andere 4 (ja, slechts 6!) zijn verzameld op een onbekende plek. Dat terwijl er ook maar 4 A. flammea in Europa zijn verzameld waarvan nog eens 3 op dezelfde plek als een eerdere A. cabaret. De rest van de samples van A. flammea komen uit USA...
Misschien eens lezen hoe ze hier mee om zijn gegaan, maar ik kan dit format niet zo goed lezen..
Thijs Fijen

migratorius

Op DB gaf ik dit commentaar:
Citaat van: ikzelfGelukkig hebben ze het alleen over een clinale overgang van flammea naar hornemanni in Noord-Amerika, zodat we verder aan de messcherpe transitie tussen deze twee in Scandinavië kunnen vasthouden.
Jammer dat ik het hele artikel niet kan lezen en de supporting info niet begrijp...
BirdLife schijnt de barmsijzen al gelumpt te hebben, dus wellicht volgt de IOC-lijst ook. En wie volgt waarneming.nl?
Een soortgelijk onderzoek in Europa zou zeker interessant zijn.

JanHein

Ben Wielstra

Op zich was hieruit al duidelijk dat het een pot nat was:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790308000961


Sampling omvat Europa.

migratorius

Citaat van: Ben Wielstra op maart 04, 2015, 10:37:04 AM
Op zich was hieruit al duidelijk dat het een pot nat was:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790308000961
Maar de onderzoekers maken hetzelfde voorbehoud dat ik aanvoer. Voor Noord-Amerika lijkt met het nieuwste artikel wel aangetoond te zijn dat er geen "scherpe overgang" is, maar voor Europa nog niet. Of ik *zelf* geloof dat er in Europa drie of vier soorten barmsijs rondvliegen is iets anders...

JanHein

pdeknijff

Voor de fijnproevers onder ons, hieronder het e.e.a. over Fitissen.

Max Lunberg promoveerde bij Staffan Bensch (zie http://lup.lub.lu.se/luur/download?func=downloadFile&recordOId=4695820&fileOId=4695828 voor een samenvatting) op fitissen, met een paar leuke resultaten.

1) behalve forse genetische variatie in slechts drie stukjes genoom, zijn de ssp trochilus en acredula genetisch niet of nauwelijks te onderscheiden, niet autosomaal en ook niet (i.t.t. tjiffen) in het mtDNA.
2) yakutensis lijkt genetisch niet te verschillen van acredula.
3) wat weinig vogelaars zich realiseren loopt de grens tussen trochillus en acredula niet langs 15 graden oosterlengte, sommigen onder ons denken dat dat een soort van mythische grens is.

Voor een eenvoudige DNA test om acredula en trochillus te herkennen is mtDNA onbruikbaar, en moeten we een autosomale test ontwikkelen. Waar we dus nu mee bezig zijn. Voor yakutensis  is op dit moment geen enkel DNA kenmerk bekend!

Hiermee ontstaan parallellen tussen de Zwarte/Bonte Kraai, de Barmsijzen en Fitissen, en er zullen nog wel meer van dit soort artikelen gaan verschijnen.

Tussen vogelpopulaties die qua uiterlijk/zang of geluid/biometrie redelijk of goed te onderscheiden zijn vinden we niet of nauwelijks genetische variatie, tenzij je het (vrijwel) complete genoom in kaart brengt EN een compleet overzicht hebt van de genexpressie verschillen tussen de verschillende populaties.
Pas dan worden minimale verschillen duidelijk die soms voor bijna 100% overeenkomen met de verschillende populaties.
Ook lijkt er geen enkele samenhang te zijn tussen eventuele mtDNA variatie en autosomale variatie.

De discussie over het Barmsijzenverhaal is m.i. dus enigszins prematuur, want in veel details mankeert er nog wel het e.e.a. aan.
Voort soortconcepten wordt het er ook niet eenvoudiger op. Want zijn populaties die voor 99.99% (of meer) genetisch identiek zijn nog discrete soorten? Of wordt het tijd om de bestaande concepten te negeren en over iets anders na te denken?

