Observation international

Soortgroepen => Vogels => Topic gestart door: Ben Wielstra op maart 17, 2011, 14:07:18 pm

Titel: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 17, 2011, 14:07:18 pm
Hallo,

Ik maak dit topic aan met het idee om de wat 'zwaardere kost' te posten als stevige artikelen en dergelijke. Om nou elke keer een nieuw topic aan te maken gaat misschien wat ver. Ik laat het aan de admins om te beslissen of dat een goed idee is.

Anyway, ik wil jullie even wijzen op een nieuw artikel over de Noordse Boszanger:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-919X.2011.01116.x/abstract (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-919X.2011.01116.x/abstract) (niet gratis in te zien)
volgend op een eerder artikel
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/10/35 (http://www.biomedcentral.com/1471-2148/10/35) (wel voor gratis)

Die rakker is nu in drieen gesplit. De eerste indicatie (eerste van de twee artikelen) toonde grote genetische divergentie. De tweede kijkt naar verschillen in zang om een split te substantieren. Daarnaast was het een puinhoop in het complex omdat een deel van de typeexemplaren van ondersoorten niet op de broedplekken maar in het overwinteringsgebied verzameld zijn. Dat is nu opgelost door de typen zelf aan DNA onderzoek te onderwerpen.

EDIT: Iedereen nu NoBo van de lijst totdat aangetoond is welke vorm we gezien hebben? Ik heb die van Castricum (gaa-haaf).
Titel: Re: Zwaardere vogel kost
Bericht door: rinsevdvliet op maart 17, 2011, 14:21:14 pm
Als je in de titel de spatie tussen het tweede en het derde woord eens weg zou halen, word je bedoeling sneller duidelijk..
Rinse
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 17, 2011, 14:49:10 pm
Zo goed?
Titel: Re: Zwaardere vogel kost
Bericht door: Ben Gaxiola op maart 17, 2011, 14:51:00 pm
Als je in de titel de spatie tussen het tweede en het derde woord eens weg zou halen, word je bedoeling sneller duidelijk..
Rinse

http://www.spatiegebruik.nl/ (http://www.spatiegebruik.nl/)
Titel: Re: Zwaardere vogel kost
Bericht door: marijn op maart 19, 2011, 11:35:34 am

word je bedoeling sneller duidelijk..
Rinse, http://www.dtspellen.nl/ (http://www.dtspellen.nl/) ..? :)


@Ben: interessant, kun je ff de auteur etc. noemen? Ik kan helaas niet meer voor gratis bij zo'n link.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 19, 2011, 15:28:15 pm
De links zijn naar de abstract tonen de details. De BMC journals zijn geloof ik geheel gratis.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 19, 2011, 18:24:30 pm
Not So Eagle Eyed: New Study Reveals Why Birds Collide With Human-Made Objects: http://www.sciencedaily.com/releases/2011/03/110316222022.htm
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op maart 19, 2011, 21:46:14 pm
Not So Eagle Eyed: New Study Reveals Why Birds Collide With Human-Made Objects: http://www.sciencedaily.com/releases/2011/03/110316222022.htm (http://www.sciencedaily.com/releases/2011/03/110316222022.htm)
Via http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-919X.2011.01117.x/pdf (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-919X.2011.01117.x/pdf) is de complete pdf van het artikel gratis te downloaden (zelf net gedaan).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 23, 2011, 13:19:38 pm
O.k. dit stukje over strandleeuwerikken is niet zwaar. Wel erg interessant, ik wacht met smart op een armchair tick.

http://www.birdwatch.co.uk/categories/articleitem.asp?cate=26&topic=134&item=743
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op april 13, 2011, 08:56:08 am
http://www.sciencedaily.com/releases/2011/04/110412201724.htm over ruiken
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: willemrenema op april 13, 2011, 11:58:01 am
Dus naast biologisch, phylogenetisch, morfologisch hebben we nu ook het 'beschermings' soort concept (zie stuk strandleeuwen)?
groet,
Willem
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: willemrenema op april 19, 2011, 09:40:04 am
   
Sex- and species-biased gene flow in a spotted eagle hybrid zone
Backstrom N, Vali U
BMC Evolutionary Biology 2011, 11:100 (14 April 2011)

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2148-11-100.pdf

groet,
Willem

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op april 28, 2011, 10:49:19 am
Large-billed Reed Warbler waarschijnlijk wijdverbreider dan gedacht (open access artikel): http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0017716 (http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0017716)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: JohanvantBosch op april 28, 2011, 12:11:16 pm
Large-billed Reed Warbler waarschijnlijk wijdverbreider dan gedacht (open access artikel): http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0017716 (http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0017716)

Heb alleen de samenvatting gelezen en dacht even na over mogelijke consequenties voor west-europa (hoewel op wereldschaal minder interessant dan de ontdekkingen op zich). Dit zou kunnen betekenen dat large-billed reed-warbler een potentiele dwaalgast in west-europa is. Zou het ook kunnen betekenen dat een enkele l-b r-w in west europa voor struikrietzanger zijn versleten?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Justin Jansen op mei 04, 2011, 19:50:19 pm
http://www.umbc.edu/biosci/Faculty/OmlandLabWebpage/NewPages/papers/FunkOmlandARev.pdf (http://www.umbc.edu/biosci/Faculty/OmlandLabWebpage/NewPages/papers/FunkOmlandARev.pdf)

Interessante link, wel al een ouder stuk (2003)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Justin Jansen op mei 08, 2011, 13:03:18 pm

DNA barcodes accipters (http://www.dnabarcodes2009.org/meeting_documents/Posters/F1DeMeyer.pdf)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Oenanthe op mei 27, 2011, 22:03:13 pm
Ik zit met een vraag die onder de zwaardere vogelkost valt. Waarom imiteren zo veel vogels andere soorten? Een partner lok je niet met niet soorteigen geluid en predatoren breng je er niet mee op een dwaalspoor. Wat is dan de survival value van imitatie? Is daar ooit serieus onderzoek naar gedaan?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: frankneijts op mei 27, 2011, 22:26:27 pm
Ik denk dat het voor de soort als zodanig in relatie tot zijn 'survival value' weinig uitmaakt of hij goed imiteert of niet. Fantastische imitators als Spotvogel en Bosrietzanger doen het in onze streken even goed of slecht als simpele zangers als een Tjiftjaf. Vermoedelijk ligt de waarde van goed imiteren dus toch binnen de soort en zullen wijfjes eerder vallen voor de mannetjes met de grootste variatie in hun zang of worden zwakker imiterende mannen eerder geintimideerd door sterke imitators? Zo goed als wij, ondanks alle imitaties, een Spotvogel en een Bosrietzanger als soort aan hun zang herkennen, zullen vogels van dezelfde soort dat ongetwijfeld ook doen! (Draai maar eens een teepje af bij een Spotvogel: vaak reageert hij al als-ie nog maar 1 of 2 tonen heeft gehoord...)
Een interessant en vaak in de uitverkoop liggend boek is "Vogelzang" van de Amerikaan Don Stap (oorspronkelijk 'Birdsong'), uitgegeven door uitgeverij Atlas in 2006.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pwolf op mei 27, 2011, 22:59:24 pm
Een partner lok je niet met niet soorteigen geluid

Aangezien Spotvogels en Bosrietzangers nog steeds bestaan werkt dat blijkbaar toch een tikkie anders. Er zit voor een eventuele partner ongetwijfeld veel informatie verborgen in al die imitaties. Welke soorten worden nagezongen geeft de potentiele partner ongetwijfeld een idee over de "fitness" van de zanger.

groeten, pim
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Oenanthe op mei 28, 2011, 10:23:26 am
Interessante veronderstellingen. Frank, het vermogen om een partner aan te trekken heeft natuurlijk grote survival value in die zin dat je meer nakomelingen produceert. Maar de vraag blijft: is naar het waarom van imitatie ooit gericht onderzoek gedaan?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op mei 28, 2011, 12:57:19 pm
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003347208001796 (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003347208001796)
http://beheco.oxfordjournals.org/content/18/6/1001.short (http://beheco.oxfordjournals.org/content/18/6/1001.short)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Oenanthe op mei 28, 2011, 13:40:49 pm
Dank Jelmer!
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op september 20, 2011, 11:00:27 am
Twee geinige artikelen in Journal of Ornithology (beide met foto's van de bewuste vogel, als je toegang tot het volledige artikel hebt...):

Genetic species identification of a Collared Pied Flycatcher from Norway (http://www.springerlink.com/content/a30k623x5165707m/)
Deze vogel heeft duidelijk kenmerken van Withalsvliegenvanger, maar is dus toch een pure Bonte!

The first record of a female hybrid between the Common Nightingale (Luscinia megarhynchos) and the Thrush Nightingale (Luscinia luscinia) in nature (http://www.springerlink.com/content/9039tv7103568031/)
(Hybride vrouwtjes hebben in vogels meer 'problemen' dan mannetjes, vandaar de nieuwswaarde.)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op september 20, 2011, 11:26:45 am
Twee geinige artikelen in Journal of Ornithology (beide met foto's van de bewuste vogel, als je toegang tot het volledige artikel hebt...):

Genetic species identification of a Collared Pied Flycatcher from Norway (http://www.springerlink.com/content/a30k623x5165707m/)
Deze vogel heeft duidelijk kenmerken van Withalsvliegenvanger, maar is dus toch een pure Bonte!

The first record of a female hybrid between the Common Nightingale (Luscinia megarhynchos) and the Thrush Nightingale (Luscinia luscinia) in nature (http://www.springerlink.com/content/9039tv7103568031/)
(Hybride vrouwtjes hebben in vogels meer 'problemen' dan mannetjes, vandaar de nieuwswaarde.)

Het vliegenvangerartikel is gewoon op de gegeven pagina van Spingerlink volledig in hml te bekijken en als pdf te downloaden en het nachtegaalartikel is hier te downloaden. http://web.natur.cuni.cz/~radkas/publications/Reifova_et_al_JOrnithol_2011.pdf
Alles inclusief de foto's dus.

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op februari 17, 2012, 17:13:51 pm
Hier (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790312000437) een artikel over de fylogenie van gierzwaluwen (niet open access helaas). Opmerkelijk genoeg blijken Gierzwaluw en Vale Gierzwaluw genetisch (vrijwel) niet te onderscheiden, iig op basis van deze markers. Ik had hier al eens eerder over gehoord n.a.v. een poging om de identeit van een vermeende Finse Vale Gierzwaluw te bevestigen.

Verder nog wel wat andere interessante resultaten zoals parafylie van een aantal soorten, en dat de recent gesplitte House en Little Swift genetisch ook ongeveer hetzelfde zijn.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op februari 25, 2012, 20:15:43 pm
Wegens een recente studie van Robert Moyle en collega's (met een indrukwekkende sampling) gaat de babbler systematiek/taxonomie grondig op de schop: http://sysbio.oxfordjournals.org/content/early/2012/02/10/sysbio.sys027.abstract. John Boyd (Taxonomy in Flux) heeft het verwerkt reeds verwerkt: http://jboyd.net/Taxo/List23.html#sylviidae (http://jboyd.net/Taxo/List23.html#sylviidae) Eindelijk een beetje orde in de chaos, Timaliidae werd niet voor niks een 'taxonomic wastebasket' genoemd, alles wat men niet wist te plaatsen werd maar babbler genoemd. Een aantal taxa blijken totaal buiten de babblers te vallen op basis van de studie van Moyle et al, maar waar ze dan wel horen dat is voor de toekomst (blijkbaar komt er een spannende studie aan over Philippijnse beesten).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: marijn op maart 02, 2012, 17:06:17 pm
Voor de liefhebbers van baardgrasmussen:
An unexpected pattern of migration revealed in the Subalpine Warbler Sylvia cantillans complex by mitochondrial DNA analyses
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-919X.2012.01224.x/abstract
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op maart 02, 2012, 18:58:37 pm
Voor de liefhebbers van baardgrasmussen:
An unexpected pattern of migration revealed in the Subalpine Warbler Sylvia cantillans complex by mitochondrial DNA analyses
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-919X.2012.01224.x/abstract (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-919X.2012.01224.x/abstract)

Die samenvatting is lichte kost.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: willemrenema op april 04, 2012, 07:43:14 am
Voor hen die van hybriden en zwemvliezen houden

http://www.biomedcentral.com/1471-2148/12/45/abstract

als het goed is open acces
groet,
Willem


Widespread horizontal genomic exchange does not erode species barriers among sympatric ducks

Robert HS Kraus, Hindrik HD Kerstens, Pim van Hooft, Hendrik-Jan Megens, Johan Elmberg, Arseny Tsvey, Dmitry Sartakov, Sergej A Soloviev, Richard PMA Crooijmans, Martien AM Groenen, Ronald C Ydenberg and Herbert HT Prins


For all author emails, please log on.
BMC Evolutionary Biology 2012, 12:45 doi:10.1186/1471-2148-12-45

Published: 2 April 2012
Abstract (provisional)
Background
The study of speciation and maintenance of species barriers is at the core of evolutionary biology. During speciation the genome of one population becomes separated from other populations of the same species, which may lead to genomic incompatibility with time. This separation is complete when no fertile offspring is produced from inter-population matings, which is the basis of the biological species concept. Birds, in particular ducks, are recognised as a challenging and illustrative group of higher vertebrates for speciation studies. There are many sympatric and ecologically similar duck species, among which fertile hybrids occur relatively frequently in nature, yet these species remain distinct.
Results
We show that the degree of shared single nucleotide polymorphisms (SNPs) between five species of dabbling ducks (genus Anas) is an order of magnitude higher than that previously reported between any pair of eukaryotic species with comparable evolutionary distances. We demonstrate that hybridisation has led to sustained exchange of genetic material between duck species on an evolutionary time scale without disintegrating species boundaries. Even though behavioural, genetic and ecological factors uphold species boundaries in ducks, we detect opposing forces allowing for viable interspecific hybrids, with long-term evolutionary implications. Based on the superspecies concept we here introduce the novel term "supra-population" to explain the persistence of SNPs identical by descent within the studied ducks despite their history as distinct species dating back millions of years.
Conclusions
By reviewing evidence from speciation theory, palaeogeography and palaeontology we propose a fundamentally new model of speciation to accommodate our genetic findings in dabbling ducks. This model, we argue, may also shed light on longstanding unresolved general speciation and hybridisation patterns in higher organisms, e.g. in other bird groups with unusually high hybridisation rates. Observed parallels to horizontal gene transfer in bacteria facilitate the understanding of why ducks have been such an evolutionarily successful group of animals. There is large evolutionary potential in the ability to exchange genes among species and the resulting dramatic increase of effective population size to counter selective constraints.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: wumizusume op april 04, 2012, 08:39:57 am
Voor hen die van hybriden en zwemvliezen houden

http://www.biomedcentral.com/1471-2148/12/45/abstract (http://www.biomedcentral.com/1471-2148/12/45/abstract)

als het goed is open acces
groet,
Willem


Widespread horizontal genomic exchange does not erode species barriers among sympatric ducks

Robert HS Kraus, Hindrik HD Kerstens, Pim van Hooft, Hendrik-Jan Megens, Johan Elmberg, Arseny Tsvey, Dmitry Sartakov, Sergej A Soloviev, Richard PMA Crooijmans, Martien AM Groenen, Ronald C Ydenberg and Herbert HT Prins

(.....)
We show that the degree of shared single nucleotide polymorphisms (SNPs) between five species of dabbling ducks (genus Anas) is an order of magnitude higher than that previously reported between any pair of eukaryotic species with comparable evolutionary distances. (.....)

Kan natuurlijk ook dat die evolutionary distances misschien niet zo "comparable" zijn... :rolleye:
Hoe dan ook zijn dit interessante bevindingen!
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Herman van der Klis op april 04, 2012, 13:39:07 pm
Meer recent onderzoek heeft aan het licht gebracht dat soortspecifieke verschillen in het DNA van het X-chromosoom kruisingen tussen de soorten in de weg staat. Bij Drosophila's is geconstateerd dat tijdens de mitose er problemen onstaan bij het uit elkaar gaan van het X-chromosoom  (♂) . De reden is dat in een bepaalde regio het aantal nucleotiden vele malen groter is dan in diezelfde regiodie bij de andere soort. Het X-chromosoom is dermate sterk aan elkaar verkleefd dat het nauwelijks uit elkaar getrokken kan worden. Dit heeft tot gevolg dat de embryo in een zeer vroeg stadium sterft. Een ander mechanisme die hybridisatie in de weg staat is de zeer snelle evolutie van eiwitten in het X-chromosoom die de eiwitten van het vrouwtje domweg niet meer herkennen. Ook dan zal het embryo in een vroeg stadium afsterven.
Het onderzoek vandaag de dag spitst zich vooral toe of dit natuurlijk bij andere organismen een rol speelt...........of juist niet.
Ook is er (recent) onderzoek gaande naar genen die in staat zijn om duidelijke hybrideregio's in stukken te knippen.
Kortom verschillende mechanismen , die mogelijk niet of nauwelijks bij eenden een rol zouden kunnen spelen.
 
mvg
 
Herman van der Klis
 
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op april 11, 2012, 10:30:18 am
Convergentie van roepjes in Kuif- en Theklaleeuweriken waar ze samen voorkomen (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-2656.2011.01946.x/abstracthttp://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-2656.2011.01946.x/abstract).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op mei 02, 2012, 17:13:32 pm
Een artikel (http://jhered.oxfordjournals.org/content/early/2012/04/13/jhered.ess010.abstract) over een onderzoek aan o.a. microsatellieten in Vale en Yelkouanpijlen. Het is helaas een erg matig stuk, maar geeft wel een hint dat deze twee taxa wellicht niet zo divergent zijn als werd gedacht. Op Menorca wordt sowieso gehybridiseerd, al was dat geloof ik al bekend.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op mei 08, 2012, 12:06:11 pm
Een artikel (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790312001133) met een fylogenie van de meeste steltlopers (hier (http://www.sciencedirect.com/science/journal/10557903/64/1) kun je met wat scrollen en klikken bij alleen het abstract). O.a. interessant is dat Blonde Ruiter en Kemphaan midden in de Calidris strandlopers vallen. Ook Breedbek en Lepelbek moeten Calidris worden. Wel heel opvallend (ongeloofwaardig?) is dat Siberische en Gestreepte Strandloper in totaal verschillende delen van de Calidris-boom terecht komen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 09, 2012, 21:03:59 pm
Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 29, 2012, 20:29:18 pm
Vogels en paedomorphosis: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature11146.html
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: wumizusume op mei 30, 2012, 08:36:06 am
Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.

