Tja, je referentie is natuurlijk het complete nucleaire genoom en daar wordt inmiddels steeds meer uit geput (had in deze studie beter gekunt, een loosy marker gebruikt). Meer info dan wat er in het nucleaire genoom zit is er niet (nou ja, wat fossielen, maar daar kom je niet zo ver mee).
Aan een kant helemaal waar, al zul je tegen vergelijkbare problemen aan kunnen lopen bij de analyse van het nucleaire DNA. Zo kunnen specifieke kleine verschillen in het DNA veel grotere fenotypische (en daarmee taxonomische) gevolgen hebben dan een groot aantal andere minder specifieke verschillen. Denk alleen maar aan alle (schijnbaar) nutteloze ballast die er in het DNA besloten zit, codering waarvan we (nog) niet weten waar die voor bedoeld is. En het DNA moet toch uiteindelijk via transcriptie en translatie leiden tot eiwitten, en die maken meer "de dienst uit" dan de codering die eraan ten grondslag ligt. Het is niet voor niets dat men (in elk geval in de plantenfysiologie) al gauw geneigd is over te stappen van genomics (analyse van het erfelijk materiaal) naar proteomics (analyse van het spectrum aan eiwitten dat er uit voortvloeit).
Het probleem in het gebruik van DNA (mitochondriaal èn nucleair) als marker van taxonomische diversiteit blijft m.i. dat kwantificering moeilijk is: welk percentage is voldoende verschil om van een andere soort te spreken? Het overduidelijk voordeel van mtDNA is dat het veel langzamer onderhevig is aan mutaties, en dat het wordt doorgegeven via de moederlijke lijn, maar het punt van kwantificering blijft. Bovendien heb ik begrepen dat het niet onmogelijk is dat er ook bij hogere diersoorten als vogels ineens drastischere veranderingen kunnen voorkomen in het mtDNA dan voorheen werd gedacht.
Mocht je de resultaten van (mt)DNA niet aanstaan dan moet je wel beargumenteren waarom alternatieven beter zijn: hoe zeker ben je dat de traditionele taxonomie beter was? Kijk maar eens naar de babblers wat voor een puinhoop je dan mee zit. Puur dat een indeling traditioneel is maakt het niet een goede standaard.
Ik ben een voorstander van gebruik van alle methoden tegelijk, zeg maar een
mixed species concept. Is dat niet een al bestaande term? Maar dat betekent dat je de analysegegevens op waarde moet beoordelen, met gezond verstand. Een kwestie van interpretatie dus. Dan kun je die babbler best aan. Maar niet klakkeloos de gegevens van één benadering implementeren, en de andere overboord gooien.
Ik denk dat er alleen met mtDNA al een enorme vooruitgang is geboekt, ondanks dat het maar een marker is met haar eigen eigennaardigheden. Daarnaast moet je ook rekening houden met het taxonomische niveau waar je mee bezig bent: als je naar verwantschappen tussen nauw verwante soorten kijkt kan je andere issues verwachten dan bij verwantschappen tussen families.
Da's leuk dat je dat schrijft, want dat is precies wat ik zelf ook wilde aangeven. M.i. wordt er dus te weinig rekening gehouden met die "eigenaardigheden". Men lijkt wel gewoon te willen scoren met snelle publicaties. Overigens moet ik zeggen dat er door de auteurs in deze wereld o.h.a. voorzichtiger omgegaan wordt met conclusies dan door menig lezer.
S&M's onderzoek was niet definitief (dat is wetenschap en al helemaal taxonomie nooit) maar heeft de ideeen zeker aangescherpt. Ik vind het nog steeds helden. Ze hebben de grote lijnen er wel uitgehaald, volgens mij zijn hun wijzigingen niet totaal ontkracht en gaat het meer om 'details' zoals waar sommige families precies geplaatst worden binnen de grote lijnen (wat wil je met zo'n grove aanpak).
Ik vind het ook helden, vergis je niet. Maar men is een beetje overhaast geweest: neem maar de veranderingen in taxonomische volgorde die zo nodig doorgevoerd moesten worden. Tien jaar later is de
state of the art weer heel anders. Echt nuttig

. Ook heb ik mijn vraagtekens bij het principe van DNA-DNA hybridisatie dat ze hebben toegepast. Alweer een kwestie van kwantificering: is veel overeenkomst altijd een teken van taxonomische verwantschap? En weinig overeenkomst een teken van evolutionaire divergentie? Ik denk dat het een indicatie oplevert, maar niet meer dan dat.
Je moet op basis van welke data dan ook voorzichtig zijn met het trekken van je conclusies. En taxonomie is nou eenmaal in flux per definitie. Leuk voor de taxonoom, jammer voor de gebruiker. Hoe je overigens naamgeving toepast is zeker subjectief. Dat neemt echter niet weg dat je bij studies als deze bepaalde verwantschappen vindt. Die twee zaken moet je ook niet door elkaar halen.
Helemaal juist. Ik had het niet beter kunnen zeggen!