Later meer hierover....


Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

Ben Wielstra

Je moet wel uitkijken voor cirkelredenatie hier: zoeken naar verschillen tussen van te voren bepaalde groepen. Met de enorme stoot data die je tegenwoordig kan genereren is de kans groot dat een deel daarvan je favoriete hypothese ondersteunt. Maar daarmee heb je soortstatus nog niet aangetoond, ongeacht je definitie. Het is frapant bijvoorbeeld bij de barmsijzen dat ze juist zo homogeen zijn genetisch. Daar moet een verklaring voor zijn.

pdeknijff

Ha Ben,

Ik ben dit met je eens, maar het probleem van de Barmsijzenstudie is nu juist dat het zowel qua sequentie informatie als gen-expressie resolutie mist.
Staffan heeft onvoorstelbaar veel geluk gehad 10 jaar geleden toen hij met AFLPs twee discriminerende autosomale SNPs aantrof.
Deze twee SNPs liggen in twee van de drie relatief kleine gebieden die in dit proefschrift staan.
Bij de kraaien werden discriminerende SNPs pas gevonden na massaal genexpressie en sequence geweld.
Ik sluit dus niet uit dat er bij de Barmsijzen uiteindelijk verschillen (hoe weinig dan ook) gevonden gaan worden, maar daarvoor heb je dus echt complete genomen van aardig wat exemplaren nodig.
M.i. is de nieuwe studie, ondanks de zeer goede design, nog steeds prematuur. Dat hebben we dus van de kraaien en de fitissen geleerd.
T.a.v. evt. soortstatus, dat is toch een inmiddels achterhaald idee? Als er iets is wat we van complete genome phylogeny leren is dat het toepassen van welk concept dan ook zinloos maakt. We hebben het daar nog wel eens over.
Met vriendelijke groet,

Peter de Knijff

Ben Wielstra

#148
Hoi Peter,


Bij de barmsijzen is het natuurlijk niet zo zwart-wit (zwart-grijs) als bij de kraaien. De kraaien zijn gemakkelijk in twee groepen te verdelen, hybriden springen er uit en er is bewijs voor selectie tegen hybridisatie. Je hebt dus een goede hypothese om te testen. Hoewel er wel labels op barmsijzen geplakt worden is dit m.i. erg kunstmatig. Denk aan witstuiten in NL: als een vogel niet op elk van een lijstje kenmerkstoestanden voldoende scoort (continue kenmerken overigens) is het geen witstuit. Scheef genoeg is het dan wel een grote. Als juist grote een zeldzaamheid was in NL was zouden alle tussenvormen als witstuit de boeken in gaan? De split van kleine is meer op splitgeilheid dan op data berust.


De nieuwe studie (die wel een beetje all over the place is moet ik zeggen) maakt minimaal kristal helder dat de barmsijzen radiatie super recent is en/of dat er enorm veel gene flow is. Voor soortstatus zou je aan moeten tonen dat er desondanks consistente verschillen zijn op sommige stukjes genoom en dat er selectie tegen hybriden is. Ik zou zelf zeggen dat zolang die verschillen en selectie niet gevonden zijn je null hypothese een enkele barmsijs soort zou moeten zijn. De burden of proof ligt dus bij de splitters.


Ik weet niet wat je precies bedoeld met je opmerking over soortstatus, maar natuurlijk zijn groepen als barmsijzen (en kruisbekken!) outliers (en daarmee extra interessant). Met een Coyne & Orr Biological Species Concept kom je doorgaans een heel eind. Zolang men maar niet te dogmatisch is met een soortconcept kom je er meestal wel uit, zelfs bij Italiaanse mus.



Zou je de Staffan referentie kunnen geven? Is dit nooit verder dan proefschrift gekomen?

ArjanH

Burden of proof, outliers, all over the place, gene flow, radiatie en wat voor een dure termen al niet meer om indruk te maken: kan er niet gewoon op een wijze een mening verkondigd worden die voor iedereen begrijpelijk is  ? Dit is nauwelijks leesbaar.