Alweer een reden om niet TE zwaar te tillen aan dit soort fylogenetisch onderzoek. Het is geen holy grail.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 30, 2012, 09:15:09 am
Hoezo Teus? Als meerder studies hetzelfde resultaat opleveren is dat toch juist ondersteunend?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op mei 30, 2012, 11:05:58 am
Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.

Alweer een reden om niet TE zwaar te tillen aan dit soort fylogenetisch onderzoek. Het is geen holy grail.


Ik ben ook wel benieuwd wat je hier bedoelt, ook met de kwalificatie "dit soort".
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: wumizusume op mei 30, 2012, 12:42:52 pm
Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen. Inderdaad apart, maar aparte dingen komen voor.

Alweer een reden om niet TE zwaar te tillen aan dit soort fylogenetisch onderzoek. Het is geen holy grail.


Ik ben ook wel benieuwd wat je hier bedoelt, ook met de kwalificatie "dit soort".

Misschien ben ik iets te hard van stapel gelopen met mijn aanname dat het hier om onderzoek van mitochondriaal DNA ging. Dat is meestal het aandachtspunt van dergelijk onderzoek, vandaar.
Mijn opmerking is vooral gestoeld op het ophemelen van nieuwe moleculair-biologische technieken als het gaat om het verkrijgen van taxonomische inzichten. Dat deze technieken van grote waarde zijn, staat voor mij buiten kijf. Ik zet alleen grote vraagtekens bij de mate waarin men dit soort onderzoeksresultaten laat doorwegen in het herzien van taxonomische verschillen danwel verbanden tussen soorten.
Het is alweer even geleden, maar toen Sibley & Monroe hun baanbrekend werk publiceerden, was iedereen vol lof, en werden grote veranderingen doorgevoerd in de taxonomie van vogels. Nu is dat enthousiasme behoorlijk getemperd, en is men blijkbaar tot het inzicht gekomen dat niet alles zo eenduidig was/is. Ik denk dat hetzelfde geldt voor studies aan mt-DNA: je moet voorzichtig zijn in het trekken van conclusies. De analysemethode is immers niet te valideren, want er zijn geen referentiemethoden en interpretatie berust veel op aannames.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 30, 2012, 14:03:55 pm
Tja, je referentie is natuurlijk het complete nucleaire genoom en daar wordt inmiddels steeds meer uit geput (had in deze studie beter gekunt, een loosy marker gebruikt). Meer info dan wat er in het nucleaire genoom zit is er niet (nou ja, wat fossielen, maar daar kom je niet zo ver mee).

Mocht je de resultaten van (mt)DNA niet aanstaan dan moet je wel beargumenteren waarom alternatieven beter zijn: hoe zeker ben je dat de traditionele taxonomie beter was? Kijk maar eens naar de babblers wat voor een puinhoop je dan mee zit. Puur dat een indeling traditioneel is maakt het niet een goede standaard.

Ik denk dat er alleen met mtDNA al een enorme vooruitgang is geboekt, ondanks dat het maar een marker is met haar eigen eigennaardigheden. Daarnaast moet je ook rekening houden met het taxonomische niveau waar je mee bezig bent: als je naar verwantschappen tussen nauw verwante soorten kijkt kan je andere issues verwachten dan bij verwantschappen tussen families.

S&M's onderzoek was niet definitief (dat is wetenschap en al helemaal taxonomie nooit) maar heeft de ideeen zeker aangescherpt. Ik vind het nog steeds helden. Ze hebben de grote lijnen er wel uitgehaald, volgens mij zijn hun wijzigingen niet totaal ontkracht en gaat het meer om 'details' zoals waar sommige families precies geplaatst worden binnen de grote lijnen (wat wil je met zo'n grove aanpak).

Je moet op basis van welke data dan ook voorzichtig zijn met het trekken van je conclusies. En taxonomie is nou eenmaal in flux per definitie. Leuk voor de taxonoom, jammer voor de gebruiker. Hoe je overigens naamgeving toepast is zeker subjectief. Dat neemt echter niet weg dat je bij studies als deze bepaalde verwantschappen vindt. Die twee zaken moet je ook niet door elkaar halen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: wumizusume op mei 30, 2012, 17:38:02 pm
Tja, je referentie is natuurlijk het complete nucleaire genoom en daar wordt inmiddels steeds meer uit geput (had in deze studie beter gekunt, een loosy marker gebruikt). Meer info dan wat er in het nucleaire genoom zit is er niet (nou ja, wat fossielen, maar daar kom je niet zo ver mee).

Aan een kant helemaal waar, al zul je tegen vergelijkbare problemen aan kunnen lopen bij de analyse van het nucleaire DNA. Zo kunnen specifieke kleine verschillen in het DNA veel grotere fenotypische (en daarmee taxonomische) gevolgen hebben dan een groot aantal andere minder specifieke verschillen. Denk alleen maar aan alle (schijnbaar) nutteloze ballast die er in het DNA besloten zit, codering waarvan we (nog) niet weten waar die voor bedoeld is. En het DNA moet toch uiteindelijk via transcriptie en translatie leiden tot eiwitten, en die maken meer "de dienst uit" dan de codering die eraan ten grondslag ligt. Het is niet voor niets dat men (in elk geval in de plantenfysiologie) al gauw geneigd is over te stappen van genomics (analyse van het erfelijk materiaal) naar proteomics (analyse van het spectrum aan eiwitten dat er uit voortvloeit).
Het probleem in het gebruik van DNA (mitochondriaal èn nucleair) als marker van taxonomische diversiteit blijft m.i. dat kwantificering moeilijk is: welk percentage is voldoende verschil om van een andere soort te spreken? Het overduidelijk voordeel van mtDNA is dat het veel langzamer onderhevig is aan mutaties, en dat het wordt doorgegeven via de moederlijke lijn, maar het punt van kwantificering blijft. Bovendien heb ik begrepen dat het niet onmogelijk is dat er ook bij hogere diersoorten als vogels ineens drastischere veranderingen kunnen voorkomen in het mtDNA dan voorheen werd gedacht.

Citaat
Mocht je de resultaten van (mt)DNA niet aanstaan dan moet je wel beargumenteren waarom alternatieven beter zijn: hoe zeker ben je dat de traditionele taxonomie beter was? Kijk maar eens naar de babblers wat voor een puinhoop je dan mee zit. Puur dat een indeling traditioneel is maakt het niet een goede standaard.

Ik ben een voorstander van gebruik van alle methoden tegelijk, zeg maar een mixed species concept. Is dat niet een al bestaande term? Maar dat betekent dat je de analysegegevens op waarde moet beoordelen, met gezond verstand. Een kwestie van interpretatie dus. Dan kun je die babbler best aan. Maar niet klakkeloos de gegevens van één benadering implementeren, en de andere overboord gooien.

Citaat
Ik denk dat er alleen met mtDNA al een enorme vooruitgang is geboekt, ondanks dat het maar een marker is met haar eigen eigennaardigheden. Daarnaast moet je ook rekening houden met het taxonomische niveau waar je mee bezig bent: als je naar verwantschappen tussen nauw verwante soorten kijkt kan je andere issues verwachten dan bij verwantschappen tussen families.

Da's leuk dat je dat schrijft, want dat is precies wat ik zelf ook wilde aangeven. M.i. wordt er dus te weinig rekening gehouden met die "eigenaardigheden". Men lijkt wel gewoon te willen scoren met snelle publicaties. Overigens moet ik zeggen dat er door de auteurs in deze wereld o.h.a. voorzichtiger omgegaan wordt met conclusies dan door menig lezer.

Citaat
S&M's onderzoek was niet definitief (dat is wetenschap en al helemaal taxonomie nooit) maar heeft de ideeen zeker aangescherpt. Ik vind het nog steeds helden. Ze hebben de grote lijnen er wel uitgehaald, volgens mij zijn hun wijzigingen niet totaal ontkracht en gaat het meer om 'details' zoals waar sommige families precies geplaatst worden binnen de grote lijnen (wat wil je met zo'n grove aanpak).

Ik vind het ook helden, vergis je niet. Maar men is een beetje overhaast geweest: neem maar de veranderingen in taxonomische volgorde die zo nodig doorgevoerd moesten worden. Tien jaar later is de state of the art weer heel anders. Echt nuttig  >:( . Ook heb ik mijn vraagtekens bij het principe van DNA-DNA hybridisatie dat ze hebben toegepast. Alweer een kwestie van kwantificering: is veel overeenkomst altijd een teken van taxonomische verwantschap? En weinig overeenkomst een teken van evolutionaire divergentie? Ik denk dat het een indicatie oplevert, maar niet meer dan dat.

Citaat
Je moet op basis van welke data dan ook voorzichtig zijn met het trekken van je conclusies. En taxonomie is nou eenmaal in flux per definitie. Leuk voor de taxonoom, jammer voor de gebruiker. Hoe je overigens naamgeving toepast is zeker subjectief. Dat neemt echter niet weg dat je bij studies als deze bepaalde verwantschappen vindt. Die twee zaken moet je ook niet door elkaar halen.

Helemaal juist. Ik had het niet beter kunnen zeggen!
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 30, 2012, 18:58:47 pm
Citaat
Zo kunnen specifieke kleine verschillen in het DNA veel grotere fenotypische (en daarmee taxonomische) gevolgen hebben dan een groot aantal andere minder specifieke verschillen.

Het is maar net hoe je er tegenaan kijkt. Je kan dat ook interpreteren als dat taxonomie op basis van morfologie juist tricky kan zijn! En eenzelfde issue geldt ook voor proteomics.

Citaat
Het probleem in het gebruik van DNA (mitochondriaal èn nucleair) als marker van taxonomische diversiteit blijft m.i. dat kwantificering moeilijk is

Het werken met percentages DNA divergentie als maatstaaf is zeker belachelijk, maar het is best okay om het als indicatie te gebruiken (en dan andere data te checken wat het betekent). Aan de andere kant is het onzin om er vanuit te gaan dat soortsvorming een bepaalde tijd in beslag neemt. Soortsvorming kan een generatie in beslag nemen of een onmeetbare tijd in beslag nemen en alles er tussenin.

Citaat
Het overduidelijk voordeel van mtDNA is dat het veel langzamer onderhevig is aan mutaties

Baha plantenman! Bij beesten gaat het juist snel! Daarnaast is de effectieve populatiegrootte een kwart van nucDNA, wat betekent dat lineage sorting sneller gaat. De trouwheid van het alleen door de moederlijke lijn doorgegeven worden daarentegen... Maar dat is bij gewervelden gelukkig weinig tot geen issue. Over drastische veranderingen in mutatiesnelheid weet ik even geen voorbeeld, althans, niet echt tussen redelijk nauw verwante groepen (bijvoorbeeld binnen vogels, tussen warm en koudbloedig zijn er wel weer verschillen dacht ik). Generatieduur is hier wel weer een issue, meer generaties is meer mutaties.

 
Citaat
Men lijkt wel gewoon te willen scoren met snelle publicaties.

Bladen nemen niet zo snel meer zaken op basis van alleen mtDNA aan. Wat ik eigenlijk ook weer flauw vindt. Als je voorzichtig bent met je conclusies kan alleen mtDNA heel interessant zijn.

Citaat
Ook heb ik mijn vraagtekens bij het principe van DNA-DNA hybridisatie dat ze hebben toegepast. Alweer een kwestie van kwantificering: is veel overeenkomst altijd een teken van taxonomische verwantschap?

Ik heb vooral twijfels over de resolutie. Ik zou niet anders dan grove benadering van de werkelijkheid verwachten.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: wumizusume op mei 31, 2012, 13:03:42 pm
Citaat
Zo kunnen specifieke kleine verschillen in het DNA veel grotere fenotypische (en daarmee taxonomische) gevolgen hebben dan een groot aantal andere minder specifieke verschillen.

Het is maar net hoe je er tegenaan kijkt. Je kan dat ook interpreteren als dat taxonomie op basis van morfologie juist tricky kan zijn! En eenzelfde issue geldt ook voor proteomics.

Mee eens. Maar dat mag niet betekenen dat het genomicstraject ineens de holy grail is. Als iedereen zich beseft dat er geen zaligmakende methode is, zouden beslissingen t.a.v. taxonomie wat meer behoudend mogen worden genomen. Nu gaat dat veel te gemakkelijk, en moeten ze niet veel later weer (om niet te zeggen alwéér) worden aangepast. Geeft het vak van taxonomie weinig aanzien zo: state of the art volgen is prima, maar als makke schapen overal achteraan rennen is bewezen niet handig.

Citaat
Citaat
Het probleem in het gebruik van DNA (mitochondriaal èn nucleair) als marker van taxonomische diversiteit blijft m.i. dat kwantificering moeilijk is

Het werken met percentages DNA divergentie als maatstaaf is zeker belachelijk, maar het is best okay om het als indicatie te gebruiken (en dan andere data te checken wat het betekent). Aan de andere kant is het onzin om er vanuit te gaan dat soortsvorming een bepaalde tijd in beslag neemt. Soortsvorming kan een generatie in beslag nemen of een onmeetbare tijd in beslag nemen en alles er tussenin.

"Belachelijk" noem jij het zelfs. Toch staat de recente literatuur vol met dat soort getallen. En ook allerlei tijdsspannen waarvan gezegd worden dat die zijn doorlopen voor het evolueren van een taxon. Zeg jij nu dat die schattingen nu ook met een korrel zout moeten worden genomen?

Citaat
Citaat
Het overduidelijk voordeel van mtDNA is dat het veel langzamer onderhevig is aan mutaties

Baha plantenman! Bij beesten gaat het juist snel! Daarnaast is de effectieve populatiegrootte een kwart van nucDNA, wat betekent dat lineage sorting sneller gaat. De trouwheid van het alleen door de moederlijke lijn doorgegeven worden daarentegen... Maar dat is bij gewervelden gelukkig weinig tot geen issue. Over drastische veranderingen in mutatiesnelheid weet ik even geen voorbeeld, althans, niet echt tussen redelijk nauw verwante groepen (bijvoorbeeld binnen vogels, tussen warm en koudbloedig zijn er wel weer verschillen dacht ik). Generatieduur is hier wel weer een issue, meer generaties is meer mutaties.

Baha! Maar dat was toch het hele idee van het gebruik van mtDNA? Dat dat juist zo'n gering tempo van mutatie vertoont? Alleen dan kun je relatief ver terug 'in de tijd kijken'. Als het snel gaat, zie je toch door de bomen het bos niet meer? Of heb ik het nu niet goed begrepen?

Citaat
Citaat
Men lijkt wel gewoon te willen scoren met snelle publicaties.

Bladen nemen niet zo snel meer zaken op basis van alleen mtDNA aan. Wat ik eigenlijk ook weer flauw vindt. Als je voorzichtig bent met je conclusies kan alleen mtDNA heel interessant zijn.

Vind ik ook. Maar waarom nemen ze niet meer zo snel die artikelen aan? Zo een beetje alle taxonomische hervormingen van de afgelopen 10 jaar zijn denk ik op dat soort onderzoeken gebaseerd!

Inkeer?

Yes! Terugdraaien die hap! (gechargeerd, ik weet het)

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 31, 2012, 13:41:35 pm
Citaat
Mee eens. Maar dat mag niet betekenen dat het genomicstraject ineens de holy grail is. Als iedereen zich beseft dat er geen zaligmakende methode is, zouden beslissingen t.a.v. taxonomie wat meer behoudend mogen worden genomen. Nu gaat dat veel te gemakkelijk, en moeten ze niet veel later weer (om niet te zeggen alwéér) worden aangepast. Geeft het vak van taxonomie weinig aanzien zo: state of the art volgen is prima, maar als makke schapen overal achteraan rennen is bewezen niet handig.

Er zijn geen holy grails in de wetenschap want elke hypothese moet falcificeerbaar zijn ;-). Maar als het zo ver is dat er echt intensief uit het nucleaire genoom geput kan worden kom je wel in de buurt.

Citaat
"Belachelijk" noem jij het zelfs. Toch staat de recente literatuur vol met dat soort getallen. En ook allerlei tijdsspannen waarvan gezegd worden dat die zijn doorlopen voor het evolueren van een taxon. Zeg jij nu dat die schattingen nu ook met een korrel zout moeten worden genomen?

Wel, een diepe divergentie is een indicatie, maar niet meer dan dat. En een gebrek aan divergentie zegt niet alles.

Citaat
Baha! Maar dat was toch het hele idee van het gebruik van mtDNA? Dat dat juist zo'n gering tempo van mutatie vertoont? Alleen dan kun je relatief ver terug 'in de tijd kijken'. Als het snel gaat, zie je toch door de bomen het bos niet meer? Of heb ik het nu niet goed begrepen?

In planten muteert het relatief langzaam en in beesten relatief snel. En hoe ver je terug de tijd in kan kijken hangt af van de mutatiesnelheid. Hoe hoger die snelheid hoe slechter je resolutie verder terug (maar hoe beter recent). Dat heeft te maken met saturatie/multiple hits.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op mei 31, 2012, 13:58:00 pm
Volgens mij lopen hier twee dingen een beetje door elkaar heen, Teus. In het steltjes-artikel waarmee deze discussie startte, bleek dat in die boom de gestreepte ver van de Siberische strandloper staat. Daarop zei jij dat dit een reden is om niet te zwaar aan dit soort onderzoeken te tillen; oftewel, jij suggereert dat dit resultaat niet klopt. Na wat navraag van Ben en mij waarom genetische data niet, zoals wij denken, verreweg de beste data is om verwantschappen mee te achterhalen, ben je echter vooral kritisch op het gebruik van genetische data voor taxonomische beslissingen zoals het splitten en lumpen van soorten, bv. puur op basis van genetische afstand. Maar dit is natuurlijk een heel andere zaak. (Daarnaast ben je met die kritiek aan het verkeerde adres want zowel Ben als ik vinden dat laatste inderdaad belachelijk.)

Of gestreepte en Siberische strandloper elkaars zustersoorten zijn, of in het geheel niet, is een vraag die met voldoende genetische data gemakkelijk en volledig ondubbelzinnig achterhaald kan worden. Om dit uit te vinden wil je neutraal evoluerende data, en dan is genetische data verreweg het beste. En dan wel DNA, en zeker niet eiwitten (snap bv. ook niet waarom je daar over begon, wrs. ook in het kader van splitten en lumpen). In de praktijk valt er nog wel kritiek te leveren op vele studies, omdat het krijgen van "voldoende" genetische data niet triviaal is. Dus werken mensen soms alleen met mtDNA, en de kans dat de mtDNA boom dan niet overeenkomt met de "ware" boom, is best aanwezig. Dit lijkt echter geheel niet de focus van jouw kritiek, dus daarom begrijp ik niet waarom volgens jou ook voor het achterhalen van verwantschappen zoals tussen deze strandlopers, DNA niet de holy grail is? Dat is het in dat geval m.i. namelijk wel.

En wat moet er nou precies allemaal teruggedraaid worden?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 31, 2012, 15:43:42 pm
Citaat
Dat van die strepen is volgens mij al uit eerder onderzoek naar voren gekomen.

Correctie: dat is hetzelfde onderzoek dat al beschikbaar was in de vorm van een MSc. Thesis...
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: wumizusume op juni 01, 2012, 00:02:23 am
Volgens mij lopen hier twee dingen een beetje door elkaar heen, Teus. In het steltjes-artikel waarmee deze discussie startte, bleek dat in die boom de gestreepte ver van de Siberische strandloper staat. Daarop zei jij dat dit een reden is om niet te zwaar aan dit soort onderzoeken te tillen; oftewel, jij suggereert dat dit resultaat niet klopt. Na wat navraag van Ben en mij waarom genetische data niet, zoals wij denken, verreweg de beste data is om verwantschappen mee te achterhalen, ben je echter vooral kritisch op het gebruik van genetische data voor taxonomische beslissingen zoals het splitten en lumpen van soorten, bv. puur op basis van genetische afstand. Maar dit is natuurlijk een heel andere zaak. (Daarnaast ben je met die kritiek aan het verkeerde adres want zowel Ben als ik vinden dat laatste inderdaad belachelijk.)

Ten eerste: inderdaad: ik gooi de knuppel in het hoenderhok, en stel dat het onwaarschijnlijk is dat juist deze twee soorten (die soms in het veld niet eens gemakkelijk te onderscheiden zijn) minder verwant aan elkaar kunnen zijn dan eerder gedacht. Je schrijft zelf nota bene "ongeloofwaardig?" Let wel: als puur uit genetische analyse blijkt dat er grotere genotypeverschillen tussen de 2 zijn dan op grond van het feit dat ze in het zelfde genus voorkomen verwacht zou worden, dan is het niet dat ik dat niet geloof, ik zet alleen mijn vraagtekens bij de conclusies die je 'met de taxonomische pet op' daaruit moet trekken. Mijns inziens (en ik weet het: als outsider) betekent zulks dat een groter genotypeverschil nog niet betekent dat 2 taxa dan ook verder als soort uit elkaar liggen. En daarmee kom ik dan ook op dat vaak opduikende percentage genetisch verschil, wat te pas en te onpas gebruikt wordt om te beargumenteren dat sommige taxa maar beter als soort kunnen worden afgesplitst en andere juist gelumpt. Voorbeelden te over van sterk verschillende soorten die maar gering in DNA verschillen, en taxa die niemand ooit als soort zou durven bestempelen als ze de sterk verschillende genetische data niet hadden gezien. De dingen lopen dus m.i. niet heel erg door elkaar heen, maar ik merk wel bij Ben en jou dat jullie voor een groot deel eens zijn met mijn aanmerkingen.

Citaat
Of gestreepte en Siberische strandloper elkaars zustersoorten zijn, of in het geheel niet, is een vraag die met voldoende genetische data gemakkelijk en volledig ondubbelzinnig achterhaald kan worden.

Nou, ze kunnen ook een beetje verwant zijn, er is geen sprake van alleen maar uitersten. Maar ik neem aan dat je dat ook niet wilde suggereren. Wel meen ik te kunnen stellen dat we met de genetica veel informatie kunnen verzamelen, maar er nog te weinig van af weten om die data zoals je zegt "ondubbelzinnig" te noemen. Ik denk hierbij bijv. aan introns en andere (schijnbaar) niet-functionele stukken DNA, en epigenetica.

Citaat
Om dit uit te vinden wil je neutraal evoluerende data, en dan is genetische data verreweg het beste. En dan wel DNA, en zeker niet eiwitten (snap bv. ook niet waarom je daar over begon, wrs. ook in het kader van splitten en lumpen).

Ik bracht dat ter sprake omdat je daar een niveau verder zit, en je dus allerlei moeilijk grijpbare processen als epigenetische effecten en post-translationele modificatie voorbij bent. Een embryo zal toch door het maken van eiwitten zijn uiteindelijke fenotype ontwikkelen. Hoe die processen allemaal precies verlopen weten we nog veel te weinig van, maar zonder die eiwitten geen leven. Als je die eiwitten dus kunt 'karteren' zoals dat gebeurt met DNA-analyse voor het genotype, kun je een indruk verkrijgen van verwantschappen. Of dat bij dieren al uitgebreid is gedaan weet ik niet, bij planten heeft het in elk geval al heel wat interessante resultaten opgeleverd. Deze proteomics is echter weer een hele andere discipline, en bovendien een stuk ingewikkelder dan DNA-analyse. Maar daarom is die nog niet per sé minder waardevol dan de genomics. Je blind staren op één methode lijkt mij dus niet de juiste weg, ook al geeft DNA-analyse veel informatie. "Zeker niet eiwitten" is dus m.i. kortzichtig.

Citaat
En wat moet er nou precies allemaal teruggedraaid worden?

Daar stond een knipoog bij, dat slaat op de taxonomische beslissingen die in mijn optiek regelmatig overhaast worden genomen. Om terug te koppelen naar het begin: dat doet de resultaten van DNA-onderzoekers niet minder waard zijn, het zijn echter de conclusies die m.i. te vaak daaraan worden verbonden.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op juni 01, 2012, 10:45:41 am
Je schrijft zelf nota bene "ongeloofwaardig?"

Dit is vanwege het beperkte aantal loci in deze specifieke studie. Het is me bovendien niet duidelijk wat alleen de nucleaire loci zeggen, ik zie alleen de analyse met alles tegelijk (mtDNA + nucleair). Tot slot is de posterior probability mager op de belangrijke plekken. Dit heeft nogmaals alleen betrekking op deze specifieke studie.

Let wel: als puur uit genetische analyse blijkt dat er grotere genotypeverschillen tussen de 2 zijn dan op grond van het feit dat ze in het zelfde genus voorkomen verwacht zou worden, dan is het niet dat ik dat niet geloof, ik zet alleen mijn vraagtekens bij de conclusies die je 'met de taxonomische pet op' daaruit moet trekken. Mijns inziens (en ik weet het: als outsider) betekent zulks dat een groter genotypeverschil nog niet betekent dat 2 taxa dan ook verder als soort uit elkaar liggen. En daarmee kom ik dan ook op dat vaak opduikende percentage genetisch verschil, wat te pas en te onpas gebruikt wordt om te beargumenteren dat sommige taxa maar beter als soort kunnen worden afgesplitst en andere juist gelumpt. Voorbeelden te over van sterk verschillende soorten die maar gering in DNA verschillen, en taxa die niemand ooit als soort zou durven bestempelen als ze de sterk verschillende genetische data niet hadden gezien. De dingen lopen dus m.i. niet heel erg door elkaar heen, maar ik merk wel bij Ben en jou dat jullie voor een groot deel eens zijn met mijn aanmerkingen.

Jij probeert die dingen heel erg door elkaar te laten lopen, maar dit klopt niet echt. Bij een dergelijk fylogenetische analyse gaat het hoofdzakelijk om relatieve en niet absolute verschillen. Uit de analyse blijkt dat er groot aantal Calidris soorten "tussen" gestreepte (GS) en siberische strandloper (SS) inzitten, oftewel, deze twee zijn, i.t.t. wat je op basis van morfologie zou verwachten, bij lange na niet elkaars nauwste verwanten. Hier zitten overigens ook nul taxonomische gevolgen aan in dit geval m.b.t naamgeving. Deze vraag, zijn GS en SS wel of niet elkaars nauwste verwanten, is dus verreweg het beste te beantwoorden met neutrale DNA data, en is een kwestie van relatieve verschillen tussen deze twee en andere strandlopers. In absolute termen heeft het alleen effect op de timing: doordat veel DNA (introns inderdaad, net zoals eiwitten wil je geen exons hebben!) (quasi-)neutraal evolueert, kun je met het aantal genetische veranderingen een schatting van de tijd sinds split maken. Hoe "ver" ze verder als soorten uit elkaar liggen, in termen van ecologie en morfologie, daar kun je idd precies niks over zeggen.

Dus juist omdat de verschillen die naar voren komen in fylogenetische analyses *neutraal* zijn, vind ik het stompzinnig om puur op basis van de mate van genetische verschillen soortstatus te bepalen (Echter, dit gaat alleen op wanneer populaties niet samen voorkomen. Wanneer populaties samen voorkomen en sterk genetisch blijken te verschillen, dan heb je wel een soort te pakken. Vele bona fide cryptische soorten zijn zo met DNA onderzoek ontdekt.). Of iets een soort is of is namelijk vrijwel niet afhankelijk van neutrale veranderingen. Jouw zin "Voorbeelden te over van sterk verschillende soorten die maar gering in DNA verschillen, en taxa die niemand ooit als soort zou durven bestempelen als ze de sterk verschillende genetische data niet hadden gezien." uitstekend het verschil tussen neutraal evoluerend DNA en niet-neutraal evoluerend fenotype weer. Het fenotype is dan juist wel nuttig bij het toewijzen van soortstatus, maar niet bij het vaststellen van verwantschappen.

Ik bracht dat ter sprake omdat je daar een niveau verder zit, en je dus allerlei moeilijk grijpbare processen als epigenetische effecten en post-translationele modificatie voorbij bent. Een embryo zal toch door het maken van eiwitten zijn uiteindelijke fenotype ontwikkelen. Hoe die processen allemaal precies verlopen weten we nog veel te weinig van, maar zonder die eiwitten geen leven. Als je die eiwitten dus kunt 'karteren' zoals dat gebeurt met DNA-analyse voor het genotype, kun je een indruk verkrijgen van verwantschappen. Of dat bij dieren al uitgebreid is gedaan weet ik niet, bij planten heeft het in elk geval al heel wat interessante resultaten opgeleverd. Deze proteomics is echter weer een hele andere discipline, en bovendien een stuk ingewikkelder dan DNA-analyse. Maar daarom is die nog niet per sé minder waardevol dan de genomics. Je blind staren op één methode lijkt mij dus niet de juiste weg, ook al geeft DNA-analyse veel informatie. "Zeker niet eiwitten" is dus m.i. kortzichtig.
Zeker niet eiwitten is idd iets te kort door de bocht (zal ik ook maar zeggen dat ik de knuppel in het hoenderhok gooide  ;) ): het kan inderdaad wel, maar is slechts in bijzondere gevallen echt nuttig. Het probleem met functionele elementen, zoals eiwitten en fenotypische kenmerken, is dus dat ze uiteraard totaal niet neutraal evolueren, en daarom vaak misleiden bij het vaststellen van verwantschappen. Desalniettemin kun je in dit soort gevallen met het combineren van kenmerken nog een heel eind komen, tot slot kloppen de klassieke indelingen op best veel plekken.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: wumizusume op juni 02, 2012, 23:21:44 pm
Ben en Jelmer, dank voor alle respons en uitleg. Weer wat meer geleerd van deze materie.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op juni 18, 2012, 14:30:57 pm
Het proefschrift van Chris van Turnhout.

Van Turnhout C.A.M. 2011.
Birding for science and conservation (http://www.monitoringportaal.nl/documenten/Birding_for_science_and_conservation_Explaining_temporal_changes_in_breeding_bird_diversity_in_the_Netherlands_2011.pdf). Explaining temporal changes in breeding bird diversity in the Netherlands.
Thesis, Radboud University, Nijmegen.
Met vier pagina's Nederlandstalige samenvatting
(PDF, 225 pp, 2.7 mb)

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op juli 31, 2012, 14:38:22 pm
Een artikel in Molecular Ecology (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-294X.2012.05711.x/abstract) over genetische divergentie en gene flow tussen Amerikaanse en onze Wintertalingen. Mitochondriale verschillen zijn groot, maar er is aanzienlijke nucleaire gene flow van crecca -> carolinensis. Uit de discussie: "Thus, our data indicate that these two populations remain linked in evolutionary time, stalled short of complete speciation, despite deeply divergent mtDNA."
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Marten Hornsveld op augustus 03, 2012, 12:41:29 pm
http://www.sciencemag.org/content/337/6094/578.short

Leuk inzicht in onze koekoek!
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op augustus 03, 2012, 15:36:06 pm
http://www.sciencemag.org/content/337/6094/578.short (http://www.sciencemag.org/content/337/6094/578.short)

Leuk inzicht in onze koekoek!

In dezelfde uitgave staat ook nog een journalistiek stukje over dit artikel, hopelijk vrij toegankelijk: How Did the Cuckoo Get Its Polymorphic Plumage? (http://www.sciencemag.org/content/337/6094/532.summary)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op september 18, 2012, 08:49:29 am
Orientation of vagrant birds on the Faroe Islands in the Atlantic Ocean (http://www.springerlink.com/content/09457164x1m73392/)
4 Sperwergrasmussen, een Blauwstaart en een Blako knallen allemaal verder naar west vanaf de Faeroer eilanden...
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op september 18, 2012, 09:27:06 am
Het blijft een boeiend fenomeen, de vogeltrek. Ik kan helaas het hele artikel niet bekijken maar ik vroeg me af welk percentage van de gearriveerde zangvogels westwaarts verder trekt; ik verwacht sowieso geen grote aantallen die op de eilanden terechtkomen maar het gaat nu 'slechts' om 5 vogels die verder trekken naar W. Is dat het merendeel of juist maar een klein deel?
En hebben de gegevens betrekking op 1 seizoen of is er ook iets bekend over meerdere seizoenen?

Sorry als het allemaal in het artikel te lezen is, maar ik heb er helaas geen toegang toe.

Phil
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op september 18, 2012, 09:39:33 am
De vogels die ze hebben getrackt (met radiotelemetrie, dit werkt alleen op korte afstand, dus ze kunnen dan checken in welke richting de vogel vertrekt, en dan zijn ze 'm kwijt):

1 Bladkoning - vertrekt NNW
4 Sperwergrasmus - vertrekken allen strak naar W
1 Blauwstaart - vertrekt W/WNW

3 Braamsluiper - alle kanten op
4 Fitis - oost en zuidoost
3 Zwartkop - strak zuid
1 Tuinfluiter - ZZW

Oftewel de vogels die naar het oosten of zuidoosten horen te trekken (blako, spegra, blauwstaart), gaan in (noord)westelijke richtingen. Die zijn dus niet naar de Faeroer geblazen maar vliegen actief het graf in op de Atlantische Oceaan...
De andere soorten, die normaal overwegend Z en ZW trekken (behalve Braamsluiper), doen dit ook gewoon vanaf de Faeroer, en in het stuk wordt besproken dat het voor hun dus waarschijnlijker is dat ze de Faeroer op zijn geblazen, en nu in vrij normale trekrichtingen verder gaan.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: BramtK op september 18, 2012, 09:41:08 am
Geeft toch een treurig tintje aan dit soort schaarse soorten.  :'(
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op september 18, 2012, 10:39:05 am
Het blijft een boeiend fenomeen, de vogeltrek. Ik kan helaas het hele artikel niet bekijken maar ik vroeg me af welk percentage van de gearriveerde zangvogels westwaarts verder trekt; ik verwacht sowieso geen grote aantallen die op de eilanden terechtkomen maar het gaat nu 'slechts' om 5 vogels die verder trekken naar W. Is dat het merendeel of juist maar een klein deel?
En hebben de gegevens betrekking op 1 seizoen of is er ook iets bekend over meerdere seizoenen?

Sorry als het allemaal in het artikel te lezen is, maar ik heb er helaas geen toegang toe.

Phil

Dit gaat over hetzelfde en dat kan je wel helemaal lezen (en downloaden)

Thorup K, Ortvad TE, Rabøl J, Holland RA, Tøttrup AP, et al. (2011)
Juvenile Songbirds Compensate for Displacement to Oceanic Islands during Autumn Migration
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0017903
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op september 18, 2012, 12:40:59 pm
Dank je Herman!

Phil
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op september 18, 2012, 20:33:39 pm
Sorry als het allemaal in het artikel te lezen is, maar ik heb er helaas geen toegang toe. Phil

Beste Phil,
 
In dit soort gevallen zoek ik gewoon het e-mail adres op van de eerste auteur. Die stuur ik vervolgens een vriendelijk e-mailtje met het verzoek of hij/zij mij de de PDF van het artikel (de personal author copy) kan toemailen. Vaak krijg je die binnen een dag (of soms na een half uur) met een vriendelijk mailtje van de auteur.
 
Springer & maten doen moeilijk over e-mail adressen, maar Google weet alles te vinden. Zeker als je weet waar de huidige auteur werkt. In dit geval is het nog makkelijker, want Herman heeft een tweede artikel over dit onderzoek gevonden en op deze link staat gewoon het e-mail adres van de eerste auteur (zelfde persoon = kthorup@snm.ku.dk ).
 
Groetjes, Klaas
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op september 18, 2012, 20:49:07 pm
Dank je Klaas; zo doe ik het vaak ook. Echter, auteursrecht ligt lang niet altijd meer bij de auteurs na publicatie. Elsevier bv. neemt dan het auteursrecht tot zich (ik heb er geregeld mee te maken).

Vr gr, Phil
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op september 18, 2012, 21:10:52 pm
Beste Phil,
 
Mooi dat je die route al kende. Is natuurlijk altijd wel weer een extra schakel / inspanning.
 
Maar er is toch geen verbod van de uitgever (Elsevier, Springer etc.) dat de auteur van een artikel ervan weerhoudt om jou en mij voor 'studiedoeleinden' (wat dat dan ook moge zijn) een PDF van de 'personal author copy' te sturen?
 
Ik weet in ieder geval niets van een verbod om naar een bibliotheek te gaan en vervolgens van zo'n artikel een fotokopie te maken (vooral iets van vroeger).
 
Groetjes, Klaas
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: hdijk op oktober 31, 2012, 22:15:12 pm
http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121031141906.htm
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op november 22, 2012, 08:47:48 am

Gangloff, Zino, Shirihai, González-Solís, Couloux, Pasquet & Bretagnolle (in press). The evolution of north-east Atlantic gadfly petrels using statistical phylogeography. [/size]Mol Ecol[/size].


http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.12119/abstract
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op november 22, 2012, 10:16:31 am

Gangloff, Zino, Shirihai, González-Solís, Couloux, Pasquet & Bretagnolle (in press). The evolution of north-east Atlantic gadfly petrels using statistical phylogeography. Mol Ecol.

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.12119/abstract (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.12119/abstract)

Interessant stuk! Zou zelf hier al met al ondersoortstatus wel voldoende vinden, maar kan me o.a. i.v.m. conservatie wel voorstellen dat het soorten blijven...
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op november 22, 2012, 10:53:09 am
Ik vraag me af hoe (of) je gene flow kan onderscheiden van een langzame mutatiesnelheid.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op november 22, 2012, 11:24:13 am
Het kan inderdaad erg lastig zijn om gene flow te kwantificeren, hetzelfde divergentie niveau kun je verklaren met kortere divergentie/lagere mutatiesnelheid en geen gene flow, alswel met langere divergentie/hogere mutatiesnelheid en wel gene flow. Dat IMa programma dat ze gebruiken probeert dat echter expliciet te doen met simulaties en kennelijk kwam die uit op geen gene flow.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op december 07, 2012, 14:35:47 pm
Vandaag in Science: Drought in Africa Caused Delayed Arrival of European Songbirds (http://www.sciencemag.org/content/338/6112/1307.abstract). Zoals wel valt te raden n.a.v. de titel gaat het om Grauwe Klauwieren en Noordse Nachtegalen in 2011. Destijds werden op fora ook extreme omstandigheden in doortrekgebieden opgevoerd, maar werd er niet juist extreme regenval o.i.d. ergens genoemd?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op december 07, 2012, 18:27:29 pm
Alle artikelen in alle 153 jaargangen van het 'Journal of Ornithology' (voorheen 'Journal für Ornithologie') zijn momenteel vrijelijk te bekijken en te downloaden via http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/10336  (free access through December).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op januari 02, 2013, 19:27:55 pm
Na het hippe recente (Sib)tjiffen stuk in DB zijn er her en der op internet nog wat geinige zaken verschenen:

http://birdingfrontiers.com/2013/01/01/siberian-chiffchaff-and-common-chiffchaff-part-1/
http://birdingfrontiers.com/2013/01/02/siberian-chiffchaff-and-common-chiffchaff-part-2/
http://www.surfbirds.com/forum/showthread.php?11718-Siberian-Chiffchaff-the-recent-Dutch-Birding-paper-%28long%29
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op januari 02, 2013, 22:50:28 pm
Ook de British Ornithologists’ Club heeft onlangs besloten (http://www.boc-online.org/news.htm) om alle afleveringen tot aan 2007 (dus vanaf jaargang 1 uit 1892) gratis digitaal beschikbaar te stellen voor iedereen via http://www.biodiversitylibrary.org/bibliography/46639

En wie van oude boeken houdt (bijvoorbeeld over allerlei expedities uit vroegere tijden) kan zijn hart ophalen via http://www.biodiversitylibrary.org/browse/titles Genoeg leesvoer voor de komende jaren.

Vriendelijke groeten,

Klaas van Dijk
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op januari 07, 2013, 09:55:15 am
Wellicht interessant: Wing marker woes: a case study and meta-analysis of the impacts of wing and patagial tags (http://link.springer.com/article/10.1007/s10336-012-0862-y) (Journal of Ornithology)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op januari 07, 2013, 11:22:30 am
Alle artikelen in alle 153 jaargangen van het 'Journal of Ornithology' (voorheen 'Journal für Ornithologie') zijn momenteel vrijelijk te bekijken en te downloaden via http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/10336 (http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/10336)  (free access through December).

Bedankt Klaas!!
En nog vrijelijk te bekijken. Ik wil ze heel erg graag allemaal digitaal hebben omdat ik er anders moeilijk toegang tot heb maar volgens mij moet je elk artikel apart als PDF downloaden; voor zover ik zie kan het niet per nummer (of per jaargang). Jammer ...
 
Phil
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op januari 07, 2013, 12:03:38 pm
Alle artikelen in alle 153 jaargangen van het 'Journal of Ornithology' (voorheen 'Journal für Ornithologie') zijn momenteel vrijelijk te bekijken en te downloaden via http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/10336 (http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/10336)  (free access through December).

Mooi hoor. Helaas is er geen index, maar er is wel goed te zoeken op trefwoord.
Overigens staan er ook restricted artikelen tussen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op januari 12, 2013, 23:09:40 pm
Braamsluiper phylogeography is eindelijk uit: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790313000055
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Vincent Hart op januari 12, 2013, 23:32:39 pm
Staat er in het artikel iets meer over de overwegingen achter het geen uitspraak willen doen over soortstatus van taxa, Ben? Aangenomen dat jij het hele artikel kunt inzien. Het komt zo - op mij - wat nihilistisch over.

(en dat zeg ik zonder 'enge' braamsluipers in NL gezien te hebben ;))
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op januari 13, 2013, 09:24:26 am
Ha Vincent,


Ik ben er alleen even diagonaal doorheen gegaan maar de boodschap is: vele haken en ogen, moeilijk moeilijk moeilijk. MtDNA levert een mooie boom op maar de nucleaire markers zijn blijkbaar een pot nat (de figuren hebben ze niet eens in het artikel zelf bijgevoegd, slechts online only). Ze hebben wel indrukwekkend veel typemateriaal mee weten te nemen in het artikel.


Ach, ik denk dat de CSNA niet te beroerd is ze te helpen bij het doorhakken van die knopen ;-).


Ben
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Vincent Hart op januari 13, 2013, 10:41:51 am
 ;)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op januari 30, 2013, 20:46:25 pm
Op http://www.benthamscience.com/open/tooenij/articles/V005/32TOOENIJ.pdf staat een artikel met beschouwingen over het aantal soorten Albatrossen. Ik heb het artikel nog niet gelezen, dus ik kan nog geen oordeel over de inhoud geven.

Vriendelijke groeten,

Klaas van Dijk
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: arnoud.vandenberg op februari 03, 2013, 11:39:46 am
Ha Vincent,
Ik ben er alleen even diagonaal doorheen gegaan maar de boodschap is: vele haken en ogen, moeilijk moeilijk moeilijk. MtDNA levert een mooie boom op maar de nucleaire markers zijn blijkbaar een pot nat (de figuren hebben ze niet eens in het artikel zelf bijgevoegd, slechts online only). Ze hebben wel indrukwekkend veel typemateriaal mee weten te nemen in het artikel.
Ach, ik denk dat de CSNA niet te beroerd is ze te helpen bij het doorhakken van die knopen ;-).
Ben
De fylogenie die uit de samenvatting van het verhaal is op te tekenen laat zien dat de huidige (op Shirihais Sylvia-boek gebaseerde)  oplossing met twee 'soorten', Humes Braamsluiper S althaea en gewone Braamsluiper S curruca sensu lato, niet voldoet. De auteurs zijn m.i. niet 'nihilistisch': ze zeggen dat taxonomische keuzes afhankelijk zijn van het soortsconcept.
Gr A
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Justin Jansen op maart 22, 2013, 08:16:30 am
Roadkills (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982213001942) van Kilfzwaluwen
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: peterlindenburg op maart 22, 2013, 19:45:39 pm
Reduced genetic diversity and sperm motility in the endangered Gran Canaria Blue Chaffinch Fringilla teydea polatzeki

http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10336-013-0940-9 (http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10336-013-0940-9)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 27, 2013, 20:18:24 pm
 Preservation of ovarian follicles reveals early evolution of avian reproductive behaviour
 
http://www.nature.com/nature/journal/v495/n7442/full/nature11985.html
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op april 02, 2013, 14:05:51 pm
http://www.pnas.org/content/early/2013/03/19/1216511110.abstract?sid=1009cb1c-03a6-424a-9898-063812da9c6b

Grt Phil

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op april 02, 2013, 19:30:27 pm
Wat een aantallen. Op elk eiland een niet-vliegende ral en je komt een heel eind.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: marijn op april 03, 2013, 17:11:45 pm
A reappraisal of the systematic affinities of Socotran, Arabian and East African scops owls (Otus, Strigidae) using a combination of molecular, biometric and acoustic data. (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ibi.12041/abstract)

Over onverwachte Otus-verwantschappen in het Rode Zeegebied, en daaruit voortvloeiend o.a. het voorstel om Socotra Scops Owl soortstatus te geven.
Ook wordt gesuggereerd dat de Ethiopische African Scops Owl wel eens een apart taxon zou kunnen zijn.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op april 03, 2013, 19:12:38 pm
Een team met onder andere onze eigen George Sangster en Cees Roselaar heeft voorgesteld om Red-bellied Pitta ENORM te splitten.

Hier een link direct naar de PDF die als het goed is gratis is: http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1759/20130309.full.pdf+html (http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1759/20130309.full.pdf+html)

edit: Chris Gooddie ga nog maar es terug!
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jvdlaan op april 04, 2013, 08:40:37 am
Hmm, aantal soorten Pitta's van 33 naar 49. Daar zal het wel niet bij blijven als ze dezelfde methode ook op het Hooded Pitta-complex gaan toepassen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: redmar_woudstra op april 04, 2013, 08:46:16 am
Dan worden de door Alfred Russel Wallace genoemde soorten (in die tijd) in het Maleise Eilandrijk toch nog weer echt soorten. Hij noemt in ieder geval "celebensis" en volgens mij ook "bernsteini". Nazoeken van mij op internet leverde al geen soorten op maar wel ondersoorten met die naam. Interessant artikel!
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: JohanvantBosch op april 04, 2013, 12:53:19 pm
Een team met onder andere onze eigen George Sangster en Cees Roselaar heeft voorgesteld om Red-bellied Pitta ENORM te splitten.

Hier een link direct naar de PDF die als het goed is gratis is: http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1759/20130309.full.pdf+html (http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1759/20130309.full.pdf+html)

edit: Chris Gooddie ga nog maar es terug!

Ha Ben (of Jelmer of wie er ook maar verstand van heeft),
Ik ben geen specialist in deze materie.... heb jij hier een visie op? Snijdt het hout die mega-split? Of hadden ze net zo goed of beter voor bv twee, drie of acht soorten kunnen gaan?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op april 15, 2013, 21:24:54 pm
Alle alle jezus: http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130410155001.htm
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Bart van Hoogstraten op april 15, 2013, 21:35:14 pm
Alle alle jezus: http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130410155001.htm

Bedoel je dat het voor jou zware kost is dat Zeeduivels kleine Papegaaiduikers eten of dat Papegaaiduikers zwaar op de maag liggen van Zeeduivels?  ;)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op april 15, 2013, 22:00:42 pm
Wat ik het zwaarste vind is dat mensen een Kleine Alk denken een Papduiker te moeten noemen om 'm aanspreekbaar te maken.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Bart van Hoogstraten op april 15, 2013, 22:03:50 pm
Wat ik het zwaarste vind is dat mensen een Kleine Alk denken een Papduiker te moeten noemen om 'm aanspreekbaar te maken.

Allez allez!  B)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op april 17, 2013, 10:41:50 am
Extra deel(tje) HBW: http://www.lynxeds.com/hbw/special-volume-new-species-and-global-index
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 18, 2013, 10:11:35 am
van Oosten & Emtsev 2013. Putative segregation of two Yellow Wagtail taxa by breeding habitat in Western Siberia: possible implications for Motacilla flava taxonomy. Ardea 101(1): 65–70.

http://ardea.nou.nu/ardea_show_abstract.php?lang=uk&nr=4108
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op mei 23, 2013, 08:47:10 am
Phylogeography of willow grouse (Lagopus lagopus) in the Arctic: taxonomic discordance as inferred from molecular data
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bij.12109/abstract
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Phil op juni 09, 2013, 17:10:17 pm
http://www.cell.com/current-biology/retrieve/pii/S0960982213005034

Grt Phil
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op juni 10, 2013, 21:05:08 pm
Was Hybridization among Arctic white-headed gulls (Larus spp.) obscures the genetic legacy of the Pleistocene

(  http://digitalcommons.unl.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=1582&context=usgsstaffpub&sei-redir=1&referer=http%3A%2F%2Fwww.google.nl%2Furl%3Fsa%3Dt%26rct%3Dj%26q%3Dlarus%2520cachinnans%2520lars%26source%3Dweb%26cd%3D30%26ved%3D0CG8QFjAJOBQ%26url%3Dhttp%253A%252F%252Fdigitalcommons.unl.edu%252Fcgi%252Fviewcontent.cgi%253Farticle%253D1582%2526context%253Dusgsstaffpub%26ei%3DzBe2UaVg4bPRBfq9gOAO%26usg%3DAFQjCNHWz6aUWaQ2wtxqadirEnJlu2_nTA%26bvm%3Dbv.47534661%2Cd.d2k%26cad%3Drja#search=%22larus%20cachinnans%20lars%22 )

al eens langsgekomen? Als ik het goed begrijp, broeden er volgens deze auteurs Vegameeuwen op Yamal / Gydan ( http://en.wikipedia.org/wiki/File:Yamalo-Nenets_in_Russia.svg ).

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op juni 11, 2013, 00:05:51 am
Een team met onder andere onze eigen George Sangster en Cees Roselaar heeft voorgesteld om Red-bellied Pitta ENORM te splitten.

Hier een link direct naar de PDF die als het goed is gratis is: http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1759/20130309.full.pdf+html (http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1759/20130309.full.pdf+html)

edit: Chris Gooddie ga nog maar es terug!

Ha Ben (of Jelmer of wie er ook maar verstand van heeft),
Ik ben geen specialist in deze materie.... heb jij hier een visie op? Snijdt het hout die mega-split? Of hadden ze net zo goed of beter voor bv twee, drie of acht soorten kunnen gaan?
Beter laat dan nooit! Buru en Seram dit jaar, dus eigenbelang hè...

mtDNA ziet er heel leuk uit (allemaal aparte clades), maar dat gaat gelukkig vlotjes op eilanden.
Nucleaire genen (natuurlijk) al een stuk minder: CSDE1  (Filipijnen + Molukken + Louisiaden (da's gek) duidelijk gescheiden van Nieuw-Guinea, maar de haplotypen van Sulawesi gooien roet in het eten door in beide groepen op te duiken), MYO2: Sulawesi en de Zuid-Molukken apart van de rest.
Verder: "De meerderheid van diversificatie vond plaats in de laatste 400.000 jaar"... en er worden meer soorten voorgesteld dan er mtDNA clades zijn (gebaseerd op uiterlijk en geluid).
Verschillende taxa zijn het in elk geval wel, maar ze allemaal lumpen kan wat mij betreft ook.

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: JohanvantBosch op juni 11, 2013, 09:45:53 am
Beter laat dan nooit! Buru en Seram dit jaar, dus eigenbelang hè...

mtDNA ziet er heel leuk uit (allemaal aparte clades), maar dat gaat gelukkig vlotjes op eilanden.
Nucleaire genen (natuurlijk) al een stuk minder: CSDE1  (Filipijnen + Molukken + Louisiaden (da's gek) duidelijk gescheiden van Nieuw-Guinea, maar de haplotypen van Sulawesi gooien roet in het eten door in beide groepen op te duiken), MYO2: Sulawesi en de Zuid-Molukken apart van de rest.
Verder: "De meerderheid van diversificatie vond plaats in de laatste 400.000 jaar"... en er worden meer soorten voorgesteld dan er mtDNA clades zijn (gebaseerd op uiterlijk en geluid).
Verschillende taxa zijn het in elk geval wel, maar ze allemaal lumpen kan wat mij betreft ook.

JanHein


Dankjewel JanHein, zoiet zocht ik.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op juli 28, 2013, 14:43:41 pm
Birds: Evolution and Innovation in a Changing World

http://www.youtube.com/watch?v=IfI_6LI6aUE

Lezing door Scott Edwards van Harvard
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: willemrenema op oktober 10, 2013, 08:00:43 am
merel gedrag wordt beïnvloed door stadslicht.

http://www.frontiersinzoology.com/content/10/1/60

Urban-like night illumination reduces melatonin release in European blackbirds (Turdus merula): implications of city life for biological time-keeping of songbirds

Davide M Dominoni, Wolfgang Goymann, Barbara Helm and Jesko Partecke
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op oktober 31, 2013, 01:30:23 am
Richard Klim postte dit op Birdforum:

Marova, Shipilina, Fedorov & Ivanitskii 2013. Hybridization zone between Eastern European Chiffchaff Phylloscopus collybita abietinus and Siberian Chiffchaff Phylloscopus (collybita) tristis. EOU2013UK (http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf). (abstract on p147)

http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Herman van der Klis op oktober 31, 2013, 09:40:39 am
Richard Klim postte dit op Birdforum:

Marova, Shipilina, Fedorov & Ivanitskii 2013. Hybridization zone between Eastern European Chiffchaff Phylloscopus collybita abietinus and Siberian Chiffchaff Phylloscopus (collybita) tristis. EOU2013UK (http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf). (abstract on p147)

http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf (http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf)

abstract on p141
 
Herman van der Klis
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op oktober 31, 2013, 13:49:49 pm
Richard Klim postte dit op Birdforum:

Marova, Shipilina, Fedorov & Ivanitskii 2013. Hybridization zone between Eastern European Chiffchaff Phylloscopus collybita abietinus and Siberian Chiffchaff Phylloscopus (collybita) tristis. EOU2013UK (http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf). (abstract on p147)

http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf (http://www.eounion.org/pdf/EOU_Norwich_2013_Abstract.pdf)


Cool, de waargenomen introgressie van tristis mtDNA in hybrides/abietinus kan een goede verklaring zijn van de resultaten in het DB stuk van vorig jaar.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: leostegeman op oktober 31, 2013, 15:48:39 pm
Ja, grappig dat er abietinus-tjiffen zijn die zingen als tristis.....
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Phil op oktober 31, 2013, 18:59:28 pm
Tijdens DT3 was er op Stortemelk op zondag een tjif zichtbaar die er echt uitzag als een sibtjif, inclusief vleugelstreepje, maar het geluid van een "gewone" tjif maakte. Volgens mij heeft Martijn Bot er opnamen van kunnen maken maar dat weet ik niet zeker; meerdere mensen hoorden een Tjif roepen. We dachten aan een mogelijke intermediair van SibTjif en Tjif die dan riep als tjif.
Maar dat zou dan niet echt kloppen met het abstract op p.141. Iemand een serieus idee hoe dat zou kunnen? Een gewone Tjif met vleugelstreepje hadden we geen van allen eerder gezien.

Grt Phil


Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Herman van der Klis op oktober 31, 2013, 21:12:07 pm
Introgressie van het vocale gedeelte zou best een rol kunnen spelen (b.v. bouw syrinx). Wanneer deze alleen voorkomt , zonder andere fenotypische kenmerken , dan moet onder bepaalde omstandigheden eerder gedacht worden aan imprinting  .


mvg


Herman van der Klis
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op november 19, 2013, 15:04:25 pm
Vagrancy fails to predict colonization of oceanic islands (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/geb.12129/abstract)
Lees, A. C. and Gilroy, J. J. (2013), Global Ecology and Biogeography.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Peter de Vries op juni 20, 2014, 12:41:30 pm
Proficiat Jelmer, goed en mooi werk!
http://www.sciencemag.org/content/344/6190/1410.abstract
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op juni 28, 2014, 11:36:29 am
Phylogeography kleine kar http://onlinelibrary.wiley.com/enhanced/doi/10.1111/ibi.12174/?isReportingDone=true met ook interessante informatie over DNA support van bosriet vs kleine kar identificatie in de hand.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op juni 28, 2014, 11:57:42 am

Phylogeography kleine kar http://onlinelibrary.wiley.com/enhanced/doi/10.1111/ibi.12174/?isReportingDone=true (http://onlinelibrary.wiley.com/enhanced/doi/10.1111/ibi.12174/?isReportingDone=true) met ook interessante informatie over DNA support van bosriet vs kleine kar identificatie in de hand.

"Sequences of 348 samples from Germany, which were captured for ringing,
showed that one bird was genetically assigned to the subspecies fuscus,
the first genetic evidence of this Asian subspecies in Central Europe.
According to our DNA sequences, 6.8% of Eurasian Reed Warblers were
misidentified at the species level, Marsh Warbler Acrocephalus palustris
accounting for most of these misidentified specimens.
"
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jelmerpoelstra op juli 15, 2014, 18:37:40 pm
Proficiat Jelmer, goed en mooi werk!
http://www.sciencemag.org/content/344/6190/1410.abstract (http://www.sciencemag.org/content/344/6190/1410.abstract)

Bedankt nog!

Iets over het vroegere voorkomen van een Pterodroma in Schotland: Late Holocene range collapse in a former British seabird species (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/jbi.12305/abstract?campaign=woletoc).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost - Waterrietzanger
Bericht door: HPM op augustus 08, 2014, 10:55:44 am

Een verzameling te downloaden publicaties over de Waterrietzanger op de site van de
Aquatic Warbler Conservation Team
http://www.aquaticwarbler.net/pub/index.html

(http://www.aquaticwarbler.net/sar/images/Glob_dist_AW.jpg)
http://www.aquaticwarbler.net/sar/index.html
Titel: Re: Zwaardere vogelkost - Waterrietzanger
Bericht door: Oenanthe op augustus 08, 2014, 14:26:14 pm
http://www.aquaticwarbler.net/sar/index.html (http://www.aquaticwarbler.net/sar/index.html)

Deze link zou ik geen zwaardere vogelkost willen noemen maar verplichte kost voor iedereen die het verschijnsel vogelbescherming nog serieus neemt en steunt.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: KorHaan op augustus 08, 2014, 17:40:53 pm
Ja, maar voor die mensen drukt het zwaar genoeg.

Vriendelijke groet,

Ronald Sinoo
Titel: Re: Zwaardere vogelkost - Waterrietzanger
Bericht door: HPM op augustus 08, 2014, 19:26:10 pm

http://www.aquaticwarbler.net/sar/index.html (http://www.aquaticwarbler.net/sar/index.html)

Deze link zou ik geen zwaardere vogelkost willen noemen maar verplichte kost voor iedereen die het verschijnsel vogelbescherming nog serieus neemt en steunt.

De site zelf is niet zwaar maar ik veronderstel dat sommigen de literatuur niet altijd lichte kost zullen vinden.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost - Ecologie Wespendief
Bericht door: HPM op augustus 14, 2014, 08:41:56 am

Van Manen W., van Diermen J., van Rijn S. & van Geneijgen P. (2011),
Ecologie van de Wespendief Pernis apivorus op de Veluwe in 2008-2010,
populatie, broedbiologie, habitatgebruik en voedsel.
http://www.boomtop.org/Wespendief_hr.pdf

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op september 21, 2014, 10:31:10 am
Antero Lindholm (2014) Occurrence of the alternative call of Common Chiffchaff in Finland and Estonia Caluta 6:1-13
http://www.caluta.liitin.net/Caluta/Caluta6.pdf (http://www.caluta.liitin.net/Caluta/Caluta6.pd)

"The 'sweeoo' call of Chiffchaff occurred as a dominant call in "invasions" in
about ten-year intervals. Both of the better documented "invasions" started in
Estonia one year earlier than in Finland and lasted two years in Finland and
three years in Estonia. The call used in the second year of invasion in Finland
was of simpler type in both invasions. There are no known morphological or
genetic differences between alternatively calling birds and normal abietinus
from the same areas, and it is very probable that they are from the same
population and taxon. The causes of the birth and death of the occurrence of
the call type are still a mystery."

Zie ook de topics
http://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=168698.0 (http://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=168698.0)
http://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=138958.0 (http://forum.waarneming.nl/smf/index.php?topic=138958.0)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: bert regensburg op september 21, 2014, 15:51:21 pm
de link die wel werkt is:
http://www.caluta.liitin.net/Caluta/Caluta6.pdf

m.vr.gr.
Bert Regensburg
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: marijn op januari 06, 2015, 11:50:38 am
Nieuw artikel Over Palestijnse Bosuil en Omaanse Uil. (http://www.researchgate.net/publication/270448197)
Multiple lines of evidence confirm that Hume’s Owl Strix butleri (A. O. Hume, 1878) is two species, with description of an unnamed species (Aves: Non-Passeriformes: Strigidae)

De auteurs gooien de boel even op de schop (wat we nu als populaties van S. butleri beschouwen, strijkt niet met het type dat van deze soort verzameld is --> 'Palestijnse Bosuil' wordt nieuwe soort S. hadorami, en S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn) en de knuppel in het hoenderhoek (wat betreft het niet verzamelen van een type van S. omanensis door Robb et al.)!

Zie ook onder http://www.dutchbirding.nl/gallery.php?p=bigpic&gal=5&fid=9728&page=zoek (http://www.dutchbirding.nl/gallery.php?p=bigpic&gal=5&fid=9728&page=zoek)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op januari 06, 2015, 13:15:06 pm
Over 'S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn' geven ze zelf ook al toe dat dit ook net zo goed niet kan zijn omdat ze net als Robb et al. niet beschikken over DNA of een specimen. Gewoon een extra statement voor de bekende knuppel..

Ik weet niet of het een normale tekst is in deze tak van wetenschap, maar ik vond het een beetje schoppen naar Robb et al. aan de ene kant en vriendjes maken naar Hadoram aan de andere kant (en een klein beetje eer opstrijken dat zij dus een soort van ontdekkers zouden zijn van de Omani uil?). Is dit normaal?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: lupokatja op januari 06, 2015, 13:47:18 pm
Over 'S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn' geven ze zelf ook al toe dat dit ook net zo goed niet kan zijn omdat ze net als Robb et al. niet beschikken over DNA of een specimen. Gewoon een extra statement voor de bekende knuppel..

Ik weet niet of het een normale tekst is in deze tak van wetenschap, maar ik vond het een beetje schoppen naar Robb et al. aan de ene kant en vriendjes maken naar Hadoram aan de andere kant (en een klein beetje eer opstrijken dat zij dus een soort van ontdekkers zouden zijn van de Omani uil?). Is dit normaal?

Vind je dat de kritiek onterecht is of dat ie op een ongepaste manier wordt geuit? Ik schrik er eerlijk gezegd niet echt van (al heb ik het artikel maar vluchtig heb doorgenomen).

Lutzen
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op januari 06, 2015, 13:51:44 pm
Over 'S. omanensis zou vooralsnog best als synoniem van (het type van) S. butleri te beschouwen zijn' geven ze zelf ook al toe dat dit ook net zo goed niet kan zijn omdat ze net als Robb et al. niet beschikken over DNA of een specimen. Gewoon een extra statement voor de bekende knuppel..

Ik weet niet of het een normale tekst is in deze tak van wetenschap, maar ik vond het een beetje schoppen naar Robb et al. aan de ene kant en vriendjes maken naar Hadoram aan de andere kant (en een klein beetje eer opstrijken dat zij dus een soort van ontdekkers zouden zijn van de Omani uil?). Is dit normaal?

Vind je dat de kritiek onterecht is of dat ie op een ongepaste manier wordt geuit? Ik schrik er eerlijk gezegd niet echt van (al heb ik het artikel maar vluchtig heb doorgenomen).

Lutzen

Kritiek is welkom, dat zullen ze bij TSA ook voor open staan. Het is inderdaad de manier waarop waar ik van 'schrik'. Dat jij er niet van schrikt laat al enigszins zien dat het in deze tak van wetenschap wat gebruikelijker is (toch?).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: caliprobola op januari 06, 2015, 14:23:20 pm
Als je de laatste post van Klaas van Dijk leest bij de comments onder de foto op dutchbirding (http://www.dutchbirding.nl/gallery.php?p=bigpic&gal=5&fid=9728&page=zoek) lijkt het me toch wat genuanceerder dan natrappen.
Overigens  de kritiek die er al bij het verschijnen van het artikel te horen was (zie bv post van Vincent van der Spek van 5 oktober 2013 onder diezelfde foto). Geen probleem om geen type-exemplaar in te zamelen maar een vangst van een exemplaar zou de hele zaak heel wat sterker gemaakt hebben. Met de beschikbaarheid van enkele basis biometrische gegevens + DNA-materiaal lijkt me dat een aantal van de vragen die het nieuwe artikel nu opwerpt al een antwoord zouden hebben.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op januari 06, 2015, 15:09:36 pm
Niks mis met hoe de auteurs het zeggen lijkt me. Als Robb et al. zulke commentaar niet zouden willen ontvangen dan hadden ze het maar anders aan moeten pakken. De soortsbeschrijving weglaten of uitstellen bijvoorbeeld.

Ik vind de een na laatste paragraaf van de discussie van het Zootaxa artikel wel een beetje suf. Het argument 'we hebben niet verzamelt want x is mogelijk schaars' is ongeldig want achteraf is gebleken dat x niet schaars is...

Duidelijk dat er DNA van over de hele range nodig is, dat kan je ook gebruiken om de herkomst van het type van butleri te benaderen. Een beetje braakballen zoeken hoeft toch niet zo moeilijk te zijn?Alleen uit het kaartje begrijp ik wel dat de range van de groep eigenlijk wel heel slecht bekend is.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op januari 06, 2015, 15:22:23 pm
Het zal wel liggen aan de bril die ik op had toen ik het las ;).
Niks mis met de boodschap van het verhaal overigens, vanaf het begin af aan al niet.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op februari 11, 2015, 00:09:59 am
Huh!?!?!
http://link.springer.com/article/10.1007/s10336-015-1165-x
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: ArjenDrost op februari 11, 2015, 00:23:52 am
Huh!?!?!
http://link.springer.com/article/10.1007/s10336-015-1165-x (http://link.springer.com/article/10.1007/s10336-015-1165-x)
Euh... Interessant?  ??? In ieder geval verrassend... Ben benieuwd hoe zoiets eruit ziet...
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op februari 11, 2015, 08:15:40 am
Het ziet er echt uit als een hybride!
Foto's staan in het artikel.

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: ArjenDrost op februari 11, 2015, 08:35:22 am
Het ziet er echt uit als een hybride!
Foto's staan in het artikel.
Ik ben bang dat ik daar geen toegang toe heb :(
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op februari 11, 2015, 08:45:50 am
Ik kan het wel doorsturen, geef je email maar door.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: ArjenDrost op februari 11, 2015, 08:54:27 am
Ik kan het wel doorsturen, geef je email maar door.
Je hebt een pb. Dank.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Calonectris op februari 11, 2015, 11:40:43 am
Huh!?!?!
http://link.springer.com/article/10.1007/s10336-015-1165-x (http://link.springer.com/article/10.1007/s10336-015-1165-x)
Euh... Interessant?  ??? In ieder geval verrassend... Ben benieuwd hoe zoiets eruit ziet...

Ook hier (http://www.listafuglestasjon.no/default.asp?pxside=news&pxnewsid=354) te vinden.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Vincent Hart op februari 11, 2015, 12:01:20 pm
Zo dus ...
(http://www.listafuglestasjon.no/visbilde.asp?MaxW=620&MaxH=420&VisF=ON&BID=926)
(http://www.listafuglestasjon.no/visbilde.asp?MaxW=250&MaxH=500&VisF=ON&BID=927)(http://www.listafuglestasjon.no/visbilde.asp?MaxW=250&MaxH=500&VisF=ON&BID=929)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: snwja3 op februari 11, 2015, 15:49:12 pm
Moet je dat bij Stejnegers ook nog gaan uitsluiten?  ;)

Editie, zag dat Max dat ook al dacht.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op maart 02, 2015, 23:38:56 pm
Veel extra leesvoer nu gratis toegankelijk via http://aoucospubs.org/

Citaat
The Auk and The Condor, Expanding Access By Nate Swick, on February 28, 2015 Big news in the bird academic publications front, as two venerable ornithological publications, The Condor and The Auk, have made most of the the last 15 years worth of issues available completely for free on their website. As pre-2000 articles are already freely available on the Searchable Ornithological Research Archive (SORA), this means that the entirety of the magazine’s articles through 2013, are available for free.

Bron: http://news360.com/article/280823558

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 03, 2015, 19:41:34 pm
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.13140/abstract
Tijd om barmsijzen te lumpen
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op maart 03, 2015, 21:01:38 pm
Nog meer leesvoer van een minder makkelijk toegankelijk tijdschrift wat ook gratis toegankelijk is gemaakt:

Citaat

We are very happy to announce that Scopus is now Open Access. Recent volumes (29–34) are freely available on African Journals Online. Volume 28 will be uploaded in the coming days. http://www.ajol.info/index.php/scopus then click on ‘Archives’

Back issues (volumes 1–27) are freely available on the Biodiversity Heritage Library. Volumes 28-34 will also be uploaded to BHL soon. http://biodiversitylibrary.org/bibliography/64405#/summary

Back issues of Special Supplements (Birds of Somalia, Birds of the Kampala Area, and Birds of South Sudan) are freely available on the Biodiversity Heritage Library http://biodiversitylibrary.org/bibliography/67967#/summary


Vriendelijke groeten,

Klaas van Dijk
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op maart 03, 2015, 21:47:58 pm
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.13140/abstract
Tijd om barmsijzen te lumpen
Misschien ben ik het wel met je eens, maar een snelle scan van de supplementary info levert toch wel een sample bias op.
Bijvoorbeeld voor de ecological niche models zijn alleen maar waarnemingen/individuen uit Amerika te vinden. A. cabaret materiaal is verzameld in slechts twee bekende plekken, de andere 4 (ja, slechts 6!) zijn verzameld op een onbekende plek. Dat terwijl er ook maar 4 A. flammea in Europa zijn verzameld waarvan nog eens 3 op dezelfde plek als een eerdere A. cabaret. De rest van de samples van A. flammea komen uit USA...
Misschien eens lezen hoe ze hier mee om zijn gegaan, maar ik kan dit format niet zo goed lezen..
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op maart 04, 2015, 10:16:40 am
Op DB gaf ik dit commentaar:
Citaat van: ikzelf
Gelukkig hebben ze het alleen over een clinale overgang van flammea naar hornemanni in Noord-Amerika, zodat we verder aan de messcherpe transitie tussen deze twee in Scandinavië kunnen vasthouden.
Jammer dat ik het hele artikel niet kan lezen en de supporting info niet begrijp...
BirdLife schijnt de barmsijzen al gelumpt te hebben, dus wellicht volgt de IOC-lijst ook. En wie volgt waarneming.nl?
Een soortgelijk onderzoek in Europa zou zeker interessant zijn.

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 04, 2015, 10:37:04 am
Op zich was hieruit al duidelijk dat het een pot nat was:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790308000961


Sampling omvat Europa.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op maart 04, 2015, 12:04:04 pm
Op zich was hieruit al duidelijk dat het een pot nat was:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790308000961
Maar de onderzoekers maken hetzelfde voorbehoud dat ik aanvoer. Voor Noord-Amerika lijkt met het nieuwste artikel wel aangetoond te zijn dat er geen "scherpe overgang" is, maar voor Europa nog niet. Of ik *zelf* geloof dat er in Europa drie of vier soorten barmsijs rondvliegen is iets anders...

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op maart 16, 2015, 17:26:05 pm
Voor de fijnproevers onder ons, hieronder het e.e.a. over Fitissen.

Max Lunberg promoveerde bij Staffan Bensch (zie http://lup.lub.lu.se/luur/download?func=downloadFile&recordOId=4695820&fileOId=4695828 voor een samenvatting) op fitissen, met een paar leuke resultaten.

1) behalve forse genetische variatie in slechts drie stukjes genoom, zijn de ssp trochilus en acredula genetisch niet of nauwelijks te onderscheiden, niet autosomaal en ook niet (i.t.t. tjiffen) in het mtDNA.
2) yakutensis lijkt genetisch niet te verschillen van acredula.
3) wat weinig vogelaars zich realiseren loopt de grens tussen trochillus en acredula niet langs 15 graden oosterlengte, sommigen onder ons denken dat dat een soort van mythische grens is.

Voor een eenvoudige DNA test om acredula en trochillus te herkennen is mtDNA onbruikbaar, en moeten we een autosomale test ontwikkelen. Waar we dus nu mee bezig zijn. Voor yakutensis  is op dit moment geen enkel DNA kenmerk bekend!

Hiermee ontstaan parallellen tussen de Zwarte/Bonte Kraai, de Barmsijzen en Fitissen, en er zullen nog wel meer van dit soort artikelen gaan verschijnen.

Tussen vogelpopulaties die qua uiterlijk/zang of geluid/biometrie redelijk of goed te onderscheiden zijn vinden we niet of nauwelijks genetische variatie, tenzij je het (vrijwel) complete genoom in kaart brengt EN een compleet overzicht hebt van de genexpressie verschillen tussen de verschillende populaties.
Pas dan worden minimale verschillen duidelijk die soms voor bijna 100% overeenkomen met de verschillende populaties.
Ook lijkt er geen enkele samenhang te zijn tussen eventuele mtDNA variatie en autosomale variatie.

De discussie over het Barmsijzenverhaal is m.i. dus enigszins prematuur, want in veel details mankeert er nog wel het e.e.a. aan.
Voort soortconcepten wordt het er ook niet eenvoudiger op. Want zijn populaties die voor 99.99% (of meer) genetisch identiek zijn nog discrete soorten? Of wordt het tijd om de bestaande concepten te negeren en over iets anders na te denken?

Later meer hierover....


Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 17, 2015, 16:43:46 pm
Je moet wel uitkijken voor cirkelredenatie hier: zoeken naar verschillen tussen van te voren bepaalde groepen. Met de enorme stoot data die je tegenwoordig kan genereren is de kans groot dat een deel daarvan je favoriete hypothese ondersteunt. Maar daarmee heb je soortstatus nog niet aangetoond, ongeacht je definitie. Het is frapant bijvoorbeeld bij de barmsijzen dat ze juist zo homogeen zijn genetisch. Daar moet een verklaring voor zijn.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op maart 18, 2015, 09:07:46 am
Ha Ben,

Ik ben dit met je eens, maar het probleem van de Barmsijzenstudie is nu juist dat het zowel qua sequentie informatie als gen-expressie resolutie mist.
Staffan heeft onvoorstelbaar veel geluk gehad 10 jaar geleden toen hij met AFLPs twee discriminerende autosomale SNPs aantrof.
Deze twee SNPs liggen in twee van de drie relatief kleine gebieden die in dit proefschrift staan.
Bij de kraaien werden discriminerende SNPs pas gevonden na massaal genexpressie en sequence geweld.
Ik sluit dus niet uit dat er bij de Barmsijzen uiteindelijk verschillen (hoe weinig dan ook) gevonden gaan worden, maar daarvoor heb je dus echt complete genomen van aardig wat exemplaren nodig.
M.i. is de nieuwe studie, ondanks de zeer goede design, nog steeds prematuur. Dat hebben we dus van de kraaien en de fitissen geleerd.
T.a.v. evt. soortstatus, dat is toch een inmiddels achterhaald idee? Als er iets is wat we van complete genome phylogeny leren is dat het toepassen van welk concept dan ook zinloos maakt. We hebben het daar nog wel eens over.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 18, 2015, 11:09:40 am
Hoi Peter,


Bij de barmsijzen is het natuurlijk niet zo zwart-wit (zwart-grijs) als bij de kraaien. De kraaien zijn gemakkelijk in twee groepen te verdelen, hybriden springen er uit en er is bewijs voor selectie tegen hybridisatie. Je hebt dus een goede hypothese om te testen. Hoewel er wel labels op barmsijzen geplakt worden is dit m.i. erg kunstmatig. Denk aan witstuiten in NL: als een vogel niet op elk van een lijstje kenmerkstoestanden voldoende scoort (continue kenmerken overigens) is het geen witstuit. Scheef genoeg is het dan wel een grote. Als juist grote een zeldzaamheid was in NL was zouden alle tussenvormen als witstuit de boeken in gaan? De split van kleine is meer op splitgeilheid dan op data berust.


De nieuwe studie (die wel een beetje all over the place is moet ik zeggen) maakt minimaal kristal helder dat de barmsijzen radiatie super recent is en/of dat er enorm veel gene flow is. Voor soortstatus zou je aan moeten tonen dat er desondanks consistente verschillen zijn op sommige stukjes genoom en dat er selectie tegen hybriden is. Ik zou zelf zeggen dat zolang die verschillen en selectie niet gevonden zijn je null hypothese een enkele barmsijs soort zou moeten zijn. De burden of proof ligt dus bij de splitters.


Ik weet niet wat je precies bedoeld met je opmerking over soortstatus, maar natuurlijk zijn groepen als barmsijzen (en kruisbekken!) outliers (en daarmee extra interessant). Met een Coyne & Orr Biological Species Concept kom je doorgaans een heel eind. Zolang men maar niet te dogmatisch is met een soortconcept kom je er meestal wel uit, zelfs bij Italiaanse mus.



Zou je de Staffan referentie kunnen geven? Is dit nooit verder dan proefschrift gekomen?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: ArjanH op maart 18, 2015, 23:36:21 pm
Burden of proof, outliers, all over the place, gene flow, radiatie en wat voor een dure termen al niet meer om indruk te maken: kan er niet gewoon op een wijze een mening verkondigd worden die voor iedereen begrijpelijk is  ? Dit is nauwelijks leesbaar.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: caliprobola op maart 19, 2015, 00:15:51 am
Burden of proof, outliers, all over the place, gene flow, radiatie en wat voor een dure termen al niet meer om indruk te maken: kan er niet gewoon op een wijze een mening verkondigd worden die voor iedereen begrijpelijk is  ? Dit is nauwelijks leesbaar.
Het topic heet dan ook "Zwaardere vogelkost".
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 19, 2015, 10:50:07 am
Zijn dat dure termen? Het zijn precieze termen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op maart 19, 2015, 12:54:51 pm

Burden of proof, outliers, all over the place, gene flow, radiatie en wat voor een dure termen al niet meer om indruk te maken: kan er niet gewoon op een wijze een mening verkondigd worden die voor iedereen begrijpelijk is  ? Dit is nauwelijks leesbaar.

Het topic heet dan ook "Zwaardere vogelkost".

Niet dat ik deze materie onder de knie heb, maar met de genoemde termen en het gebruik ervan heb ik minder moeite dan met die onbegrijpelijke afkortingen van vogelnamen waarmee op dit forum zo vaak gestrooid wordt.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OlivierO op maart 19, 2015, 14:39:45 pm
Niet dat ik deze materie onder de knie heb, maar met de genoemde termen en het gebruik ervan heb ik minder moeite dan met die onbegrijpelijke afkortingen van vogelnamen waarmee op dit forum zo vaak gestrooid wordt.

What he said.

Ik ervaar dagelijks dat Nederlanders graag afkortingen gebruiken voor het minste, zodat je soms een e-mail tot 3 keer toe moet lezen alvorens te weten wat er nu eigenlijk gevraagd wordt. Is het luiheid? Ik erger mij daar alleszins mateloos aan. Voornamelijk omdat afkortingen dan nog vaak fout of willekeurig gebruikt worden. Zo ook hier op het forum.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: snwja3 op maart 19, 2015, 14:53:02 pm
Niet dat ik deze materie onder de knie heb, maar met de genoemde termen en het gebruik ervan heb ik minder moeite dan met die onbegrijpelijke afkortingen van vogelnamen waarmee op dit forum zo vaak gestrooid wordt.

What he said.

Ik ervaar dagelijks dat Nederlanders graag afkortingen gebruiken voor het minste, zodat je soms een e-mail tot 3 keer toe moet lezen alvorens te weten wat er nu eigenlijk gevraagd wordt. Is het luiheid? Ik erger mij daar alleszins mateloos aan. Voornamelijk omdat afkortingen dan nog vaak fout of willekeurig gebruikt worden. Zo ook hier op het forum.

wtf  O0
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 19, 2015, 15:04:13 pm
Ik vind zelf Engelse termen vaak duidelijker dan Nederlandse en ze zijn in ieder geval bij mij ook meer bekend (ik kon uitschieter / uitbijter voor outlier vinden, bah, wat een lelijke woorden). Ik snap niet waar die rare dwang vandaan komt om bijvoorbeeld vogelnamen in het Nederlands te vertalen. Als je niet weet wat ik bedoel met Hose's Broadbill, is het dan ineens wel duidelijk als ik het over een Prachtsmaragdbreedbek heb?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op maart 19, 2015, 15:37:37 pm

Ik vind zelf Engelse termen vaak duidelijker dan Nederlandse en ze zijn in ieder geval bij mij ook meer bekend (ik kon uitschieter / uitbijter voor outlier vinden, bah, wat een lelijke woorden). Ik snap niet waar die rare dwang vandaan komt om bijvoorbeeld vogelnamen in het Nederlands te vertalen. Als je niet weet wat ik bedoel met Hose's Broadbill, is het dan ineens wel duidelijk als ik het over een Prachtsmaragdbreedbek heb?

Jongens van de gestampte pot begrijpen dat alleen als je 'Psmabe' of zoiets  schrijft, of 'Hobro' in het Engels (= Broekbreedbek).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OlivierO op maart 19, 2015, 16:15:09 pm
Niet dat ik deze materie onder de knie heb, maar met de genoemde termen en het gebruik ervan heb ik minder moeite dan met die onbegrijpelijke afkortingen van vogelnamen waarmee op dit forum zo vaak gestrooid wordt.

What he said.

Ik ervaar dagelijks dat Nederlanders graag afkortingen gebruiken voor het minste, zodat je soms een e-mail tot 3 keer toe moet lezen alvorens te weten wat er nu eigenlijk gevraagd wordt. Is het luiheid? Ik erger mij daar alleszins mateloos aan. Voornamelijk omdat afkortingen dan nog vaak fout of willekeurig gebruikt worden. Zo ook hier op het forum.

wtf  O0

 :angel: B) ;D
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: canoorlander op maart 19, 2015, 18:34:10 pm
Ik snap niet waar die rare dwang vandaan komt om bijvoorbeeld vogelnamen in het Nederlands te vertalen. Als je niet weet wat ik bedoel met Hose's Broadbill, is het dan ineens wel duidelijk als ik het over een Prachtsmaragdbreedbek heb?

Probeer je vrouw maar eens uit te leggen dat je op het strand een paar prachtige Brown Boobies gezien hebt  ;D

gr. Albert
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Roland_Wantia op maart 19, 2015, 18:38:14 pm
Als we nog even zo doorgaan is ook dit topic weer voor iedereen te volgen :(

Groet,
Roland
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op maart 19, 2015, 19:52:19 pm
Voor de fijnproevers onder ons, hieronder het e.e.a. over Fitissen.

Max Lunberg promoveerde bij Staffan Bensch (zie http://lup.lub.lu.se/luur/download?func=downloadFile&recordOId=4695820&fileOId=4695828 voor een samenvatting) op fitissen, met een paar leuke resultaten.

1) behalve forse genetische variatie in slechts drie stukjes genoom, zijn de ssp trochilus en acredula genetisch niet of nauwelijks te onderscheiden, niet autosomaal en ook niet (i.t.t. tjiffen) in het mtDNA.
2) yakutensis lijkt genetisch niet te verschillen van acredula.
3) wat weinig vogelaars zich realiseren loopt de grens tussen trochillus en acredula niet langs 15 graden oosterlengte, sommigen onder ons denken dat dat een soort van mythische grens is.

Voor een eenvoudige DNA test om acredula en trochillus te herkennen is mtDNA onbruikbaar, en moeten we een autosomale test ontwikkelen. Waar we dus nu mee bezig zijn. Voor yakutensis  is op dit moment geen enkel DNA kenmerk bekend!
Grappig genoeg loopt de grens tussen acredula en trochilus volgens de diverse chromosomen niet gelijk.
Ik zou als tegenhypothese opwerpen dat FAD-genen een rol zouden kunnen spelen bij het beter om kunnen gaan met een koud klimaat (en niet met migratie), want zoveel verschil in de trekbanen is er niet (acredula heeft het waarschijnlijk moeilijker tijdens de broedtijd en makkelijker tijdens de trek). Chromosoom 3 zou (als dat verder oostelijk voorkomt) een rol kunnen spelen om met werkelijk arctische condities om te gaan.

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op maart 20, 2015, 17:52:45 pm
Ben,


Het laatste hoofdstuk met de uitgebreide genoomwijde SNP data is een concept waarvan de publicatie is uitgesteld.
We gaan eerst echt het complete Fitissen genoom sequencen (evenals dat van zes tjif ondersoorten), om zeker te zijn van de eerdere data.
Wat hij wil uitsluiten is dat door inversies (zoals bij de kraaien) de interpretatie verkeerd kan zijn.
Omdat hij nog aardig wat gaten in zijn Fitis genoom heeft, wordt dat eerst afgemaakt.


Jan Hein,


je kan best gelijk hebben maar er is nog wel wat onzekerheid. Dus het wachten is op nog meer data die ook betrouwbaarder is.


Vooralsnog wel erg interssant.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op maart 21, 2015, 11:39:31 am
Hoi Peter,


Ik dacht dat je op een AFLP barmsijzen studie doelde waarin diagnostische SNPs zijn aangetroffen?


Groeten,
Ben
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op maart 25, 2015, 19:35:03 pm
Vers van de pers is "A review of the subspecies status of the Icelandic Purple Sandpiper Calidris maritima littoralis", zie http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/zoj.12261/abstract
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op april 01, 2015, 16:41:51 pm

Transoceanic migration by a 12g songbird:
http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/11/4/20141045
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Herman van der Klis op april 01, 2015, 17:19:06 pm
Zeker een sterk staaltje van energiehuishouding,maar wat te denken van dit fenomeen op 1000m hoogte door zo'n onbeholpen fladderaar;


http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1600-0587.2012.07738.x/abstract


mvg


Herman van der Klis
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Bart van Hoogstraten op april 02, 2015, 17:40:32 pm

Transoceanic migration by a 12g songbird:
http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/11/4/20141045

Ook wel opmerkelijk dat hij die oceaantocht alleen maakt als hij zuidwaarts trekt. Noordwaarts pakt hij een meer westelijke route via de Caraïben: http://ebird.org/content/ebird/occurrence/blackpoll-warbler/
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op april 02, 2015, 18:19:59 pm
Ook wel opmerkelijk dat hij die oceaantocht alleen maakt als hij zuidwaarts trekt. Noordwaarts pakt hij een meer westelijke route via de Caraïben: http://ebird.org/content/ebird/occurrence/blackpoll-warbler/
Tegen de noordoostpassaat invliegen is echt een heel slecht idee!
De Blackpoll Warbler trekt overigens nog altijd relatief ver oostelijk door (makkelijker in Florida dan in Texas in het voorjaar).

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pietervanveelen op april 15, 2015, 16:51:57 pm


Ah! Cucumiau mag ook weer in stukken gesplit worden ;-) Groetjes
 
 Evidence for strong genetic structure in European populations of the little owl Athene noctua
 
 Pellegrino et al. 2015
   Journal of Avian Biology 46: 001–014, 2015
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: redmar_woudstra op april 15, 2015, 21:33:01 pm
Ik zit te denken: gezien de enorme variëteit (vaak subtiel) bij screech owls en pygmy-owls in de Neotropics verbaast het mij niet eens zo dat er in de Palearctic nog zoveel te ontdekken valt. Verbazender misschien dat het nu pas naar boven komt.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op mei 27, 2015, 16:12:17 pm
Hoe groter de trekafstand van vogels, hoe meer mannetjes van vrouwtjes verschillen. En dat komt dan waarschijnlijk doordat vrouwtjes minder kleurrijk/versierd worden om predatie op trek te voorkomen: http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/282/1809/20150375. Dit wijkt af van eerdere hypotheses dat mannetjes door natuurlijke selectie steeds kleurrijker/versierder worden.
Erg gaaf en ik merk dat ik echt nog een soort van knop om moet zetten in mijn hoofd omdat dit zo 'tegen-het-gevoel' in is.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op mei 27, 2015, 16:38:38 pm
Hoe groter de trekafstand van vogels, hoe meer mannetjes van vrouwtjes verschillen. En dat komt dan waarschijnlijk doordat vrouwtjes minder kleurrijk/versierd worden om predatie op trek te voorkomen: http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/282/1809/20150375. Dit wijkt af van eerdere hypotheses dat mannetjes door natuurlijke selectie steeds kleurrijker/versierder worden.
Erg gaaf en ik merk dat ik echt nog een soort van knop om moet zetten in mijn hoofd omdat dit zo 'tegen-het-gevoel' in is.
Met natuurlijk wel de voorwaarde dat er hier uitgegaan is van kleurrijke voorouders.

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Vincent Hart op mei 27, 2015, 16:43:01 pm
Ik heb nog even moeite Beijing Swift en Birds of Paradise in dit concept in te passen  :angel:
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op mei 27, 2015, 16:45:53 pm
Lijkt natuurlijk wel alleen en uitsluitend voor de oogverblindend kleurrijke Nearctische zangertjes op te gaan. Voor heel veel niet zangertjes daar en nog veel meer soorten hier gaat deze hypothese dus niet op.
Dus of hiermee een houdbare hypothese naar boven is gekomen durf ik te betwijfelen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op mei 27, 2015, 16:52:21 pm
Vandaar waarschijnlijk ook mijn 'tegen-het-gevoel-in'-gevoel ;).
Vraag mij bijvoorbeeld af hoe dit past in de Zwarte Leeuwerik, een van de weinige dimorphische leeuweriken waarbij de mannetjes niet trekken en de vrouwtjes wel. Ik heb geen flauw idee wat er eerder was, migratie of dimorphisme, maar het is leuk speculeren.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op mei 27, 2015, 17:15:22 pm
Ik ga eerst het complete verhaal en bijlagen doorspitten.
Wellicht dat er dan wat meer duidelijk wordt.
Ik deel je tegen-het-gevoel, hoewel volgens mij recent ook een studie verscheen over de selectie mechanismen bij Boerenzwaluwen (weet even niet meer exact wanneer en waarin), waaruit zou blijken dat die "erg lange buitenste staartpen bij mannetjes als extreem ornament voor sexuele selectie" hypothese ook werd genuanceerd.
Moet ook dit opzoeken.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op juni 12, 2015, 08:37:01 am
De barmsijzen studie is nu gepubliceerd in Molecular Ecology samen met een perspective van Jan T. Lifjeld: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.13244/abstract?campaign=woletoc
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Herman van der Klis op juni 13, 2015, 20:50:08 pm
Ik ga eerst het complete verhaal en bijlagen doorspitten.
Wellicht dat er dan wat meer duidelijk wordt.
Ik deel je tegen-het-gevoel, hoewel volgens mij recent ook een studie verscheen over de selectie mechanismen bij Boerenzwaluwen (weet even niet meer exact wanneer en waarin), waaruit zou blijken dat die "erg lange buitenste staartpen bij mannetjes als extreem ornament voor sexuele selectie" hypothese ook werd genuanceerd.
Moet ook dit opzoeken.


Of hadden die lange buitenste staartpennen bij Boerenzwaluwen te maken met een eerdere aankomst van mannetjes in hun broedgebieden ,met als gevolg bezetting van de beste broedplaatsen en om die reden door de latere (aankomst) vrouwtjes het best in de smaak vielen ? Was het voorkeur voor ornament of domweg hogere vliegsnelheid en als gevolg eerdere aankomst ?? Misschien een selectie mechanisme , die een interpretatie was van mijzelf .
Ik weet het ook niet meer zo precies, heb ongeveer 20 jaar geleden ooit DNA uit bloedmonsters genomen om het geslacht te kunnen bepalen. Dat was/is natuurlijk wel een eerste vereiste ; mannetjes en vrouwtjes zijn immers niet van elkaar te onderscheiden. Ik heb die monsters destijds van Tom van der Have gekregen. Er zat toen ergens een unieke restrictiesite om het geslacht heel eenvoudig te kunnen bepalen.




Peter , als ik jou was , zou ik dus Tom even consulteren.


groet,


Herman van der Klis
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op augustus 11, 2015, 07:45:42 am
Ik krijg de link er niet in gecopieerd maar in Ibis staat een artikel waarin bewijs wordt getoond voor 3 Zilveralken die jaarlijks van oost naar west migreren (en terug) over het noordelijk deel van de Pacific (de eerste marine bird species waarvan bekend is dat ze dat doen).

Grt Phil
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op augustus 11, 2015, 08:18:41 am
Ik krijg de link er niet in gecopieerd maar in Ibis staat een artikel waarin bewijs wordt getoond voor 3 Zilveralken die jaarlijks van oost naar west migreren (en terug) over het noordelijk deel van de Pacific (de eerste marine bird species waarvan bekend is dat ze dat doen).

Grt Phil

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ibi.12300/abstract
Verder dan dat kom je niet zonder te betalen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op augustus 11, 2015, 08:55:01 am
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ibi.12300/pdf

Om onduidelijke redenen lukt het nu wel ... en ik hoef niet te betalen.

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op augustus 11, 2015, 09:04:28 am
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ibi.12300/pdf (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ibi.12300/pdf)

Om onduidelijke redenen lukt het nu wel ... en ik hoef niet te betalen.

Het zal wel aan mij of mijn browser(instelling) liggen maar ik zie het niet.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jeroenroelofsen op augustus 11, 2015, 12:23:44 pm
Denk het wel Herman

Lukt het via deze link (http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1111/ibi.12300/asset/ibi12300.pdf?v=1&t=id778om9&s=665cae0e792cd9634a533e410bd8c8aef5c42867) wel?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op augustus 11, 2015, 13:17:47 pm
Denk het wel Herman

Lukt het via deze link (http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1111/ibi.12300/asset/ibi12300.pdf?v=1&t=id778om9&s=665cae0e792cd9634a533e410bd8c8aef5c42867) wel?

403 Forbidden
You don't have permission to access /store/10.1111/ibi.12300/asset/ibi12300.pdf on this server.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: UtrechtsVogelNet op augustus 11, 2015, 21:43:11 pm
Vanaf een PC op een hele andere locatie werkt bij mij de link ook niet meer goed - geen idee waarom niet.
Helaas pindakaas.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: jeroenroelofsen op augustus 11, 2015, 22:50:22 pm
Vanaf een PC op een hele andere locatie werkt bij mij de link ook niet meer goed - geen idee waarom niet.
Helaas pindakaas.

Dat probleem ervaar ik ook. Via de pc op mijn werk (UvA netwerk) gaat het wel, thuis niet. Dus waarschijnlijk doordat dat een academische omgeving is en de UvA een abbo/rechten heeft om dat blad in te kijken.

De forbidden komt denk ik doordat de .pdf "on-the-fly" wordt aangemaakt, gelinkt aan mijn ip.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Oenanthe op september 12, 2015, 13:11:15 pm
Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OlivierO op september 12, 2015, 13:13:23 pm
Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?

Op een gegeven moment waren er holen genoeg en zijn ze gestopt met het zelf te maken? Aangezien wij nu altijd angstvallig oude bomen neerhalen (ze zouden wel eens kunnen omvallen!!) is die overschot er minder en lijkt het ineens niet logisch meer?

Ik zeg maar wat hé ...
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op september 12, 2015, 13:38:18 pm
Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?

Als kepen en vinken gelimiteerd worden door het aantal voor nestelen geschikte bomen zouden ze ook geholpen kunnen worden, maar voor kustnestbomen zorgen is wat moeilijker te realiseren dan nestkasten.
Als je aanneemt dat broeden in holtes veiliger is dan vrij broeden (met een hogere reproductie als gevolg), hebben Bonte vliegen een voordeel op Kepen en Vinken.
Een leuk geval is de tweelingsoort Glanskop/Matkop, waarvan de tweede (meestal?) zijn eigen holte uithakt en de eerste meestal niet. Beide capaciteiten hebben voor- en nadelen.
Het is niet allemaal zo eenvoudig.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Oenanthe op september 12, 2015, 15:05:33 pm
Kan iemand verklaren waarom de eigenschap broeden in holen evolutionair wordt geselecteerd? Een soort die alleen in holen broedt en die niet zelf kan maken (neem de bonte vliegenvanger) dupeert zichzelf ernstig voor wat betreft zijn vestigingsmogelijkheden. Er kan volop voedsel zijn maar hij kan zich pas voortplanten als er voldoende holten zijn. Dat zie je bijvoorbeeld in Finland, waar de taiga wemelt van de bonte vliegenvanger, althans op plekken waar ruimschoots nestkasten worden opgehangen. Keep en vink hebben die hulp niet nodig. Hoe komt dat?

Op een gegeven moment waren er holen genoeg en zijn ze gestopt met het zelf te maken? Aangezien wij nu altijd angstvallig oude bomen neerhalen (ze zouden wel eens kunnen omvallen!!) is die overschot er minder en lijkt het ineens niet logisch meer?

Ik zeg maar wat hé ...
Als ik iets had aan mensen die maar wat zeggen zou ik deze vraag wel op een ander forum hebben gezet Olivier.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Guus Peterse op september 12, 2015, 17:07:55 pm
Nou Maarten, ik vind dat je wat overdreven reageert. Ik vind het nog zo gek niet wat Olivier zegt. Het is niet onaannemelijk dat in een nog niet door mensen beïnvloedde natuur holen inderdaad vaak in overvloed aanwezig waren. In dat geval dupeert een soort zichzelf niet door zich te specialiseren in het gebruik maken van die holen, in tegendeel wellicht, en vindt er dus geen selectie plaats tegen die eigenschap. Dan is het gewoon een slimme manier om van de gelegenheden gebruik te maken, die energie bespaart en dus voordeel oplevert.
Er zullen vast nog haken en ogen aan zitten, het zal wel gecompliceerder liggen, maar het kan een startpunt van een gedachtegang zijn.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OlivierO op september 13, 2015, 09:18:46 am
Als ik iets had aan mensen die maar wat zeggen zou ik deze vraag wel op een ander forum hebben gezet Olivier.

Het staat je vrij om dat te doen, Maarten. Op eigen risico uiteraard.

Wat ik met die "ik zeg maar wat" bedoel is dat ik geen wetenschappelijke onderbouwing heb, noch eigen of ander onderzoek, niet "van horen zeggen" of wat dan ook. Ik verzin het zelf, ter plekke. En het lijkt mij nog steeds geen totaal vreemde gedachtengang.

Of het het totaalplaatje is? Geen idee maar ik denk niet dat iemand anders wel met onderbouwde informatie zal komen, simpelweg omdat zoiets nagenoeg niet te achterhalen is.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Ben Wielstra op november 16, 2015, 21:55:57 pm
Kemphanen:
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3443.html
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3430.html
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op november 18, 2015, 08:57:06 am
Weliswaar zware kost, maar wel zeer de moeite van het lezen waard en voor iedereen vrij te downloaden.
Het is fascinerend om te lezen dat twee totaal verschillende groepen met min-of-meer hetzelfde antwoord komt, maar wel ieder met hun eigen nuances.
Daarmee vullen ze elkaar echt aan.

Simplistisch uitgelegd:
We weten nu dus dat faren en satellieten het resultaat zijn van dezelfde grote genetische herschikking van een gebied met >100 genen. We weten ook dat alleen vogels met 1 kopie van deze herschikking levensvatbaar zijn (we noemen dit recessief letaal) en dat binnen dit gebied het gen te vinden is dat voor aanzienlijke pigment variatie verantwoordelijk is (MC1R). Dus, variatie binnen dit gen maakt een vogel een faar of een satelliet.
Faren en satellieten zouden eigenlijk moeten uitsterven bij een normaal voortplantingsmodel (vanwege de recessieve letaliteit). Maar daar hebben ze een trucje op gevonden (grotere ballen en meer en beter sperma): als ze met succes kunnen paren hebben ze een grotere kans op jongen, en wellicht ook gemiddeld iets meer jongen. En daarmee compenseren ze voldoende. Niet toevallig liggen de genen die mogelijk voor deze compensatie verantwoordelijk zijn ook binnen deze genetische herschikking.

Er zijn veel parallellen tussen deze studie en de eerder besproken Kraaien studie. Ook hier is waarschijnlijk slechts 1 grote genetische herschikking verantwoordelijk voor een complex model van uiterlijke verschillen. en een soortgelijk model was ook al bij de Witkeelgors als verklaring voor de twee kleurvormen gevonden.


Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op november 18, 2015, 09:02:59 am
Simplistisch uitgelegd:
We weten nu dus dat faren en satellieten het resultaat zijn van dezelfde grote genetische herschikking van een gebied met >100 genen. We weten ook dat alleen vogels met 1 kopie van deze herschikking levensvatbaar zijn (we noemen dit recessief letaal) en dat binnen dit gebied het gen te vinden is dat voor aanzienlijke pigment variatie verantwoordelijk is (MC1R). Dus, variatie binnen dit gen maakt een vogel een faar of een satelliet.
Als ik het goed begrijp verklaart dat dan ook dat dochters van faren met een faar geen jongen kunnen krijgen, wat Norman (tussen zijn getrol door) op DB al opgemerkt had?

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op november 18, 2015, 10:09:00 am
Nee.
Simpele klassieke overerving:
Als we de genetische herschikking voor het gemak A noemen en de normale toestand B, dan zijn de satellieten en de faren voor dit gebied allemaal AB (als ze BB waren dan zouden het honken zijn).
Faren (AB) kunnen bij een normaal vrouwtje (BB) AB jongen en BB jongen krijgen in een verhouding 50% / 50%.
Faren (AB) krijgen bij een faar vrouwtje (AB) gemiddeld 25% AA jongen (maar deze zijn letaal dus worden niet geboren), 50% AB (dus weer faar) en 25% BB (dus normaal).

Dus dochters van faren krijgen weldegelijk jongen, zelfs met een faar.
Let wel, voor satellietmannetjes is dit exact hetzelfde. Alleen is in de totale populatie de frequentie van satellieten hoger dan faren (5-20% vs < 1%).

Ook blijkt nu, i.t.t. een eerdere publicatie geen sprake meer te zijn van geslachtsgebonden overleving.
 
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op november 18, 2015, 11:12:01 am
Bedankt Peter,

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op februari 03, 2016, 16:33:58 pm
"Published online 02 Feb 2016: Morphological differentiation of Icelandic Redpolls, Acanthis flammea islandica" ( http://www.tandfonline.com/eprint/TF5BchPGQKibZrTnRxkR/full ).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: hdijk op juni 25, 2016, 00:06:42 am
https://www.sciencedaily.com/releases/2016/06/160624110314.htm
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: HPM op juni 25, 2016, 10:11:31 am

https://www.sciencedaily.com/releases/2016/06/160624110314.htm

Het is altijd handig als de mensen weten waar ze naartoe worden gestuurd
"Experts have made a surprising discovery that could subvert the significance of traditional criteria used for species classification. Employing novel techniques to retrieve DNA sequences from thousands of genomic locations, the researchers were able to uncover an unusual case of cryptic speciation in the Streak-eared Bulbul [Pycnonotus blanfordi], a bird widespread throughout South-east Asian countries."
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op augustus 21, 2016, 21:15:21 pm
De verschillen tussen Golden-winged en Blue-winged Warblers liggen vrijwel uitsluitend in de genen die het uiterlijk bepalen: http://www.eeb.cornell.edu/lovette/wp-content/uploads/2016/08/Toews-Taylor-et-al-2016.pdf

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Klaas van Dijk op augustus 24, 2016, 12:21:07 pm
Gister verscheen "Species-level divergences in multiple functional traits between the two endemic subspecies of Blue Chaffinches Fringilla teydea in Canary Islands".

Dit is een erg leesbaar artikel met veel genuanceerde uitspraken over de huidige stand van zaken / visie over taxonomie. Erg aanbevolen. Te lezen via https://bmczool.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40850-016-0008-4 (open access).

Vriendelijke groeten,

Klaas
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op september 07, 2016, 09:11:04 am
Weer een fraai genoomwijd DNA verhaal over een fascinerende soort: Yellow-rumped warbler Setophaga coronata:

http://www.bioone.org/doi/pdf/10.1642/AUK-16-61.1

AOU ziet dit als 1 soort met vier ondersoorten, de IOC ziet dit als drie soorten: S. coronata (Myrtle), S. auduboni auduboni (Audubon's), S. a. nigrifrons (Black-fronted), en S. goldmani (Goldman's).
Zeer uitvoerig DNA onderzoek laat nu zien dat de IOC visie terecht is.
Wat ik ookl goed vind aan dit verhaal is de openhartigheid van de auteurs t.a.v. de status van auduboni ssp.
Ze schrijven hierover:

"We anticipate that the taxonomic treatment of the Black-fronted Warbler will continue to generate discussions among nomenclature committees. As a small-scale
example of this debate, we note that even the authors of this current paper have differing opinions about whether nigrifrons and auduboni are best treated as 1 or 2 species. D.P.L.T., A.B., and C.G. prefer the recent status quo of one species until more data regarding reproductive isolation are obtained, whereas B.M. and D.E.I. believe the evidence for at least partial reproductive isolation is sufficient and prefer the original treatment of the 2 taxa as distinct species."

Erg fraai verhaal, en een schoolvoorbeeld. Nog meer discussie over de soortstatus van Myrtle, Audubon's en Goldman's lijkt me overbodig hiermee.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op september 19, 2016, 11:22:20 am
Een nieuwe Ganzen (Branta en Anser) fylogenie.

Onderzoekers van de Wageningse Universiteit, in samenwerking met de Universiteit van Konstanz(Duitsland), het Max Planck Instituut voor Ornithologie in Radolfzell (Duitsland) en de Simon Fraser Universiteit te Burnaby (Canada) publiceerde onlangs een zeer leerzaam verhaal over de fylogenie van “echte” ganzen:
Jente Ottenburghs, Hendrik-Jan Megens, Robert H.S. Kraus, Ole Madsen, Pim van Hooft, Sipke E. van Wieren, Richard P.M.A. Crooijmans, Ronald C. Ydenberg, Martien A.M. Groenen, Herbert H.T. Prins. A tree of geese: A phylogenomic perspective on the evolutionary history of True Geese. Molecular Phylogenetics and Evolution 101 (2016) 303–313.

Door slim om te gaan met min-of-meer complete genoom sequentie data waren ze in staat om een nieuwe fylogenie te reconstrueren op grond van ruim 6,6 miljoen baseparen (ca. 41,700 exons van 5887 genen) bij ieder van de 19 taxa welke bij deze studie werden geanalyseerd (zie bijgesloten stamboom). Ik heb de verkregen zeer robuuste stamboom qua structuur exact overgenomen, maar de naamgeving van de taxa aangepast aan de huidige officiële Nederlandse lijst.

De resultaten waren hier en daar toch wel verassend. Wat mij opvalt is:
1) Brandgans en Kleine Canadese gans zijn zustersoorten, en niet (zoals altijd werd aangenomen) de twee Canadese ganzen.
2) Kleine Rietgans  en Toendrarietgans zijn zustersoorten, niet Toendra - en Taigarietgans.
3) Indische Gans heeft de meest basale positie binnen de groep van Anser soorten.
4) De “witte “ Anser soorten vormen een aparte groep binnen de overige “grijze” Anser soorten en vallen daarmee binnen het genus Anser en niet, zoals anderen soms aannemen of voorstellen, tot een part genus Chen.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op september 19, 2016, 15:59:35 pm
Vrijwel alle samples komen van ganzen uit gevangenschap. Dit staat er in de Supplemental Material: "All samples were collected from captive birds, except for Greater White-fronted Goose and Barnacle Goose. All breeders insured us that hybridization is avoided at all times. And the wild samples did not show any signs of hybridization. Furthermore, we should have been able to detect recent hybridization events during the analysis, which was not the case. " Ik weet niet wat dit voor effect heeft/kan hebben op de conclusies? Hoe test je voor hybridisatie in het verleden?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op september 19, 2016, 16:43:35 pm
Met een dergelijke grote set aan genetische variatie per vogel kun je gemengde genetische origine goed detecteren mits je de juiste bio-statistische trucs gebruikt.
Dat heeft deze groep gedaan. Details zijn helaas te complex om hier kort uit te leggen.
Ben het met je eens dat "wildvang" data nog beter was geweest.

 
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Thijs Fijen op september 19, 2016, 22:54:43 pm
Met een dergelijke grote set aan genetische variatie per vogel kun je gemengde genetische origine goed detecteren mits je de juiste bio-statistische trucs gebruikt.
Dat heeft deze groep gedaan. Details zijn helaas te complex om hier kort uit te leggen.
Ben het met je eens dat "wildvang" data nog beter was geweest.
Helder. Ik vermoedde al iets met dergelijke complexiteit. Jouw oordeel lijkt me voldoende hier ;)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Datura op september 20, 2016, 12:55:10 pm
...
3) Indische Gans heeft de meest basale positie binnen de groep van Anser soorten.
4) De “witte “ Anser soorten vormen een aparte groep binnen de overige “grijze” Anser soorten en vallen daarmee binnen het genus Anser en niet, zoals anderen soms aannemen of voorstellen, tot een part genus Chen.

Even voor mijn fylogenetisch besef (verbeter me als ik het fout heb): Aangezien niet vast staat vanaf welke genetische afstand een apart genus 'begint' is het toch nog steeds mogelijk om de 'witte Ansers' in een eigen genus te benoemen, alleen vereist dit, gezien de stamboom, wel dat de Indische gans dan ook buiten het geslacht Anser geplaatst wordt. Hij zou dan in een eigen (monotypisch) genus ingedeeld moeten worden, een snelle check leert dat hij die ook al heeft: Eulabeia indica.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op september 20, 2016, 15:12:19 pm
Dat is dus niet de oplossing waar de schrijvers voor hebben gekozen. Het is ook een meer complexe oplossing voor een eenvoudig "probleem". We wachten rustig af hoe de hoeders van onze lijsten hiermee omgaan.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: migratorius op september 20, 2016, 15:57:49 pm
Dat is dus niet de oplossing waar de schrijvers voor hebben gekozen. Het is ook een meer complexe oplossing voor een eenvoudig "probleem". We wachten rustig af hoe de hoeders van onze lijsten hiermee omgaan.
Aangezien het splitten van genera momenteel in de mode is vrees ik het ergste...

JanHein
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op september 20, 2016, 16:32:14 pm
Je zult zien dat daarvan veel weer zal veranderen als de ongeduldige commissies inzien dat alleen het gebruik van een klein stukje mtDNA toch niet voldoende was.
Complete genoom data komen steeds sneller geschikbaar en zal het hele soortdenken overhoop gaan gooien. Wat mij een beetje verbaasde in de ganzenstudie is de afwezigheid van een relevante "outgroup", een niet- gans welke evolutionair er wel dichtbij staat (volgens huidige inzichten). Daarmee kun je de stamboom beter verankeren. Er zijn voldoende DNA gegevens in de databanken bekend om dat, samen met de hier gepresenteerde data te doen, dus iemand zal dat wel oppikken (ik niet, andere prioriteiten).
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Datura op september 21, 2016, 11:25:48 am
Dat is dus niet de oplossing waar de schrijvers voor hebben gekozen. Het is ook een meer complexe oplossing voor een eenvoudig "probleem". We wachten rustig af hoe de hoeders van onze lijsten hiermee omgaan.

Duidelijk, het was me ook meer te doen om dat conclusie 4 dus niet een 'wetenschappelijk hard feit' is (zou je zo op kunnen vatten uit je bericht), maar zoals je hierboven zegt 'een door de auteurs gekozen oplossing' (die ze ongetwijfeld goed onderbouwd hebben). Overigens heb ik zelf geen mening over het al dan niet splitten van Ansers.

Ook genetisch onderzoek beslecht dus (iig voorlopig) nog niet de kloof tussen splitters en lumpers (wellicht later als het soortdenken idd overhoop gegooid gaat worden :)). Ik heb wel altijd het (onderbuik?)gevoel, dat door het splitten van genera de weg vrij wordt gemaakt voor het 'upgraden' van lagere orde taxonomische niveaus, waarvan de belangrijkste van ondersoort naar soort is (wat weer de weg vrij maakt voor nieuwe ondersoorten etc. etc.  :angel:)
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OlivierO op oktober 21, 2016, 21:33:16 pm
Ter informatie:

http://www.lynxeds.com/product/hbw-and-birdlife-international-illustrated-checklist-birds-world-0

Ik heb hem al besteld!
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Peter de Vries op november 29, 2016, 11:47:51 am
https://avianres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40657-016-0052-3

Circus cyaneus cyaneus en C. c. hudsonius zijn twee aparte soorten.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Peregrinus op november 29, 2016, 14:29:32 pm
Ook in het zwarte woud hebben de auerhoenders het zwaar:
https://www.researchgate.net/publication/308697694_Ruckgang_von_Bestand_und_Verbreitung_des_Auerhuhns_Tetrao_urogallus_im_Schwarzwald_-_Decline_in_Capercaillie_Tetrao_urogallus_numbers_and_distribution_area_in_the_Black_Forest

Decline in Capercaillie Tetrao urogallus numbers and distribution area in the Black Forest. Ornithol. Beob. 113: 235–248.
Even though Capercaillie are still present in large parts of its original range, its numbers have decreased in many parts of the Western and Central European range and in several cases, local populations have gone extinct. The Capercail-lie population in the Black Forest, SouthWestern Germany, has undergone drastic declines in the past decades. In 1971 the number of male Capercaillie displaying at lekking sites throughout the Black Forest was counted for the first time, and since 1983 counts have been performed on a yearly basis. From 1993 onwards, all sightings and signs of Capercaillie presence have been documented and combined to create a distribution map, which is updated every five years. The lek-counts show fluctuations in the number of displaying males, but with a strong decline becoming evident over the entire study period: whereas roughly 450 males were counted between 1983 and 1994, the last count in 2016 revealed only 206 males. The decline was paralleled by a decline in range from 607 km 2 in 1993 to 457 km 2 in 2013. This 25 % decline is not evenly distributed in the Black Forest but is largest in the Southern and Eastern Black Forest («Süd-Schwarzwald» and «Baar-Schwarzwald») compared to the sub-populations in the Northern and Central parts of the study area. Possible causes include: habitat loss and deterioration, climate change, anthropogenic disturbance and increasing numbers of predators, most likely several of these operating in conjunction.

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Peter de Vries op december 13, 2016, 08:31:20 am
Hoe veel vogelsoorten zijn er?
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0166307
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op december 13, 2016, 09:21:12 am
Een artikel om snel te vergeten, ondanks het feit dat het door vier ervaren onderzoekers is geschreven.
Blinkt uit door het gebrek aan gedetailleerd inzicht in wat ze nu exact hebben uitgespookt.
Voorbeeld: hun genetische analyse beperkt zich tot wat ze noemen "rapidly evolving mtDNA genes", maar nergens is te vinden welke genen.
Ja, je kunt het wel vinden maar dan moet je de grote lijst met verwijzingen doornemen, en dat lijkt me niet de bedoeling.
Ik vermoed dat ze studies met COI, CYTB, ND2 en D-Loop op een hoop hebben gegooid en dan is het al snel appels met bakstenen vergelijken.

Als dit artikel een reactie is op de tweedelige HBW (kan niet wachten op deel 2), waar gebruik wordt gemaakt van een in dit forum eerder besproken statistische aanpak (waar je verschillend over kunt denken), dan is het een mislukte onderneming.



Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: willemrenema op januari 04, 2017, 22:17:16 pm
Over trekroutes, voedselbeschikbaarheid, timing en klimaatverandering.

http://advances.sciencemag.org/content/3/1/e1601360.full

Groet
Willem

Migratory birds track seasonal resources across and between continents. We propose a general strategy of tracking the broad seasonal abundance of resources throughout the annual cycle in the longest-distance migrating land birds as an alternative to tracking a certain climatic niche or shorter-term resource surplus occurring, for example, during spring foliation. Whether and how this is possible for complex annual spatiotemporal schedules is not known. New tracking technology enables unprecedented spatial and temporal mapping of long-distance movement of birds. We show that three Palearctic-African species track vegetation greenness throughout their annual cycle, adjusting the timing and direction of migratory movements with seasonal changes in resource availability over Europe and Africa. Common cuckoos maximize the vegetation greenness, whereas red-backed shrikes and thrush nightingales track seasonal surplus in greenness. Our results demonstrate that the longest-distance migrants move between consecutive staging areas even within the wintering region in Africa to match seasonal variation in regional climate. End-of-century climate projections indicate that optimizing greenness would be possible but that vegetation surplus might be more difficult to track in the future.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OlivierO op januari 17, 2017, 21:27:17 pm
Ter informatie:

http://www.lynxeds.com/product/hbw-and-birdlife-international-illustrated-checklist-birds-world-0

Ik heb hem al besteld!

Iemand die deze besteld heeft en al ontvangen heeft?
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: snwja3 op januari 17, 2017, 21:29:23 pm
Ter informatie:

http://www.lynxeds.com/product/hbw-and-birdlife-international-illustrated-checklist-birds-world-0

Ik heb hem al besteld!

Iemand die deze besteld heeft en al ontvangen heeft?

Toevallig net navraag gedaan, ze zijn bezig met versturen, hopen alles voor eind van de maand de deur uit te hebben, ff geduld nog.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OlivierO op januari 17, 2017, 22:14:10 pm
Ter informatie:

http://www.lynxeds.com/product/hbw-and-birdlife-international-illustrated-checklist-birds-world-0

Ik heb hem al besteld!

Iemand die deze besteld heeft en al ontvangen heeft?

Toevallig net navraag gedaan, ze zijn bezig met versturen, hopen alles voor eind van de maand de deur uit te hebben, ff geduld nog.

Dank je wel voor de informatie!

Bij mij staat er "wordt verzonden in januari". Maar januari is nog lang.  :-\
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: Peter de Vries op maart 28, 2017, 16:33:07 pm
http://www.nature.com/articles/sdata201741

The global avian invasions atlas, a database of alien bird distributions worldwide
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: OJGoreng op mei 24, 2017, 17:52:44 pm
Vandaag uit: nieuwe tracking-studie over trekgedrag van eerstejaars wespendieven, door Wouter Vansteelant et al.. Keuze voor overwinteringslocatie lijkt vooral af te hangen van hoe de wind waait tijdens trek.

Persbericht (https://www.uva.nl/en/content/news/press-releases/2017/05/wind-blows-young-migrant-birds-to-all-corners-of-africa.html)
Artikel (open access). (http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/284/1855/20170387)

Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: pdeknijff op november 12, 2020, 21:40:04 pm
Vers van de pers, hier (https://www.nature.com/articles/s41586-020-2873-9) een absurd complex maar erg informatief verhaal over de komplete genomen van een paar 100 vogelgenomen, van bijna alle vogelfamilies minimaal 1 soort.

De opmaat naar nog veel meer genoomgeweld, en een goudmijn aan nuttige informatie voor de fijnproevers.

Werd wel weer eens tijd voor wat zwaardere kost.
Titel: Re: Zwaardere vogelkost
Bericht door: keesschreven op september 08, 2021, 09:12:46 am
Dit topic lijkt niet (meer) heel populair, maar toch heb ik iets dat interessant kan zijn.

In dit artikel wordt voor Kleine Rietganzen een relatief eenvoudige methode beschreven om uit zendergegevens nestlocaties te bepalen, en het succes van die nesten: https://animalbiotelemetry.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40317-021-00249-9 (gratis te zien).
Verrassend genoeg waren er ook 3 nesten (op een set van 28) die een langer dan normale broedduur hadden.

Deze methode kan vermoedelijk ook heel goed op andere soorten worden toegepast (en niet geheel toevallig ben ikzelf de 1e auteur  B)).